115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0046 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  100 
 
 		 661 aa  1341    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3525  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  42.14 
 
 		 657 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.297188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  38.55 
 
 		 645 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0196  ATPase  38.68 
 
 		 666 aa  412  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 645 aa  411  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  33.43 
 
 		 674 aa  409  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  35.41 
 
 		 659 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  35.65 
 
 		 639 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  36.57 
 
 		 634 aa  388  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3680  hypothetical protein  37.07 
 
 		 667 aa  385  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228767  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  30.55 
 
 		 685 aa  379  1e-103  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  33.14 
 
 		 669 aa  356  6.999999999999999e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  25.51 
 
 		 594 aa  90.9  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  22 
 
 		 623 aa  85.5  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.41 
 
 		 669 aa  84  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  25.54 
 
 		 594 aa  80.9  0.00000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  30.23 
 
 		 596 aa  80.9  0.00000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  22.79 
 
 		 607 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  22.42 
 
 		 598 aa  75.9  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  20.7 
 
 		 728 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  22.53 
 
 		 707 aa  73.6  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  28.96 
 
 		 780 aa  73.2  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  31.21 
 
 		 773 aa  73.6  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.75 
 
 		 594 aa  72  0.00000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  29.61 
 
 		 807 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  26.12 
 
 		 613 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  29.48 
 
 		 784 aa  70.9  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1111  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.91 
 
 		 603 aa  70.5  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0206  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.37 
 
 		 689 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1439  hypothetical protein  27.39 
 
 		 744 aa  67  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0880018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.55 
 
 		 793 aa  66.2  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  22.93 
 
 		 553 aa  66.2  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  21.83 
 
 		 714 aa  65.5  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  27.19 
 
 		 782 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.24 
 
 		 677 aa  64.7  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.24 
 
 		 677 aa  64.7  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  27.13 
 
 		 762 aa  63.9  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  24.05 
 
 		 748 aa  63.5  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  25.77 
 
 		 763 aa  63.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.98 
 
 		 674 aa  62.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4162  ATP-dependent endonuclease family protein  37.12 
 
 		 600 aa  61.6  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138387  normal  0.169092 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  24.61 
 
 		 564 aa  60.5  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  30.06 
 
 		 682 aa  60.5  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4449  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  25.15 
 
 		 564 aa  60.1  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  26.6 
 
 		 574 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1709  SMC domain protein  29.24 
 
 		 584 aa  58.5  0.0000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.000133048  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2759  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.23 
 
 		 608 aa  58.2  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3887  hypothetical protein  25.82 
 
 		 546 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0681  overcoming lysogenization defect protein  23.68 
 
 		 696 aa  57  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3185  ATP-dependent endonuclease family protein  23.08 
 
 		 641 aa  57  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1049  AAA ATPase  26.84 
 
 		 537 aa  56.6  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3047  ATP-dependent endonuclease family protein  32.58 
 
 		 598 aa  57  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.300622  normal  0.13978 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1960  hypothetical protein  28.92 
 
 		 522 aa  57  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  29.71 
 
 		 695 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2459  hypothetical protein  23.42 
 
 		 606 aa  55.8  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707067  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0673  ATP-dependent endonuclease family protein  24.91 
 
 		 619 aa  56.2  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.924756 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3087  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.86 
 
 		 605 aa  55.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  26.7 
 
 		 691 aa  55.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  20.88 
 
 		 650 aa  55.1  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3140  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  30.32 
 
 		 681 aa  55.1  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.239895  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  21.43 
 
 		 703 aa  54.3  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1866  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.23 
 
 		 595 aa  53.5  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0794  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.57 
 
 		 647 aa  53.5  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3056  ATP-dependent endonuclease family protein  31.06 
 
 		 598 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  24.1 
 
 		 758 aa  52.4  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1975  hypothetical protein  23.46 
 
 		 554 aa  52  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.650483  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.85 
 
 		 640 aa  52.4  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  23.6 
 
 		 769 aa  52  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1516  ATP-dependent endonuclease family protein  33.33 
 
 		 586 aa  51.2  0.00005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.749e-16 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1087  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.4 
 
 		 616 aa  50.8  0.00008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.14427  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4083  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.25 
 
 		 566 aa  49.3  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.84 
 
 		 637 aa  49.7  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1362  DNA replication and repair protein RecF  46.15 
 
 		 339 aa  49.3  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0093  conserved hypothetical protein  23.49 
 
 		 495 aa  48.5  0.0004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.123292  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1846  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.45 
 
 		 589 aa  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147928 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3955  AAA ATPase  24.55 
 
 		 642 aa  48.1  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262295  hitchhiker  0.00100841 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2994  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.16 
 
 		 608 aa  48.1  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1915  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  25.15 
 
 		 529 aa  48.1  0.0006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2518  ATP-dependent OLD family endonuclease  27 
 
 		 613 aa  47.8  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0215068  normal  0.744672 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1621  hypothetical protein  22.51 
 
 		 596 aa  47.4  0.0008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1994  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.55 
 
 		 590 aa  47.4  0.0009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10080  chromosome segregation protein SMC  42 
 
 		 1174 aa  47.4  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.503151  hitchhiker  0.00000182837 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12936  chromosome partitioning protein smc  42 
 
 		 1205 aa  47  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0598484  normal  0.252083 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0889  chromosome segregation protein SMC  40 
 
 		 1153 aa  47  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0518869  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1709  hypothetical protein  23.2 
 
 		 554 aa  47  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.137419  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.49 
 
 		 615 aa  46.6  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0201  ATP-dependent endonuclease of the OLD family protein  33.08 
 
 		 558 aa  46.2  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3567  OLD family ATP-dependent endonuclease-like protein  27.71 
 
 		 604 aa  45.8  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274046 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1564  condensin subunit Smc  30.12 
 
 		 1185 aa  45.8  0.003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3273  condensin subunit Smc  42 
 
 		 1188 aa  45.4  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.739482  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1220  chromosome segregation protein SMC  36 
 
 		 1164 aa  45.4  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02258  hypothetical protein  30.69 
 
 		 626 aa  45.4  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0949  hypothetical protein  25 
 
 		 603 aa  45.1  0.004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  24.71 
 
 		 688 aa  45.1  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1637  chromosome segregation protein SMC  33.87 
 
 		 1170 aa  45.1  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07250  chromosome segregation protein SMC  37.7 
 
 		 1185 aa  45.1  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000283351  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3013  hypothetical protein  25.61 
 
 		 520 aa  45.4  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.364148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2199  condensin subunit Smc  41.67 
 
 		 1148 aa  45.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.53129 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1571  chromosome segregation protein SMC  33.87 
 
 		 1170 aa  45.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2659  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.86 
 
 		 548 aa  45.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0191795  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>