67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1960 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1960  hypothetical protein  100 
 
 		 522 aa  1077    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3013  hypothetical protein  52.49 
 
 		 520 aa  568  1e-161  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.364148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00630  hypothetical protein  31.66 
 
 		 535 aa  240  5e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0944683  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4760  SMC domain-containing protein  31.67 
 
 		 533 aa  233  7.000000000000001e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3757  hypothetical protein  31.85 
 
 		 532 aa  232  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2562  hypothetical protein  32.97 
 
 		 541 aa  220  3.9999999999999997e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.421281 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1049  AAA ATPase  27.08 
 
 		 537 aa  179  1e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3383  hypothetical protein  22.84 
 
 		 569 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1869  hypothetical protein  22.84 
 
 		 569 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.620953  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  24.49 
 
 		 613 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  32.52 
 
 		 598 aa  63.9  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2354  hypothetical protein  23.85 
 
 		 565 aa  62  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  34.29 
 
 		 703 aa  60.8  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  33.11 
 
 		 712 aa  58.5  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  25.82 
 
 		 623 aa  58.5  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1132  hypothetical protein  24.16 
 
 		 358 aa  57.8  0.0000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0249333  normal  0.954197 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  28.92 
 
 		 661 aa  57  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  23.67 
 
 		 650 aa  53.9  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  28.74 
 
 		 596 aa  52.4  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  29.92 
 
 		 807 aa  50.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  28 
 
 		 553 aa  50.8  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  27.49 
 
 		 594 aa  50.4  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  28.27 
 
 		 728 aa  50.1  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1621  hypothetical protein  26.6 
 
 		 596 aa  49.7  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  27.07 
 
 		 691 aa  48.9  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.72 
 
 		 637 aa  48.9  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3946  hypothetical protein  41.67 
 
 		 356 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  27.27 
 
 		 574 aa  48.1  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  34.78 
 
 		 773 aa  47.8  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  25 
 
 		 782 aa  47.8  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  25.38 
 
 		 695 aa  47.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1095  hypothetical protein  46.43 
 
 		 453 aa  47.8  0.0006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00653553  hitchhiker  0.00178411 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  40 
 
 		 564 aa  47.4  0.0007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1061  hypothetical protein  34.62 
 
 		 712 aa  47.4  0.0007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00298037  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1606  ATPase  31 
 
 		 368 aa  47.4  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00139192 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  28.74 
 
 		 780 aa  47  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0681  overcoming lysogenization defect protein  26.6 
 
 		 696 aa  47  0.0008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2614  hypothetical protein  26.04 
 
 		 555 aa  47  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1950  hypothetical protein  46.43 
 
 		 460 aa  47  0.0009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00278389  hitchhiker  1.70461e-18 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1594  hypothetical protein  26.04 
 
 		 555 aa  47  0.0009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2699  hypothetical protein  26.04 
 
 		 555 aa  47  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.73 
 
 		 669 aa  47  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1484  SMC domain-containing protein  43.75 
 
 		 1061 aa  47  0.001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0728646  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  22.97 
 
 		 762 aa  46.6  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2057  putative ATPase  40.38 
 
 		 341 aa  45.4  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2459  hypothetical protein  30.86 
 
 		 606 aa  45.8  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707067  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1891  SMC domain protein  30.43 
 
 		 628 aa  45.4  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  25.49 
 
 		 714 aa  45.8  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2624  hypothetical protein  30.1 
 
 		 505 aa  46.2  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0944  SMC protein-like protein  39.58 
 
 		 483 aa  45.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.665094  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  28.48 
 
 		 594 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  25.13 
 
 		 607 aa  45.4  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2704  hypothetical protein  24.84 
 
 		 581 aa  45.4  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00140481  normal  0.0421451 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1413  hypothetical protein  36.36 
 
 		 396 aa  45.1  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.923641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  43.48 
 
 		 364 aa  44.7  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2545  ATPase-like  33.77 
 
 		 419 aa  45.1  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000977998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0421  hypothetical protein  31.11 
 
 		 368 aa  44.7  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0794  ATP-dependent OLD family endonuclease  45.65 
 
 		 647 aa  44.7  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  20.65 
 
 		 666 aa  44.7  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2832  SMC domain protein  22.25 
 
 		 580 aa  44.3  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3622  SMC domain protein  20.99 
 
 		 363 aa  44.3  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.84 
 
 		 639 aa  43.9  0.007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  25.16 
 
 		 669 aa  43.5  0.008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.23 
 
 		 793 aa  43.5  0.008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4337  DNA repair protein RecN  31.65 
 
 		 559 aa  43.5  0.009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0513473  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1915  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  44.44 
 
 		 529 aa  43.5  0.01  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  25.29 
 
 		 688 aa  43.5  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>