84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3175 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3680  hypothetical protein  59.32 
 
 		 667 aa  778    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228767  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  67.34 
 
 		 639 aa  901    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  100 
 
 		 634 aa  1296    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  56.59 
 
 		 645 aa  728    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  57.21 
 
 		 645 aa  734    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  38.48 
 
 		 669 aa  431  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  38.12 
 
 		 659 aa  386  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  36.57 
 
 		 661 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  32.83 
 
 		 674 aa  372  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3525  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  38.02 
 
 		 657 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.297188  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  32.73 
 
 		 685 aa  371  1e-101  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0196  ATPase  34.81 
 
 		 666 aa  337  2.9999999999999997e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  23.2 
 
 		 598 aa  98.2  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  22.18 
 
 		 623 aa  85.1  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  24.61 
 
 		 574 aa  80.5  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  25.68 
 
 		 607 aa  80.5  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  22.85 
 
 		 594 aa  75.1  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  25.6 
 
 		 613 aa  72  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  21.23 
 
 		 666 aa  71.2  0.00000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.72 
 
 		 594 aa  70.5  0.00000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  23.99 
 
 		 780 aa  67.8  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  29.31 
 
 		 596 aa  66.2  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.69 
 
 		 640 aa  64.7  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.1 
 
 		 677 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.1 
 
 		 677 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.16 
 
 		 669 aa  60.5  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  24.78 
 
 		 763 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.17 
 
 		 615 aa  58.9  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2459  hypothetical protein  22.62 
 
 		 606 aa  58.2  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707067  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  25.26 
 
 		 564 aa  58.2  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3445  hypothetical protein  27.27 
 
 		 628 aa  57.8  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.919866  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  22.63 
 
 		 594 aa  57  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3047  ATP-dependent endonuclease family protein  22.66 
 
 		 598 aa  57  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.300622  normal  0.13978 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2759  ATP-dependent OLD family endonuclease  31.21 
 
 		 608 aa  56.2  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1439  hypothetical protein  24.76 
 
 		 744 aa  55.8  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0880018  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  21.1 
 
 		 553 aa  55.1  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  24.21 
 
 		 707 aa  55.1  0.000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2699  hypothetical protein  22.69 
 
 		 555 aa  54.7  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1594  hypothetical protein  22.69 
 
 		 555 aa  54.7  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2614  hypothetical protein  22.69 
 
 		 555 aa  54.7  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  25.27 
 
 		 695 aa  54.3  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2727  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.44 
 
 		 607 aa  54.7  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3056  ATP-dependent endonuclease family protein  22.66 
 
 		 598 aa  53.9  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1621  hypothetical protein  21.32 
 
 		 596 aa  53.1  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1087  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.68 
 
 		 616 aa  53.5  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.14427  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  25.12 
 
 		 773 aa  52.8  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  25.31 
 
 		 682 aa  52  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  26.26 
 
 		 807 aa  52  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  20.77 
 
 		 793 aa  51.6  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  21.18 
 
 		 703 aa  51.2  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1362  DNA replication and repair protein RecF  23.62 
 
 		 339 aa  50.4  0.00009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3887  hypothetical protein  24.77 
 
 		 546 aa  49.7  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4162  ATP-dependent endonuclease family protein  29.05 
 
 		 600 aa  49.3  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138387  normal  0.169092 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  21 
 
 		 748 aa  49.3  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0673  ATP-dependent endonuclease family protein  23.23 
 
 		 619 aa  49.3  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.924756 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  23.35 
 
 		 769 aa  48.9  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  24.42 
 
 		 762 aa  48.9  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.75 
 
 		 674 aa  48.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3013  hypothetical protein  22.22 
 
 		 520 aa  47.8  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.364148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  25.12 
 
 		 782 aa  47.8  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3087  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.27 
 
 		 605 aa  47.4  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3955  AAA ATPase  26.76 
 
 		 642 aa  46.6  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262295  hitchhiker  0.00100841 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2354  hypothetical protein  26.49 
 
 		 565 aa  47  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.22 
 
 		 637 aa  46.2  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4449  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  26.19 
 
 		 564 aa  46.6  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4848  ATP-dependent OLD family endonuclease  38.89 
 
 		 626 aa  46.2  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3185  ATP-dependent endonuclease family protein  21.82 
 
 		 641 aa  45.4  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1111  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.42 
 
 		 603 aa  45.4  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4760  SMC domain-containing protein  23.25 
 
 		 533 aa  45.4  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0046  GTP-binding protein LepA  31.34 
 
 		 276 aa  45.4  0.003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0304076  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0307  SMC domain protein  28.16 
 
 		 448 aa  45.4  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.675796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0597  hypothetical protein  23.81 
 
 		 773 aa  45.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000190  ATP-dependent endonuclease  20.94 
 
 		 544 aa  45.1  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0284428  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  24.73 
 
 		 691 aa  45.1  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  21.88 
 
 		 728 aa  44.7  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4641  ATP-dependent endonuclease  38.46 
 
 		 626 aa  44.3  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.01769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  20.63 
 
 		 714 aa  44.3  0.006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4373  chromosome segregation protein SMC  51.11 
 
 		 1153 aa  44.3  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.991905 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  24.6 
 
 		 784 aa  43.9  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0776  ABC transporter related  42.86 
 
 		 253 aa  44.3  0.008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.166423  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0759  ABC transporter related  42.86 
 
 		 253 aa  44.3  0.008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0949  hypothetical protein  33.33 
 
 		 603 aa  43.9  0.008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2994  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.17 
 
 		 608 aa  43.9  0.01  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4694  chromosome segregation protein SMC  44.44 
 
 		 1140 aa  43.9  0.01  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.362258 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>