113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1111 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1111  ATP-dependent OLD family endonuclease  100 
 
 		 603 aa  1243    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2727  ATP-dependent OLD family endonuclease  39.2 
 
 		 607 aa  404  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3087  ATP-dependent OLD family endonuclease  37.33 
 
 		 605 aa  384  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1846  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.87 
 
 		 589 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147928 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4449  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  26.2 
 
 		 564 aa  147  6e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0870  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.1 
 
 		 591 aa  140  7e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3567  OLD family ATP-dependent endonuclease-like protein  30.6 
 
 		 604 aa  129  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274046 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0949  hypothetical protein  23.34 
 
 		 603 aa  123  9e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0886  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  32.13 
 
 		 579 aa  116  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0477165  normal  0.341394 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3102  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.96 
 
 		 582 aa  112  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.251459 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1866  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.55 
 
 		 595 aa  97.8  5e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  23.89 
 
 		 666 aa  92.8  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3140  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  23.85 
 
 		 681 aa  92.8  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.239895  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4641  ATP-dependent endonuclease  24.09 
 
 		 626 aa  92  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.01769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.47 
 
 		 573 aa  90.9  7e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3711  SMC domain protein  23.96 
 
 		 653 aa  88.2  4e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3445  hypothetical protein  25.18 
 
 		 628 aa  87.8  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.919866  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  30.52 
 
 		 564 aa  85.5  0.000000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0505  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  23.59 
 
 		 663 aa  84.3  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0949649  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  22.61 
 
 		 688 aa  80.5  0.00000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4848  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.04 
 
 		 626 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2782  hypothetical protein  25.39 
 
 		 440 aa  77  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1596  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.67 
 
 		 652 aa  73.6  0.000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2518  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.27 
 
 		 613 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0215068  normal  0.744672 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  25.95 
 
 		 661 aa  67.4  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  27.05 
 
 		 598 aa  65.5  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3185  ATP-dependent endonuclease family protein  27.4 
 
 		 641 aa  65.5  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0673  ATP-dependent endonuclease family protein  28.57 
 
 		 619 aa  64.7  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.924756 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2759  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.29 
 
 		 608 aa  64.3  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0225  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.6 
 
 		 578 aa  63.9  0.000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000140656 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  28.57 
 
 		 674 aa  63.5  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  22.43 
 
 		 594 aa  62.4  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4711  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  42.11 
 
 		 648 aa  62.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  22.56 
 
 		 613 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.7 
 
 		 677 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.7 
 
 		 677 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1915  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  27.84 
 
 		 529 aa  57.8  0.0000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1241  hypothetical protein  22.65 
 
 		 610 aa  57.8  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.625082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  26.86 
 
 		 659 aa  57  0.0000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  24.61 
 
 		 758 aa  57  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  31.4 
 
 		 596 aa  56.6  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1387  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.2 
 
 		 550 aa  56.2  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.398618  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1535  RloH  24.24 
 
 		 588 aa  55.8  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000290266  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  25.67 
 
 		 691 aa  55.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1516  ATP-dependent endonuclease family protein  25.11 
 
 		 586 aa  56.2  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.749e-16 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  22.99 
 
 		 703 aa  55.1  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  26.13 
 
 		 685 aa  55.1  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0545  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.74 
 
 		 615 aa  54.3  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0640  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  22.89 
 
 		 601 aa  54.3  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2994  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.17 
 
 		 608 aa  53.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  20.47 
 
 		 669 aa  53.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  25.24 
 
 		 650 aa  52.8  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2459  hypothetical protein  24.26 
 
 		 606 aa  52.4  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707067  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  27.23 
 
 		 594 aa  50.8  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4162  ATP-dependent endonuclease family protein  24.54 
 
 		 600 aa  50.8  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138387  normal  0.169092 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3650  hypothetical protein  46.81 
 
 		 426 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.574815  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 645 aa  50.4  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  20.91 
 
 		 793 aa  49.7  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.65 
 
 		 640 aa  50.4  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  25.58 
 
 		 645 aa  49.3  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5825  SMC domain protein  37.84 
 
 		 369 aa  48.9  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.408353 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1680  hypothetical protein  27.37 
 
 		 771 aa  48.9  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0387712  normal  0.041067 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1709  SMC domain protein  25.53 
 
 		 584 aa  48.9  0.0003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.000133048  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  40.98 
 
 		 607 aa  48.9  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  25.15 
 
 		 574 aa  48.9  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  26.86 
 
 		 780 aa  48.9  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0257  hypothetical protein  42.55 
 
 		 159 aa  48.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00160125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  23.2 
 
 		 669 aa  48.5  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4117  hypothetical protein  29.7 
 
 		 441 aa  48.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1486  ATPase-like protein  21.86 
 
 		 382 aa  48.1  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.696745 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1460  ABC transport protein, ATP-binding subunit  21.86 
 
 		 382 aa  48.1  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1302  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.18 
 
 		 634 aa  47.8  0.0005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.314426  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0588  hypothetical protein  46.67 
 
 		 397 aa  47.8  0.0006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.84533  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2073  ATPase-like protein  38.89 
 
 		 497 aa  47.8  0.0006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.672394  normal  0.790362 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0794  ATP-dependent OLD family endonuclease  41.67 
 
 		 647 aa  47.8  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3047  ATP-dependent endonuclease family protein  27.49 
 
 		 598 aa  47.8  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.300622  normal  0.13978 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0618  hypothetical protein  23.87 
 
 		 578 aa  47.8  0.0006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.508373  normal  0.13002 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3056  ATP-dependent endonuclease family protein  24.5 
 
 		 598 aa  47.8  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  24.07 
 
 		 807 aa  47.4  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  31.25 
 
 		 623 aa  47.4  0.0008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0093  conserved hypothetical protein  31.07 
 
 		 495 aa  47  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.123292  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0307  SMC domain protein  38.46 
 
 		 448 aa  47  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.675796  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1891  SMC domain protein  19.9 
 
 		 628 aa  46.6  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4944  AAA ATPase  37.5 
 
 		 540 aa  46.6  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.051172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0307  SMC domain protein  38.46 
 
 		 448 aa  47  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.02 
 
 		 674 aa  46.6  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  31.97 
 
 		 553 aa  46.6  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  31.85 
 
 		 695 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.78 
 
 		 594 aa  46.2  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2178  SMC domain-containing protein  40.85 
 
 		 398 aa  46.2  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5288  SMC domain protein  22.86 
 
 		 610 aa  46.2  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.950541  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1772  hypothetical protein  47.5 
 
 		 573 aa  45.4  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.755026  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0143  ATP-dependent OLD family endonuclease  29.36 
 
 		 681 aa  45.4  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128728  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  24.46 
 
 		 639 aa  45.1  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  24.42 
 
 		 634 aa  45.4  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3525  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  26.98 
 
 		 657 aa  45.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.297188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1087  ATP-dependent OLD family endonuclease  43.75 
 
 		 616 aa  45.1  0.004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.14427  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2540  hypothetical protein  27.64 
 
 		 593 aa  45.1  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.183963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1107  hypothetical protein  24.11 
 
 		 591 aa  44.7  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000952777  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  30.41 
 
 		 773 aa  44.7  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>