60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1439 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1439  hypothetical protein  100 
 
 
744 aa  1522    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0880018  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  46.15 
 
 
763 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  43.15 
 
 
784 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  40.7 
 
 
748 aa  514  1e-144  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  33.38 
 
 
769 aa  380  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  31.86 
 
 
782 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  31.51 
 
 
773 aa  330  6e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  30.04 
 
 
807 aa  317  7e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  31.53 
 
 
793 aa  310  4e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  30.76 
 
 
762 aa  310  5e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  32.82 
 
 
780 aa  303  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  32.01 
 
 
691 aa  250  8e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3887  hypothetical protein  31.97 
 
 
546 aa  238  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  29.34 
 
 
674 aa  220  8.999999999999998e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0206  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.97 
 
 
689 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.71 
 
 
669 aa  197  6e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  26.62 
 
 
714 aa  188  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.83 
 
 
677 aa  182  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.83 
 
 
677 aa  182  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  24.13 
 
 
728 aa  173  7.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0681  overcoming lysogenization defect protein  24.19 
 
 
696 aa  164  5.0000000000000005e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  27.54 
 
 
707 aa  156  2e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0597  hypothetical protein  21.1 
 
 
773 aa  119  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  22.2 
 
 
650 aa  76.3  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  26.01 
 
 
669 aa  70.5  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  30.3 
 
 
695 aa  69.7  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  31.16 
 
 
598 aa  69.7  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  28.88 
 
 
623 aa  68.2  0.0000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  27.39 
 
 
661 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.27 
 
 
594 aa  65.1  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  28.33 
 
 
712 aa  64.7  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  28.18 
 
 
553 aa  62.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  27.03 
 
 
596 aa  63.2  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  28.57 
 
 
703 aa  62.4  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  22.86 
 
 
659 aa  61.2  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  29.14 
 
 
594 aa  61.2  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.05 
 
 
640 aa  60.5  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  28.34 
 
 
613 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  24.02 
 
 
682 aa  59.7  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  30.46 
 
 
594 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  27.93 
 
 
758 aa  59.3  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  24.79 
 
 
607 aa  58.2  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.96 
 
 
637 aa  58.2  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  26.34 
 
 
645 aa  57.4  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0225  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.55 
 
 
578 aa  57.4  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000140656 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  24.76 
 
 
634 aa  55.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3525  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  25.14 
 
 
657 aa  54.7  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.297188  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.76 
 
 
573 aa  53.5  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.7 
 
 
639 aa  53.9  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0196  ATPase  27.13 
 
 
666 aa  52.8  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  25.23 
 
 
645 aa  53.5  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0640  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  26.59 
 
 
601 aa  52.4  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  25.63 
 
 
674 aa  52  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2290  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.58 
 
 
669 aa  52  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23738  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  23.91 
 
 
688 aa  48.9  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1621  hypothetical protein  23.27 
 
 
596 aa  48.1  0.0006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  21.6 
 
 
564 aa  47.8  0.0007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3955  AAA ATPase  28.02 
 
 
642 aa  47.4  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262295  hitchhiker  0.00100841 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  21.61 
 
 
685 aa  46.2  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.68 
 
 
353 aa  45.4  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000383314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>