85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0196 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3525  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  54.06 
 
 		 657 aa  707    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.297188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0196  ATPase  100 
 
 		 666 aa  1369    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  38.68 
 
 		 661 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  35.99 
 
 		 669 aa  382  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  34.67 
 
 		 685 aa  377  1e-103  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  35.98 
 
 		 639 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  34.62 
 
 		 659 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  35.26 
 
 		 634 aa  354  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3680  hypothetical protein  34.14 
 
 		 667 aa  349  8e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228767  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  34.44 
 
 		 645 aa  346  8e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  33.28 
 
 		 674 aa  345  2e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 645 aa  343  5e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  24.46 
 
 		 623 aa  79.3  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  21.21 
 
 		 728 aa  77  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  22.77 
 
 		 598 aa  73.2  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  25.7 
 
 		 607 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  29.51 
 
 		 669 aa  72.8  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  22.92 
 
 		 594 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.06 
 
 		 594 aa  68.2  0.0000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  29.07 
 
 		 780 aa  67.4  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  22.4 
 
 		 594 aa  67  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  22.26 
 
 		 714 aa  66.6  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.2 
 
 		 677 aa  65.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.2 
 
 		 677 aa  65.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.42 
 
 		 793 aa  65.9  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1439  hypothetical protein  27.13 
 
 		 744 aa  64.7  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0880018  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  24.14 
 
 		 763 aa  63.5  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  21.92 
 
 		 695 aa  63.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  27.6 
 
 		 596 aa  62  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  25.68 
 
 		 748 aa  59.7  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  23.24 
 
 		 707 aa  60.1  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  27.12 
 
 		 807 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1111  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.06 
 
 		 603 aa  59.7  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  24.86 
 
 		 762 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  25.47 
 
 		 782 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  23.17 
 
 		 773 aa  58.2  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0597  hypothetical protein  25.78 
 
 		 773 aa  57.4  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  29.52 
 
 		 688 aa  57  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  25.41 
 
 		 784 aa  57.4  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0206  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.6 
 
 		 689 aa  56.6  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1049  AAA ATPase  30.43 
 
 		 537 aa  55.1  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  28.57 
 
 		 682 aa  54.3  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.26 
 
 		 674 aa  53.5  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  22.92 
 
 		 712 aa  53.5  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0794  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.15 
 
 		 647 aa  52.8  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.13 
 
 		 637 aa  53.1  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4449  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  28.66 
 
 		 564 aa  52.8  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2313  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  45.28 
 
 		 496 aa  53.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0748402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  29.48 
 
 		 613 aa  52.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0201  ATP-dependent endonuclease of the OLD family protein  22.46 
 
 		 558 aa  53.1  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3955  AAA ATPase  27 
 
 		 642 aa  52.4  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262295  hitchhiker  0.00100841 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3711  SMC domain protein  51.02 
 
 		 653 aa  51.6  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  23.5 
 
 		 564 aa  50.1  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1846  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.11 
 
 		 589 aa  50.4  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147928 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3887  hypothetical protein  23.76 
 
 		 546 aa  49.7  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1866  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.64 
 
 		 595 aa  48.9  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  37.31 
 
 		 758 aa  48.5  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1596  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.36 
 
 		 652 aa  48.5  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3013  hypothetical protein  28.48 
 
 		 520 aa  48.1  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.364148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  24.16 
 
 		 769 aa  48.1  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  26.25 
 
 		 574 aa  48.1  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  26.94 
 
 		 691 aa  47.8  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0626  SMC domain protein  46 
 
 		 439 aa  47.4  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  41.67 
 
 		 363 aa  46.6  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00887  hypothetical protein  28.82 
 
 		 552 aa  46.2  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0980  hypothetical protein  28.82 
 
 		 552 aa  46.2  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00881  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  28.82 
 
 		 552 aa  46.2  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2766  conserved hypothetical protein  28.82 
 
 		 552 aa  46.2  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.72525  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  26.39 
 
 		 650 aa  46.2  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1038  hypothetical protein  28.82 
 
 		 552 aa  46.2  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0950  hypothetical protein  28.82 
 
 		 552 aa  46.2  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.714273  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3445  hypothetical protein  26.14 
 
 		 628 aa  45.8  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.919866  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2720  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.82 
 
 		 552 aa  46.2  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2283  hypothetical protein  28.82 
 
 		 552 aa  46.2  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0243665  normal  0.014671 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2452  hypothetical protein  28.82 
 
 		 552 aa  46.2  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.234891  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00630  hypothetical protein  29.46 
 
 		 535 aa  46.2  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0944683  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.43 
 
 		 640 aa  45.4  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  24.37 
 
 		 703 aa  45.8  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3828  hypothetical protein  35.94 
 
 		 604 aa  45.4  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.220846  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1846  ATPase-like protein  38.89 
 
 		 409 aa  45.1  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1087  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.17 
 
 		 616 aa  44.7  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.14427  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000190  ATP-dependent endonuclease  24.89 
 
 		 544 aa  44.7  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0284428  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4711  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  29.94 
 
 		 648 aa  44.3  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0004  ATP binding protein  40 
 
 		 454 aa  44.3  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1960  hypothetical protein  25.93 
 
 		 522 aa  43.9  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>