72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_5469 on replicon NC_012853
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  100 
 
 
763 aa  1563    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  46.9 
 
 
784 aa  648    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1439  hypothetical protein  46.75 
 
 
744 aa  619  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0880018  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  39.48 
 
 
748 aa  523  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  34.01 
 
 
769 aa  395  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.5 
 
 
793 aa  354  4e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  30.88 
 
 
773 aa  345  1e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  30.68 
 
 
780 aa  342  2e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  31.89 
 
 
762 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  32.63 
 
 
782 aa  335  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  34.77 
 
 
807 aa  300  7e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3887  hypothetical protein  34.68 
 
 
546 aa  273  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.86 
 
 
669 aa  213  1e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0206  ATP-dependent OLD family endonuclease  29 
 
 
689 aa  204  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  29.91 
 
 
691 aa  201  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.75 
 
 
674 aa  201  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  29.64 
 
 
677 aa  199  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  29.64 
 
 
677 aa  199  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  25.69 
 
 
714 aa  175  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  29.17 
 
 
707 aa  165  4.0000000000000004e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  22.28 
 
 
728 aa  162  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0681  overcoming lysogenization defect protein  29.83 
 
 
696 aa  145  2e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0597  hypothetical protein  26.69 
 
 
773 aa  104  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  25.2 
 
 
712 aa  80.1  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  32.6 
 
 
598 aa  79.3  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  33.14 
 
 
594 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  26.34 
 
 
703 aa  77  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  31.34 
 
 
695 aa  74.7  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  29.9 
 
 
596 aa  74.7  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.56 
 
 
637 aa  72.8  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  26.96 
 
 
650 aa  72  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  30.64 
 
 
594 aa  72  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  26.97 
 
 
669 aa  69.3  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  24.47 
 
 
659 aa  68.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1621  hypothetical protein  31.58 
 
 
596 aa  67.4  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  27.12 
 
 
688 aa  66.2  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  27.51 
 
 
623 aa  65.9  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.57 
 
 
639 aa  63.9  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  26.21 
 
 
682 aa  63.5  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  25.77 
 
 
661 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  27.59 
 
 
613 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1866  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.7 
 
 
595 aa  61.6  0.00000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  27.85 
 
 
645 aa  61.2  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  26.7 
 
 
553 aa  60.1  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  24.78 
 
 
634 aa  59.3  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  28.16 
 
 
758 aa  58.9  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2290  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.1 
 
 
669 aa  58.2  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23738  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  25 
 
 
640 aa  58.2  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2354  hypothetical protein  23.49 
 
 
565 aa  57.8  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.32 
 
 
615 aa  57.8  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3955  AAA ATPase  27.94 
 
 
642 aa  57.4  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262295  hitchhiker  0.00100841 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.62 
 
 
573 aa  56.2  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.51 
 
 
594 aa  56.6  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  25.6 
 
 
645 aa  54.7  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1049  AAA ATPase  26.67 
 
 
537 aa  53.5  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.77 
 
 
353 aa  52.4  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000383314  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  21.5 
 
 
685 aa  52.4  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0196  ATPase  24.14 
 
 
666 aa  52  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3525  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  22.4 
 
 
657 aa  48.5  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.297188  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4711  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  24.16 
 
 
648 aa  48.1  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3680  hypothetical protein  23.82 
 
 
667 aa  48.5  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228767  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0711  SMC domain-containing protein  40.35 
 
 
994 aa  47.8  0.0008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00173757  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4760  SMC domain-containing protein  24.04 
 
 
533 aa  47  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  24.32 
 
 
607 aa  47.4  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3013  hypothetical protein  25.26 
 
 
520 aa  46.2  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.364148  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  22.28 
 
 
564 aa  46.2  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4848  ATP-dependent OLD family endonuclease  33.33 
 
 
626 aa  46.2  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4641  ATP-dependent endonuclease  44.68 
 
 
626 aa  45.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.01769  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2610  hypothetical protein  24.08 
 
 
744 aa  45.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0225  ATP-dependent OLD family endonuclease  25 
 
 
578 aa  44.7  0.006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000140656 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0586  SMC domain-containing protein  40 
 
 
993 aa  44.3  0.009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.594919  normal  0.0182683 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0237  SMC domain-containing protein  40 
 
 
993 aa  43.9  0.01  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0769992  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>