128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4153 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  100 
 
 		 574 aa  1185    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  25.78 
 
 		 598 aa  136  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  25.88 
 
 		 613 aa  135  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  26.11 
 
 		 594 aa  134  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  26.54 
 
 		 594 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  26.87 
 
 		 596 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  26.46 
 
 		 553 aa  104  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  24.8 
 
 		 695 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  25.9 
 
 		 623 aa  91.7  3e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.29 
 
 		 615 aa  89.7  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.49 
 
 		 640 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  22.98 
 
 		 674 aa  84.7  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2727  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.61 
 
 		 607 aa  84.3  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000190  ATP-dependent endonuclease  24.95 
 
 		 544 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0284428  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  24.61 
 
 		 634 aa  80.5  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  22.91 
 
 		 607 aa  80.1  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1241  hypothetical protein  23.03 
 
 		 610 aa  78.6  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.625082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  24.09 
 
 		 685 aa  73.6  0.000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 645 aa  73.6  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  25.82 
 
 		 650 aa  72.8  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0477  hypothetical protein  23.18 
 
 		 543 aa  71.2  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000481423  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2759  ATP-dependent OLD family endonuclease  29.61 
 
 		 608 aa  71.2  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  24.31 
 
 		 682 aa  71.2  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.97 
 
 		 637 aa  70.1  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2659  ATP-dependent OLD family endonuclease  39.05 
 
 		 548 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0191795  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05915  hypothetical protein  30.46 
 
 		 544 aa  69.3  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  31.71 
 
 		 758 aa  68.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2459  hypothetical protein  21.27 
 
 		 606 aa  68.6  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707067  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.49 
 
 		 594 aa  67.8  0.0000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3445  hypothetical protein  20.57 
 
 		 628 aa  67  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.919866  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1393  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.24 
 
 		 552 aa  65.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.175069 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0449  hypothetical protein  29.8 
 
 		 554 aa  65.5  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.380291  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4083  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.48 
 
 		 566 aa  64.7  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1621  hypothetical protein  23.8 
 
 		 596 aa  64.7  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  21.26 
 
 		 645 aa  63.5  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.15 
 
 		 639 aa  63.5  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1984  hypothetical protein  30.77 
 
 		 566 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  29.08 
 
 		 688 aa  62.8  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2354  hypothetical protein  24.59 
 
 		 565 aa  62.8  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  21.47 
 
 		 669 aa  62.4  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  26.54 
 
 		 712 aa  62  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1846  ATP-dependent OLD family endonuclease  30 
 
 		 589 aa  61.6  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147928 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  22.09 
 
 		 659 aa  60.8  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  26.6 
 
 		 661 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  26.96 
 
 		 666 aa  59.7  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0974  conserved protein nucleotide triphosphate hydrolase domain  28 
 
 		 552 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.120281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1037  hypothetical protein  28 
 
 		 552 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1057  conserved protein, nucleotide triphosphate hydrolase domain protein  28 
 
 		 552 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0940  hypothetical protein  28 
 
 		 552 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1006  hypothetical protein  28 
 
 		 552 aa  59.3  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00881  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  25.54 
 
 		 552 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2766  conserved hypothetical protein  25.54 
 
 		 552 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.72525  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0201  ATP-dependent endonuclease of the OLD family protein  20.8 
 
 		 558 aa  58.5  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00887  hypothetical protein  25.54 
 
 		 552 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0980  hypothetical protein  25.54 
 
 		 552 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0950  hypothetical protein  25.54 
 
 		 552 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.714273  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2720  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.54 
 
 		 552 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2283  hypothetical protein  25.54 
 
 		 552 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0243665  normal  0.014671 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2452  hypothetical protein  25.54 
 
 		 552 aa  58.5  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.234891  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1038  hypothetical protein  25.54 
 
 		 552 aa  58.5  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0794  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.99 
 
 		 647 aa  58.2  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2614  hypothetical protein  25.86 
 
 		 555 aa  58.2  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1594  hypothetical protein  25.86 
 
 		 555 aa  58.2  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2699  hypothetical protein  25.86 
 
 		 555 aa  58.2  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2518  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.5 
 
 		 613 aa  57.8  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0215068  normal  0.744672 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.82 
 
 		 669 aa  57.8  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0545  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.53 
 
 		 615 aa  57  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1668  hypothetical protein  23.56 
 
 		 554 aa  57  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413918  normal  0.886793 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2270  hypothetical protein  23.27 
 
 		 553 aa  55.5  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250735  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4162  ATP-dependent endonuclease family protein  26.74 
 
 		 600 aa  55.5  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138387  normal  0.169092 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1302  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.73 
 
 		 634 aa  55.1  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.314426  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5825  SMC domain protein  21.02 
 
 		 369 aa  54.7  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.408353 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2370  hypothetical protein  23.31 
 
 		 553 aa  53.9  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3680  hypothetical protein  25.29 
 
 		 667 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228767  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_002950  PG1025  hypothetical protein  22.29 
 
 		 362 aa  53.1  0.00001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000305528 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0640  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  24.14 
 
 		 601 aa  53.5  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3650  hypothetical protein  24.78 
 
 		 426 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.574815  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2290  ATP-dependent OLD family endonuclease  20.9 
 
 		 669 aa  52.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1596  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.11 
 
 		 652 aa  52.4  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.65 
 
 		 677 aa  52.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3013  hypothetical protein  22.05 
 
 		 520 aa  52.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.364148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.65 
 
 		 677 aa  52.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  27.17 
 
 		 703 aa  52  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3087  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.85 
 
 		 605 aa  52.4  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0505  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  26.86 
 
 		 663 aa  51.6  0.00004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0949649  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.24 
 
 		 674 aa  51.2  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0870  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.98 
 
 		 591 aa  51.2  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1049  AAA ATPase  25.11 
 
 		 537 aa  51.2  0.00005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1915  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  23.45 
 
 		 529 aa  51.2  0.00005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  28.02 
 
 		 773 aa  50.8  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1975  hypothetical protein  21.71 
 
 		 554 aa  50.4  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.650483  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  24.47 
 
 		 728 aa  49.7  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1709  hypothetical protein  21.71 
 
 		 554 aa  49.3  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.137419  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2624  hypothetical protein  32.94 
 
 		 505 aa  49.3  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0206  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.2 
 
 		 689 aa  49.3  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1849  SMC domain protein  21.98 
 
 		 422 aa  48.9  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1111  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.15 
 
 		 603 aa  48.9  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3140  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  25.72 
 
 		 681 aa  48.9  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.239895  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0597  hypothetical protein  26.34 
 
 		 773 aa  48.1  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1960  hypothetical protein  27.27 
 
 		 522 aa  48.1  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>