92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2290 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2290  ATP-dependent OLD family endonuclease  100 
 
 		 669 aa  1357    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  37.26 
 
 		 615 aa  338  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  24.2 
 
 		 623 aa  152  2e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  25.58 
 
 		 553 aa  132  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  27.97 
 
 		 695 aa  132  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  29.81 
 
 		 682 aa  106  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  29.72 
 
 		 758 aa  97.8  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  24.76 
 
 		 598 aa  94.4  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1621  hypothetical protein  24.27 
 
 		 596 aa  92  3e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  23.9 
 
 		 594 aa  87.8  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  23.41 
 
 		 650 aa  87.4  7e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1596  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.11 
 
 		 652 aa  79.7  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  24.58 
 
 		 596 aa  79.7  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  24.32 
 
 		 613 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  26.1 
 
 		 594 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  20.9 
 
 		 707 aa  70.9  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  26.32 
 
 		 748 aa  60.8  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  24.65 
 
 		 714 aa  60.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.96 
 
 		 669 aa  60.1  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0206  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.07 
 
 		 689 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  28.1 
 
 		 763 aa  58.9  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  25.94 
 
 		 691 aa  58.5  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.43 
 
 		 674 aa  58.2  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3887  hypothetical protein  28.84 
 
 		 546 aa  57.8  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  23.15 
 
 		 728 aa  57.8  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  19.95 
 
 		 666 aa  57.8  0.0000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  23.7 
 
 		 780 aa  56.2  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0681  overcoming lysogenization defect protein  29.29 
 
 		 696 aa  56.2  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.84 
 
 		 793 aa  55.8  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  39.05 
 
 		 762 aa  55.5  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  23.86 
 
 		 712 aa  55.5  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  21.29 
 
 		 574 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  37.08 
 
 		 807 aa  54.3  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  48.15 
 
 		 401 aa  53.9  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  28.37 
 
 		 769 aa  53.5  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  22.97 
 
 		 703 aa  52.4  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1439  hypothetical protein  24.58 
 
 		 744 aa  52.8  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0880018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  27.03 
 
 		 782 aa  52.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  45.83 
 
 		 399 aa  51.6  0.00005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  23.5 
 
 		 773 aa  50.4  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  43.75 
 
 		 380 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  43.75 
 
 		 384 aa  49.7  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1866  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.61 
 
 		 595 aa  49.7  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  43.75 
 
 		 380 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  33.7 
 
 		 637 aa  48.9  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.8 
 
 		 677 aa  48.5  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  22.22 
 
 		 784 aa  48.5  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0764  hypothetical protein  25.97 
 
 		 371 aa  48.5  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.8 
 
 		 677 aa  48.5  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  34.12 
 
 		 379 aa  47.8  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  45.83 
 
 		 371 aa  47.4  0.0008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  42.59 
 
 		 386 aa  47.4  0.0008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  40.74 
 
 		 390 aa  47.4  0.0009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  30.77 
 
 		 409 aa  47.4  0.0009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0776  chromosome segregation SMC protein  35.37 
 
 		 1191 aa  46.6  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00198002  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  43.75 
 
 		 377 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  38.3 
 
 		 420 aa  47.4  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  44.19 
 
 		 371 aa  46.2  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  40.74 
 
 		 389 aa  46.6  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0947  SMC domain protein  35 
 
 		 1082 aa  46.2  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.823623  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  43.75 
 
 		 376 aa  45.4  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  40.74 
 
 		 398 aa  45.8  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  42.59 
 
 		 385 aa  45.8  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0216  chromosome segregation protein SMC  35.21 
 
 		 1181 aa  45.8  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  37.04 
 
 		 363 aa  45.1  0.004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0679  chromosome segregation protein SMC  40 
 
 		 1168 aa  45.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1587  chromosome segregation protein SMC  35.71 
 
 		 1194 aa  45.1  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1774  chromosome segregation protein SMC  37.11 
 
 		 1164 aa  45.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.21183  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.13 
 
 		 359 aa  45.4  0.004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  30.43 
 
 		 369 aa  45.1  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0653  chromosome segregation protein SMC  38.03 
 
 		 1169 aa  44.7  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1524  chromosome partition protein smc  38.03 
 
 		 1169 aa  44.7  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  37.04 
 
 		 377 aa  44.7  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  37.04 
 
 		 380 aa  45.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  37.04 
 
 		 380 aa  45.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.5 
 
 		 397 aa  44.7  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  37.04 
 
 		 380 aa  45.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4760  SMC domain-containing protein  34.94 
 
 		 533 aa  44.7  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  41.67 
 
 		 401 aa  45.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0863  condensin subunit Smc  46.67 
 
 		 1174 aa  44.7  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0748  hypothetical protein  29.87 
 
 		 377 aa  44.7  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1873  hypothetical protein  27.23 
 
 		 408 aa  44.3  0.007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3273  condensin subunit Smc  34.29 
 
 		 1188 aa  44.3  0.008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.739482  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  41.3 
 
 		 371 aa  44.3  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  31.58 
 
 		 379 aa  44.3  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  37.5 
 
 		 390 aa  44.3  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  41.67 
 
 		 402 aa  43.9  0.009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  24.07 
 
 		 391 aa  43.9  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  21.43 
 
 		 669 aa  43.9  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.53 
 
 		 379 aa  43.9  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  37.5 
 
 		 390 aa  43.9  0.01  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1846  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.07 
 
 		 589 aa  43.9  0.01  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147928 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>