124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3680 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3680  hypothetical protein  100 
 
 		 667 aa  1368    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228767  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  52.29 
 
 		 645 aa  667    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  52.37 
 
 		 645 aa  674    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  56.46 
 
 		 639 aa  744    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  59.32 
 
 		 634 aa  778    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  37.11 
 
 		 669 aa  394  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  33.43 
 
 		 674 aa  381  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  37.07 
 
 		 661 aa  375  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  31.08 
 
 		 685 aa  371  1e-101  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3525  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  35.48 
 
 		 657 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.297188  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  36.17 
 
 		 659 aa  364  2e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0196  ATPase  33.94 
 
 		 666 aa  334  3e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  24.5 
 
 		 598 aa  92  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  23.05 
 
 		 623 aa  89.4  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  27.54 
 
 		 607 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  25.1 
 
 		 594 aa  82.4  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  24.17 
 
 		 596 aa  72.4  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.95 
 
 		 594 aa  71.6  0.00000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  23.53 
 
 		 594 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  25.55 
 
 		 613 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  23.82 
 
 		 682 aa  65.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  21.34 
 
 		 553 aa  65.1  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.79 
 
 		 669 aa  62.4  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  20.18 
 
 		 714 aa  62  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  23.12 
 
 		 780 aa  60.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4162  ATP-dependent endonuclease family protein  24.17 
 
 		 600 aa  60.1  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138387  normal  0.169092 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  24.61 
 
 		 728 aa  60.1  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  27.66 
 
 		 564 aa  58.9  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1668  hypothetical protein  24.35 
 
 		 554 aa  58.5  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413918  normal  0.886793 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0681  overcoming lysogenization defect protein  23 
 
 		 696 aa  57.8  0.0000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  20.55 
 
 		 666 aa  57  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2614  hypothetical protein  23.31 
 
 		 555 aa  56.2  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2759  ATP-dependent OLD family endonuclease  32.18 
 
 		 608 aa  56.2  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1594  hypothetical protein  23.31 
 
 		 555 aa  56.2  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2699  hypothetical protein  23.31 
 
 		 555 aa  56.2  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0545  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.68 
 
 		 615 aa  55.5  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  23.81 
 
 		 707 aa  55.5  0.000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1516  ATP-dependent endonuclease family protein  22.03 
 
 		 586 aa  55.5  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.749e-16 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  22.94 
 
 		 773 aa  55.1  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  25.29 
 
 		 574 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4848  ATP-dependent OLD family endonuclease  42.25 
 
 		 626 aa  51.2  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  33.11 
 
 		 758 aa  50.8  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  22.76 
 
 		 695 aa  50.8  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.78 
 
 		 793 aa  50.1  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1592  chromosome segregation protein, Smc family protein  32.73 
 
 		 1178 aa  49.7  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00176998  normal  0.493606 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  25.52 
 
 		 703 aa  49.7  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.76 
 
 		 677 aa  49.3  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.76 
 
 		 677 aa  49.3  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4641  ATP-dependent endonuclease  36.9 
 
 		 626 aa  48.9  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.01769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2459  hypothetical protein  22.14 
 
 		 606 aa  48.1  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707067  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  23.82 
 
 		 763 aa  48.1  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3185  ATP-dependent endonuclease family protein  19.68 
 
 		 641 aa  48.1  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1158  condensin subunit Smc  33.03 
 
 		 1187 aa  47.8  0.0006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00321236  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1418  chromosome segregation protein SMC  46 
 
 		 1181 aa  47.8  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0257  hypothetical protein  39.44 
 
 		 159 aa  47.8  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00160125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  23.87 
 
 		 688 aa  47.8  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0597  hypothetical protein  23.32 
 
 		 773 aa  47.4  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3220  SMC domain-containing protein  36.56 
 
 		 394 aa  47.4  0.0009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  21.05 
 
 		 650 aa  47.4  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1224  nuclease SbcCD, C subunit, putative  29.79 
 
 		 723 aa  46.6  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000926455 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  23.3 
 
 		 784 aa  47.4  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1564  condensin subunit Smc  33.33 
 
 		 1185 aa  47  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4760  SMC domain-containing protein  24.52 
 
 		 533 aa  47  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4170  hypothetical protein  31.19 
 
 		 399 aa  47  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1241  hypothetical protein  41.27 
 
 		 610 aa  46.6  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.625082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0467  SMC domain-containing protein  33.7 
 
 		 1280 aa  47  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3047  ATP-dependent endonuclease family protein  20.49 
 
 		 598 aa  47.4  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.300622  normal  0.13978 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0318  condensin subunit Smc  37.93 
 
 		 1307 aa  46.6  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0349  SMC protein-like  37.93 
 
 		 1318 aa  46.2  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2587  chromosome segregation protein SMC  48 
 
 		 1151 aa  46.2  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000427179 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0454  condensin subunit Smc  46.55 
 
 		 1184 aa  46.6  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2495  condensin subunit Smc  45.9 
 
 		 1222 aa  46.2  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.749634  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  21.97 
 
 		 769 aa  45.8  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1159  chromosome segregation protein SMC  34.23 
 
 		 1203 aa  46.2  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0949  hypothetical protein  35.71 
 
 		 603 aa  46.6  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1087  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.97 
 
 		 616 aa  46.2  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.14427  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0630  hypothetical protein  28.12 
 
 		 513 aa  46.6  0.002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0053  SMC domain protein  25.93 
 
 		 397 aa  46.2  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2235  chromosome segregation protein SMC  45.9 
 
 		 1195 aa  46.2  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000934649 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0374  chromosome segregation protein SMC  46 
 
 		 1151 aa  45.8  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3273  condensin subunit Smc  43.1 
 
 		 1188 aa  45.4  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.739482  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1291  chromosome segregation protein SMC  41.38 
 
 		 1198 aa  45.4  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.898682 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0699  chromosome segregation protein SMC  46 
 
 		 1153 aa  45.4  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1181  chromosome segregation protein SMC  31.19 
 
 		 1198 aa  45.8  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.733756  hitchhiker  0.000532551 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2608  chromosome segregation protein SMC  38.71 
 
 		 1168 aa  45.1  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.198178  normal  0.335966 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0863  condensin subunit Smc  42.37 
 
 		 1174 aa  45.1  0.004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1889  chromosome segregation protein SMC  41.38 
 
 		 1214 aa  45.1  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.274558  normal  0.174948 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0163  chromosome segregation protein SMC  48 
 
 		 1150 aa  45.1  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8008  chromosome segregation protein SMC  40.98 
 
 		 1224 aa  45.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1462  chromosome segregation protein SMC  43.33 
 
 		 1186 aa  44.7  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0128703  normal  0.569809 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3429  chromosome segregation protein SMC  44.07 
 
 		 1218 aa  44.7  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2130  chromosome segregation protein SMC  37.1 
 
 		 1175 aa  44.7  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0216  chromosome segregation protein SMC  30.56 
 
 		 1181 aa  45.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4025  chromosome segregation protein SMC  41.38 
 
 		 1188 aa  45.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115508  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0917  SMC domain protein  40.68 
 
 		 1180 aa  45.1  0.005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1587  chromosome segregation protein SMC  30.56 
 
 		 1194 aa  44.7  0.006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3230  chromosome segregation protein SMC  36.36 
 
 		 1170 aa  44.7  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  29.32 
 
 		 807 aa  44.7  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2051  SMC domain protein  40.38 
 
 		 1080 aa  44.7  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.380302  normal  0.930097 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0889  chromosome segregation protein SMC  32.18 
 
 		 1153 aa  44.7  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0518869  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>