147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5488 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  100 
 
 		 598 aa  1214    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  45.99 
 
 		 613 aa  491  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  44.54 
 
 		 594 aa  483  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  44.55 
 
 		 594 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  42.62 
 
 		 596 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  27.2 
 
 		 712 aa  162  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  26.89 
 
 		 703 aa  160  6e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  26.88 
 
 		 623 aa  157  8e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  25.78 
 
 		 574 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.39 
 
 		 615 aa  134  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  28.1 
 
 		 553 aa  122  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.1 
 
 		 640 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  34 
 
 		 758 aa  113  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  28.57 
 
 		 650 aa  112  3e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  26.98 
 
 		 682 aa  111  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.78 
 
 		 639 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  33.84 
 
 		 695 aa  108  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  25.05 
 
 		 607 aa  103  7e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.35 
 
 		 594 aa  101  4e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.45 
 
 		 637 aa  99.8  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1621  hypothetical protein  24.11 
 
 		 596 aa  99  2e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  23.2 
 
 		 634 aa  98.2  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  20.52 
 
 		 728 aa  95.5  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  27.14 
 
 		 773 aa  94.7  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  23.11 
 
 		 707 aa  92.8  1e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3680  hypothetical protein  24.5 
 
 		 667 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228767  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  22.59 
 
 		 669 aa  92.4  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.43 
 
 		 793 aa  90.9  6e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  23.36 
 
 		 714 aa  90.9  6e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  25.56 
 
 		 780 aa  88.6  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2290  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.62 
 
 		 669 aa  87  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2459  hypothetical protein  23.61 
 
 		 606 aa  86.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707067  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  29.46 
 
 		 748 aa  83.6  0.000000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  31.37 
 
 		 782 aa  83.6  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  22.82 
 
 		 688 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0681  overcoming lysogenization defect protein  22.64 
 
 		 696 aa  83.6  0.00000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  33.82 
 
 		 677 aa  82.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  33.82 
 
 		 677 aa  82.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2727  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.71 
 
 		 607 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  31.53 
 
 		 762 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  31.15 
 
 		 564 aa  81.3  0.00000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 645 aa  80.9  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  31.71 
 
 		 807 aa  80.5  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.44 
 
 		 674 aa  79.7  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3887  hypothetical protein  29.61 
 
 		 546 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  32.6 
 
 		 763 aa  79.3  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  22 
 
 		 685 aa  79  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.5 
 
 		 669 aa  77.8  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1393  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.19 
 
 		 552 aa  77.4  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.175069 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0477  hypothetical protein  35.12 
 
 		 543 aa  77  0.0000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000481423  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  23.27 
 
 		 659 aa  75.9  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4449  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  23.74 
 
 		 564 aa  75.1  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1975  hypothetical protein  25.82 
 
 		 554 aa  73.9  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.650483  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  25.97 
 
 		 661 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  28.26 
 
 		 784 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0545  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.5 
 
 		 615 aa  71.2  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1846  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.09 
 
 		 589 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147928 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0940  hypothetical protein  26.17 
 
 		 552 aa  69.7  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1439  hypothetical protein  31.16 
 
 		 744 aa  69.7  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0880018  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2370  hypothetical protein  25.35 
 
 		 553 aa  70.1  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00881  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  31.61 
 
 		 552 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2766  conserved hypothetical protein  31.61 
 
 		 552 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.72525  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1709  hypothetical protein  24.63 
 
 		 554 aa  68.9  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.137419  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00887  hypothetical protein  31.61 
 
 		 552 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1596  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.4 
 
 		 652 aa  69.3  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0980  hypothetical protein  31.61 
 
 		 552 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0950  hypothetical protein  31.61 
 
 		 552 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.714273  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2720  ATP-dependent OLD family endonuclease  31.61 
 
 		 552 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2283  hypothetical protein  31.61 
 
 		 552 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0243665  normal  0.014671 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2452  hypothetical protein  31.61 
 
 		 552 aa  69.3  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.234891  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1038  hypothetical protein  31.61 
 
 		 552 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1037  hypothetical protein  26.27 
 
 		 552 aa  68.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1006  hypothetical protein  26.52 
 
 		 552 aa  68.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  30.81 
 
 		 691 aa  68.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0974  conserved protein nucleotide triphosphate hydrolase domain  26.27 
 
 		 552 aa  68.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.120281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  24.27 
 
 		 645 aa  68.2  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1057  conserved protein, nucleotide triphosphate hydrolase domain protein  30.46 
 
 		 552 aa  68.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0794  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.87 
 
 		 647 aa  68.2  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  27.32 
 
 		 769 aa  67.8  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0449  hypothetical protein  32.35 
 
 		 554 aa  67  0.0000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.380291  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2614  hypothetical protein  30.54 
 
 		 555 aa  67  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1594  hypothetical protein  30.54 
 
 		 555 aa  67  0.0000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2699  hypothetical protein  30.54 
 
 		 555 aa  67  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0206  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.11 
 
 		 689 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  22.74 
 
 		 674 aa  66.6  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05915  hypothetical protein  31.14 
 
 		 544 aa  65.5  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1111  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.05 
 
 		 603 aa  65.5  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000190  ATP-dependent endonuclease  31.14 
 
 		 544 aa  65.1  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0284428  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4083  ATP-dependent OLD family endonuclease  29.81 
 
 		 566 aa  64.7  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0640  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  26.98 
 
 		 601 aa  64.7  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4162  ATP-dependent endonuclease family protein  22.85 
 
 		 600 aa  64.3  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138387  normal  0.169092 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0201  ATP-dependent endonuclease of the OLD family protein  21.38 
 
 		 558 aa  64.3  0.000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1960  hypothetical protein  32.52 
 
 		 522 aa  63.9  0.000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4711  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  29.78 
 
 		 648 aa  63.9  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3525  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  26.13 
 
 		 657 aa  63.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.297188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0225  ATP-dependent OLD family endonuclease  20.9 
 
 		 578 aa  63.5  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000140656 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  21.11 
 
 		 666 aa  62.8  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2270  hypothetical protein  28.74 
 
 		 553 aa  62.4  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250735  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3013  hypothetical protein  31.03 
 
 		 520 aa  62  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.364148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.58 
 
 		 573 aa  60.5  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>