49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3650 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3650  hypothetical protein  100 
 
 		 426 aa  885    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.574815  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3452  hypothetical protein  34.46 
 
 		 519 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02258  hypothetical protein  33.42 
 
 		 626 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4711  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  54.17 
 
 		 648 aa  57  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3711  SMC domain protein  35.29 
 
 		 653 aa  55.8  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4641  ATP-dependent endonuclease  53.06 
 
 		 626 aa  55.1  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.01769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4848  ATP-dependent OLD family endonuclease  53.06 
 
 		 626 aa  54.3  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0257  hypothetical protein  53.06 
 
 		 159 aa  53.5  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00160125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  24.78 
 
 		 574 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3140  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  35.94 
 
 		 681 aa  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.239895  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0505  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  32.97 
 
 		 663 aa  51.6  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0949649  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1111  ATP-dependent OLD family endonuclease  46.81 
 
 		 603 aa  50.1  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  31.46 
 
 		 371 aa  49.3  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  42.31 
 
 		 773 aa  49.3  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3445  hypothetical protein  48 
 
 		 628 aa  47.4  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.919866  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2518  ATP-dependent OLD family endonuclease  35.79 
 
 		 613 aa  47.4  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0215068  normal  0.744672 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  42.59 
 
 		 780 aa  47  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1320  SMC domain protein  51.11 
 
 		 422 aa  46.6  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0883509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  48.98 
 
 		 573 aa  46.6  0.0008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1541  hypothetical protein  47.83 
 
 		 131 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0141757 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1754  hypothetical protein  37.29 
 
 		 405 aa  46.6  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3567  OLD family ATP-dependent endonuclease-like protein  22.79 
 
 		 604 aa  45.8  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.274046 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  30 
 
 		 378 aa  45.8  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1501  SMC-like protein  32.58 
 
 		 888 aa  45.8  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.67 
 
 		 640 aa  46.6  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 399 aa  46.2  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.21 
 
 		 401 aa  45.1  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  30.34 
 
 		 363 aa  45.1  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  35.19 
 
 		 384 aa  45.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0571  ATP-dependent OLD family endonuclease  45.1 
 
 		 614 aa  44.7  0.003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3501  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  42.86 
 
 		 582 aa  44.7  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0630  hypothetical protein  44.83 
 
 		 513 aa  44.7  0.003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3600  ATPase-like protein  45.83 
 
 		 416 aa  44.3  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.960092 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2354  hypothetical protein  31.37 
 
 		 565 aa  44.7  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.89 
 
 		 377 aa  44.3  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  45.65 
 
 		 615 aa  43.9  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3087  ATP-dependent OLD family endonuclease  38.78 
 
 		 605 aa  44.3  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1241  hypothetical protein  38.3 
 
 		 610 aa  43.9  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.625082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0225  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.5 
 
 		 578 aa  43.5  0.006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000140656 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3822  hypothetical protein  25.78 
 
 		 370 aa  43.5  0.007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0324063 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1966  hypothetical protein  32.2 
 
 		 424 aa  43.5  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4237  hypothetical protein  25.78 
 
 		 370 aa  43.1  0.009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.120446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  28.09 
 
 		 390 aa  43.1  0.009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00651  SMC ATPase superfamily chromosome segregation protein  30.53 
 
 		 1207 aa  43.1  0.009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.929261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1516  ATP-dependent endonuclease family protein  47.62 
 
 		 586 aa  43.1  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.749e-16 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1696  hypothetical protein  44.68 
 
 		 641 aa  43.1  0.009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  40.82 
 
 		 782 aa  43.1  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2627  hypothetical protein  42.31 
 
 		 347 aa  43.1  0.01  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  46.67 
 
 		 401 aa  43.1  0.01  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>