89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2791 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  100 
 
 		 677 aa  1392    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  100 
 
 		 677 aa  1392    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  34.29 
 
 		 669 aa  334  4e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0206  ATP-dependent OLD family endonuclease  33.43 
 
 		 689 aa  316  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  33.66 
 
 		 674 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  31.48 
 
 		 773 aa  302  2e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  32.74 
 
 		 762 aa  300  8e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  32.91 
 
 		 691 aa  290  9e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  31.38 
 
 		 782 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  30.14 
 
 		 807 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  32.3 
 
 		 780 aa  272  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3887  hypothetical protein  33.76 
 
 		 546 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.89 
 
 		 793 aa  250  5e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  29.04 
 
 		 748 aa  249  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  29.96 
 
 		 784 aa  238  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  26.4 
 
 		 728 aa  237  4e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  26.7 
 
 		 707 aa  234  5e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  28.4 
 
 		 714 aa  233  9e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  28.79 
 
 		 763 aa  224  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0681  overcoming lysogenization defect protein  24.9 
 
 		 696 aa  223  9e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1439  hypothetical protein  28.2 
 
 		 744 aa  218  2.9999999999999998e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0880018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  27.78 
 
 		 769 aa  171  6e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0597  hypothetical protein  23.19 
 
 		 773 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  33.66 
 
 		 553 aa  100  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  24.01 
 
 		 650 aa  93.2  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  33.18 
 
 		 594 aa  84  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  33.82 
 
 		 598 aa  82.4  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  23.83 
 
 		 623 aa  82  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  33.02 
 
 		 596 aa  79.7  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  30.22 
 
 		 594 aa  77.4  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  23.08 
 
 		 758 aa  73.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  29.44 
 
 		 637 aa  70.9  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  31.31 
 
 		 695 aa  70.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  29.27 
 
 		 613 aa  70.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1621  hypothetical protein  27.49 
 
 		 596 aa  67.8  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  25.7 
 
 		 669 aa  67.8  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  28.65 
 
 		 688 aa  67.8  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.58 
 
 		 615 aa  64.7  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  23.61 
 
 		 659 aa  64.7  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  25.24 
 
 		 661 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.24 
 
 		 594 aa  62.8  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  27.27 
 
 		 703 aa  63.2  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  28.1 
 
 		 634 aa  62  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  24.89 
 
 		 712 aa  62  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.64 
 
 		 640 aa  61.2  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 645 aa  60.5  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1111  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.7 
 
 		 603 aa  59.7  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  26.89 
 
 		 645 aa  58.9  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  24.48 
 
 		 564 aa  58.5  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.01 
 
 		 639 aa  58.2  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3955  AAA ATPase  31.25 
 
 		 642 aa  57.8  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262295  hitchhiker  0.00100841 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  20.48 
 
 		 674 aa  57.4  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  24.77 
 
 		 682 aa  57.4  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0546  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.9 
 
 		 708 aa  56.6  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  24.51 
 
 		 607 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1846  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.74 
 
 		 589 aa  53.5  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147928 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4449  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  24.47 
 
 		 564 aa  53.1  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0196  ATPase  27.27 
 
 		 666 aa  52.4  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  25.65 
 
 		 574 aa  52  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1866  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.99 
 
 		 595 aa  52  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1869  hypothetical protein  23.35 
 
 		 569 aa  51.6  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.620953  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  21.84 
 
 		 666 aa  51.6  0.00005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3525  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  24.73 
 
 		 657 aa  51.6  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.297188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3383  hypothetical protein  23.35 
 
 		 569 aa  51.6  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3711  SMC domain protein  24.26 
 
 		 653 aa  51.2  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2354  hypothetical protein  22.15 
 
 		 565 aa  50.4  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3680  hypothetical protein  24.76 
 
 		 667 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228767  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1049  AAA ATPase  24.34 
 
 		 537 aa  48.5  0.0004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2727  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.45 
 
 		 607 aa  48.1  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3739  hypothetical protein  29.17 
 
 		 428 aa  48.1  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.459045 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2994  ATP-dependent OLD family endonuclease  29 
 
 		 608 aa  48.1  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  21.39 
 
 		 685 aa  47.8  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2290  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.43 
 
 		 669 aa  47.4  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0949  hypothetical protein  25.85 
 
 		 603 aa  47  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1596  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.29 
 
 		 652 aa  47.4  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.51 
 
 		 573 aa  47  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4238  ABC transporter  30.88 
 
 		 588 aa  47  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3102  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.92 
 
 		 582 aa  46.6  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.251459 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6914  initiation factor 2 associated domain-containing protein  37.33 
 
 		 680 aa  46.2  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.622246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1709  SMC domain protein  25.74 
 
 		 584 aa  45.4  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.000133048  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0707  hypothetical protein  34.15 
 
 		 374 aa  45.8  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3185  ATP-dependent endonuclease family protein  24.16 
 
 		 641 aa  45.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3445  hypothetical protein  32.69 
 
 		 628 aa  45.1  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.919866  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1029  hypothetical protein  35.71 
 
 		 565 aa  44.7  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3087  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.9 
 
 		 605 aa  45.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0640  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  24.76 
 
 		 601 aa  45.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1027  hypothetical protein  32.89 
 
 		 374 aa  44.7  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0870  ATP-dependent OLD family endonuclease  20.92 
 
 		 591 aa  44.7  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1873  hypothetical protein  37.25 
 
 		 408 aa  44.7  0.006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>