118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2666 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  100 
 
 		 553 aa  1126    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  30.19 
 
 		 650 aa  250  4e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  31.26 
 
 		 623 aa  246  8e-64  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  33.71 
 
 		 758 aa  163  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  30.19 
 
 		 695 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  26.71 
 
 		 596 aa  159  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  29.09 
 
 		 594 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  27.91 
 
 		 594 aa  150  8e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.66 
 
 		 615 aa  147  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  27.74 
 
 		 682 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  28.41 
 
 		 613 aa  136  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1621  hypothetical protein  24.95 
 
 		 596 aa  135  9.999999999999999e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2290  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.52 
 
 		 669 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  28.54 
 
 		 598 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.48 
 
 		 637 aa  125  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  22.7 
 
 		 703 aa  125  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  26.35 
 
 		 574 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  22.29 
 
 		 712 aa  106  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  33.66 
 
 		 677 aa  100  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  33.66 
 
 		 677 aa  100  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  30.57 
 
 		 780 aa  95.5  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  37.95 
 
 		 691 aa  95.1  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  30.19 
 
 		 807 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  22.44 
 
 		 714 aa  85.9  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  31.08 
 
 		 707 aa  85.1  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0681  overcoming lysogenization defect protein  30.23 
 
 		 696 aa  84.3  0.000000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  29.86 
 
 		 793 aa  84  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3887  hypothetical protein  31.8 
 
 		 546 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  20.81 
 
 		 674 aa  79  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  29.6 
 
 		 773 aa  78.6  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  24.67 
 
 		 607 aa  78.2  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  26.7 
 
 		 728 aa  78.2  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.96 
 
 		 640 aa  77  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.7 
 
 		 674 aa  76.6  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0206  ATP-dependent OLD family endonuclease  32.76 
 
 		 689 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  23.16 
 
 		 564 aa  76.3  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.24 
 
 		 669 aa  74.3  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  28.16 
 
 		 688 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  32.2 
 
 		 762 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1596  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.05 
 
 		 652 aa  73.2  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  26.34 
 
 		 769 aa  72.4  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0597  hypothetical protein  23.49 
 
 		 773 aa  72  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  21.75 
 
 		 669 aa  70.1  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0449  hypothetical protein  27.75 
 
 		 554 aa  69.7  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.380291  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  27.27 
 
 		 748 aa  68.9  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3680  hypothetical protein  21.64 
 
 		 667 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228767  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  22.93 
 
 		 661 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  22.01 
 
 		 685 aa  67.8  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  28.28 
 
 		 782 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0546  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.62 
 
 		 708 aa  67.4  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.75 
 
 		 594 aa  66.6  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  22.93 
 
 		 659 aa  66.2  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0794  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.38 
 
 		 647 aa  64.7  0.000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1869  hypothetical protein  22.16 
 
 		 569 aa  64.3  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.620953  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3383  hypothetical protein  22.16 
 
 		 569 aa  64.3  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1439  hypothetical protein  28.18 
 
 		 744 aa  62.8  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0880018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0477  hypothetical protein  25.15 
 
 		 543 aa  62.8  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000481423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  26.9 
 
 		 784 aa  62  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000190  ATP-dependent endonuclease  24.23 
 
 		 544 aa  62  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0284428  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1846  ATP-dependent OLD family endonuclease  32.59 
 
 		 589 aa  60.8  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147928 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  22.2 
 
 		 645 aa  60.5  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  20.69 
 
 		 666 aa  59.7  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  26.7 
 
 		 763 aa  60.1  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0201  ATP-dependent endonuclease of the OLD family protein  20.9 
 
 		 558 aa  58.9  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  18.75 
 
 		 639 aa  58.2  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2614  hypothetical protein  25.9 
 
 		 555 aa  57.8  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1594  hypothetical protein  25.9 
 
 		 555 aa  57.8  0.0000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2699  hypothetical protein  25.9 
 
 		 555 aa  57.8  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3955  AAA ATPase  29.44 
 
 		 642 aa  56.6  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262295  hitchhiker  0.00100841 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4083  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.29 
 
 		 566 aa  56.6  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  21.1 
 
 		 634 aa  57  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  20.96 
 
 		 645 aa  55.8  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3140  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  29.41 
 
 		 681 aa  55.8  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.239895  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4848  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.57 
 
 		 626 aa  55.5  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0505  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  28.43 
 
 		 663 aa  55.8  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0949649  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2270  hypothetical protein  25.52 
 
 		 553 aa  55.8  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250735  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1049  AAA ATPase  26.37 
 
 		 537 aa  55.5  0.000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05915  hypothetical protein  26.44 
 
 		 544 aa  55.1  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1668  hypothetical protein  25.9 
 
 		 554 aa  55.1  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413918  normal  0.886793 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0093  conserved hypothetical protein  28.57 
 
 		 495 aa  53.9  0.000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.123292  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2073  ATPase-like protein  30.41 
 
 		 497 aa  53.9  0.000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.672394  normal  0.790362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2540  hypothetical protein  27.1 
 
 		 593 aa  51.6  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.183963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4449  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  23.33 
 
 		 564 aa  51.2  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3013  hypothetical protein  23.58 
 
 		 520 aa  50.8  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.364148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1960  hypothetical protein  27.8 
 
 		 522 aa  50.8  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0974  conserved protein nucleotide triphosphate hydrolase domain  27.22 
 
 		 552 aa  50.8  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.120281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1037  hypothetical protein  27.22 
 
 		 552 aa  50.8  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1057  conserved protein, nucleotide triphosphate hydrolase domain protein  27.22 
 
 		 552 aa  50.8  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0940  hypothetical protein  27.22 
 
 		 552 aa  50.8  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1006  hypothetical protein  27.22 
 
 		 552 aa  50.8  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1393  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.7 
 
 		 552 aa  50.1  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.175069 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1866  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.7 
 
 		 595 aa  50.1  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0681  hypothetical protein  24.19 
 
 		 619 aa  49.7  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0640  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  25.67 
 
 		 601 aa  49.7  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1111  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.6 
 
 		 603 aa  49.3  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0980  hypothetical protein  25.56 
 
 		 552 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0950  hypothetical protein  25.56 
 
 		 552 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.714273  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2283  hypothetical protein  25.56 
 
 		 552 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0243665  normal  0.014671 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1038  hypothetical protein  25.56 
 
 		 552 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1302  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.73 
 
 		 634 aa  49.3  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.314426  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>