More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_00040 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  100 
 
 		 390 aa  765    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  67.35 
 
 		 371 aa  462  1e-129  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  62.27 
 
 		 377 aa  436  1e-121  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  59.9 
 
 		 390 aa  435  1e-121  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  61.44 
 
 		 380 aa  433  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  56.67 
 
 		 414 aa  416  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.92 
 
 		 381 aa  416  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  59.42 
 
 		 380 aa  415  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  56.05 
 
 		 402 aa  415  9.999999999999999e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.8 
 
 		 397 aa  414  1e-114  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  58.49 
 
 		 389 aa  414  1e-114  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  59.42 
 
 		 380 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  59.42 
 
 		 380 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  58.75 
 
 		 386 aa  414  1e-114  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  60.67 
 
 		 379 aa  410  1e-113  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.27 
 
 		 378 aa  408  1e-113  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  55.09 
 
 		 401 aa  408  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  59.44 
 
 		 377 aa  403  1e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  59.54 
 
 		 376 aa  399  9.999999999999999e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  60.26 
 
 		 377 aa  395  1e-109  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.11 
 
 		 401 aa  396  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.67 
 
 		 399 aa  395  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  58.87 
 
 		 385 aa  394  1e-108  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  55.61 
 
 		 397 aa  388  1e-107  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  57.53 
 
 		 398 aa  388  1e-107  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  53.15 
 
 		 420 aa  387  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  56.72 
 
 		 401 aa  387  1e-106  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  56.38 
 
 		 390 aa  381  1e-105  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  54.39 
 
 		 399 aa  384  1e-105  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.44 
 
 		 391 aa  374  1e-102  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  50.86 
 
 		 414 aa  360  3e-98  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  48.53 
 
 		 415 aa  355  5.999999999999999e-97  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  49.74 
 
 		 371 aa  334  2e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.1 
 
 		 485 aa  329  5.0000000000000004e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  50.13 
 
 		 404 aa  313  3.9999999999999997e-84  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.02 
 
 		 457 aa  250  3e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  37.71 
 
 		 398 aa  218  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  38 
 
 		 395 aa  217  4e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  29.97 
 
 		 433 aa  212  9e-54  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  32.06 
 
 		 374 aa  209  8e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  33.5 
 
 		 375 aa  207  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  35.31 
 
 		 371 aa  208  2e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.44 
 
 		 370 aa  200  3.9999999999999996e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  32.43 
 
 		 375 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  32.16 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  32.16 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  32.16 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  32.16 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  32.16 
 
 		 375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  32.16 
 
 		 375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  32.16 
 
 		 375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  29.3 
 
 		 361 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  29.3 
 
 		 361 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.96 
 
 		 376 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  32.16 
 
 		 375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  32 
 
 		 375 aa  196  8.000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  31.89 
 
 		 373 aa  194  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  31.35 
 
 		 369 aa  192  7e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  38.29 
 
 		 394 aa  192  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.06 
 
 		 382 aa  190  2.9999999999999997e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.55 
 
 		 386 aa  190  2.9999999999999997e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  30.61 
 
 		 374 aa  189  5e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  29.38 
 
 		 374 aa  189  7e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  30.1 
 
 		 364 aa  189  9e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  34.44 
 
 		 365 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  30 
 
 		 372 aa  188  2e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  35.38 
 
 		 392 aa  188  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  27.51 
 
 		 362 aa  187  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  38.27 
 
 		 371 aa  187  4e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  34.01 
 
 		 365 aa  186  5e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  34.26 
 
 		 386 aa  186  6e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  31.54 
 
 		 374 aa  186  8e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  30.95 
 
 		 371 aa  185  1.0000000000000001e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  31.38 
 
 		 372 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.08 
 
 		 365 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  30.18 
 
 		 370 aa  185  1.0000000000000001e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  30.18 
 
 		 370 aa  185  1.0000000000000001e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.27 
 
 		 363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.18 
 
 		 360 aa  184  3e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  30.18 
 
 		 371 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.18 
 
 		 373 aa  182  9.000000000000001e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  36.29 
 
 		 387 aa  182  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.16 
 
 		 369 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  33.63 
 
 		 384 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  28.9 
 
 		 366 aa  177  3e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  28.61 
 
 		 369 aa  176  5e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  32.7 
 
 		 368 aa  176  5e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  34.62 
 
 		 370 aa  174  2.9999999999999996e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  38.18 
 
 		 369 aa  172  9e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  31.06 
 
 		 369 aa  172  1e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.01 
 
 		 365 aa  170  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  28.72 
 
 		 364 aa  168  1e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.06 
 
 		 360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.34 
 
 		 370 aa  166  4e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.43 
 
 		 363 aa  166  5e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.83 
 
 		 364 aa  166  8e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  33.43 
 
 		 376 aa  166  9e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.87 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  33.24 
 
 		 390 aa  165  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  36.89 
 
 		 377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>