More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2625 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2625  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 206 aa  410  1e-114  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.232365  normal  0.311906 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2823  TetR family transcriptional regulator  94.39 
 
 		 206 aa  372  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.133482  normal  0.0456725 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4713  TetR family transcriptional regulator  64.21 
 
 		 218 aa  251  7e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4799  TetR family transcriptional regulator  64.21 
 
 		 218 aa  251  7e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5098  TetR family transcriptional regulator  64.21 
 
 		 218 aa  251  7e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.11151 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13607  TetR family transcriptional regulator  61.58 
 
 		 295 aa  245  3e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.20276 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5312  TetR family transcriptional regulator  63.35 
 
 		 235 aa  245  3e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0775512 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1459  TetR family transcriptional regulator  62.3 
 
 		 223 aa  233  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.568759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2800  TetR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 201 aa  228  5e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0881  regulatory protein TetR  61.17 
 
 		 219 aa  227  1e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3788  transcriptional regulator, TetR family  58.29 
 
 		 208 aa  219  1.9999999999999999e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2136  transcriptional regulator, TetR family  48.33 
 
 		 212 aa  161  8.000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.547172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4581  TetR family transcriptional regulator  46.47 
 
 		 223 aa  135  4e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.19483 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4839  TetR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 223 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4927  TetR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 223 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.398632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0321  TetR family transcriptional regulator  46.47 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.950858 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4586  TetR family transcriptional regulator  45.22 
 
 		 223 aa  121  8e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.330892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3645  transcriptional regulator, TetR family  39.89 
 
 		 199 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.529358  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8200  putative transcriptional regulator, TetR family  35.33 
 
 		 237 aa  102  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2871  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 213 aa  101  8e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1634  TetR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 209 aa  99  5e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.681802  normal  0.225704 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0392  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 201 aa  92  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.022112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0324  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 201 aa  88.6  6e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.867461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0334  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 201 aa  88.6  6e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.611067  normal  0.230945 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3500  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 190 aa  84.7  8e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.242129  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0313  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3965  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04380  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 72 aa  59.3  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  39.77 
 
 		 287 aa  58.9  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 218 aa  58.2  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3995  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3774  transcriptional regulator, TetR family  41.25 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3685  transcriptional regulator, TetR family  43.01 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  40.26 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 205 aa  53.9  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3330  TetR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 221 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.537262 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3984  transcriptional regulator, TetR family  48.39 
 
 		 216 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.765993  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 		 242 aa  53.1  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08440  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 222 aa  52.8  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4442  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 192 aa  52.4  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6871  TetR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 224 aa  51.6  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.0580493 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 234 aa  51.6  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 234 aa  51.6  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3509  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 224 aa  51.6  0.000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3176  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 193 aa  51.2  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199059 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4405  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 259 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.630882  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2128  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 201 aa  50.1  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.544484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5087  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 259 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3503  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 198 aa  50.8  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5773  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 259 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.669739 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  26.63 
 
 		 251 aa  50.1  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19310  hypothetical protein  37.65 
 
 		 215 aa  50.1  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0818404  normal  0.200215 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0239  TetR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 229 aa  50.1  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0184  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 197 aa  50.1  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1826  TetR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 250 aa  49.7  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0995188  normal  0.24055 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2080  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  49.7  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740876  hitchhiker  0.00831587 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3846  regulatory protein TetR  34.55 
 
 		 193 aa  49.7  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1526  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 208 aa  49.3  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0534186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1775  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 255 aa  49.3  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1772  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 202 aa  49.3  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.706828  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8864  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 202 aa  49.3  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 243 aa  48.9  0.00005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1673  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 216 aa  48.9  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.947806  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2583  TetR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 226 aa  48.5  0.00006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0414  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 202 aa  48.5  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1140  transcriptional regulator, TetR family  30.15 
 
 		 242 aa  48.5  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00144314 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6309  putative transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 		 197 aa  48.5  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.407991  normal  0.0813971 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1317  regulatory protein TetR  34.11 
 
 		 232 aa  48.5  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 237 aa  48.1  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0888  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 203 aa  48.5  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 206 aa  48.5  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2301  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 197 aa  48.1  0.00008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1921  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 197 aa  48.1  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0409606  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2597  putative transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 195 aa  48.1  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.607466 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 211 aa  48.1  0.00009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2925  regulatory protein TetR  36.07 
 
 		 224 aa  47.8  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  37.66 
 
 		 211 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3442  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.747618  normal  0.0679711 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 236 aa  48.1  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3641  TetR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.798229 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5281  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 257 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  41.82 
 
 		 203 aa  47.8  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2743  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 188 aa  47.8  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.673676  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1320  transcriptional regulator, TetR family  54.17 
 
 		 224 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4737  TetR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 224 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  37.66 
 
 		 211 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2189  TetR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 222 aa  47.4  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1677  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 203 aa  47.4  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1862  TetR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4291  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 189 aa  47  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1920  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 213 aa  46.6  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0848  transcriptional regulator, TetR family  23.97 
 
 		 204 aa  46.6  0.0002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000568716  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1008  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 214 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.535946  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2011  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 203 aa  47.4  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.542781  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4837  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 237 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1049  TetR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 230 aa  46.6  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0736  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 219 aa  47.4  0.0002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0112088  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>