More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_0003 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 360 aa  726    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.84 
 
 		 376 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  40.17 
 
 		 371 aa  263  3e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  35.87 
 
 		 373 aa  232  7.000000000000001e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  37.57 
 
 		 375 aa  232  8.000000000000001e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  37.36 
 
 		 375 aa  228  9e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  37.07 
 
 		 375 aa  227  2e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  37.07 
 
 		 375 aa  228  2e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  37.07 
 
 		 375 aa  228  2e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  37.07 
 
 		 375 aa  228  2e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  37.07 
 
 		 375 aa  227  2e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  37.07 
 
 		 375 aa  227  3e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  37.07 
 
 		 375 aa  227  3e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  37.07 
 
 		 375 aa  227  3e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  34.86 
 
 		 374 aa  227  3e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  34.76 
 
 		 372 aa  223  3e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  37.67 
 
 		 371 aa  217  2e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.1 
 
 		 358 aa  217  2e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  35.96 
 
 		 369 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  35.95 
 
 		 375 aa  212  7.999999999999999e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  33.79 
 
 		 364 aa  208  1e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.82 
 
 		 373 aa  207  2e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  33.96 
 
 		 374 aa  207  3e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.71 
 
 		 360 aa  204  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  32.08 
 
 		 371 aa  204  2e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  33.87 
 
 		 374 aa  204  2e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  33.16 
 
 		 374 aa  202  6e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  30.98 
 
 		 370 aa  201  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  30.98 
 
 		 370 aa  201  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  34.51 
 
 		 370 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  33.53 
 
 		 369 aa  199  5e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  32.78 
 
 		 362 aa  199  7e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0053  DNA replication and repair protein RecF  37.12 
 
 		 347 aa  199  7e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  34.05 
 
 		 366 aa  199  7.999999999999999e-50  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  33.88 
 
 		 364 aa  197  3e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.88 
 
 		 364 aa  194  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.96 
 
 		 363 aa  190  2.9999999999999997e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  30.87 
 
 		 361 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  30.87 
 
 		 361 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.54 
 
 		 365 aa  189  8e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  36.47 
 
 		 370 aa  188  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.73 
 
 		 386 aa  188  1e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  34.78 
 
 		 365 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2998  DNA replication and repair protein RecF  35.69 
 
 		 357 aa  185  1.0000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0957887  normal  0.356139 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.6 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.14 
 
 		 370 aa  180  2.9999999999999997e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  34.78 
 
 		 365 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  31.93 
 
 		 359 aa  177  2e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.9 
 
 		 363 aa  177  2e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  33.85 
 
 		 392 aa  175  9e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  31.98 
 
 		 368 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.38 
 
 		 365 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.93 
 
 		 369 aa  171  2e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  34.03 
 
 		 398 aa  170  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0003  DNA repair and genetic recombination protein  32.33 
 
 		 365 aa  169  5e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.95 
 
 		 377 aa  169  6e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0596  DNA replication and repair protein RecF  37.32 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  33.52 
 
 		 369 aa  167  2e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  33.24 
 
 		 386 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.43 
 
 		 363 aa  165  9e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  31.64 
 
 		 371 aa  165  9e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.45 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  31.71 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.79 
 
 		 378 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.63 
 
 		 381 aa  163  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  34.97 
 
 		 363 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.52 
 
 		 369 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.04 
 
 		 359 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 372 aa  162  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.62 
 
 		 372 aa  162  9e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  33.42 
 
 		 377 aa  160  3e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  33.24 
 
 		 390 aa  160  3e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  33.08 
 
 		 399 aa  159  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  33.68 
 
 		 387 aa  158  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  30.83 
 
 		 364 aa  158  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.15 
 
 		 382 aa  157  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0042  DNA replication and repair protein RecF  26.54 
 
 		 358 aa  156  5.0000000000000005e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  31.42 
 
 		 402 aa  156  7e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.58 
 
 		 374 aa  155  9e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.45 
 
 		 399 aa  155  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  28.25 
 
 		 365 aa  154  2e-36  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  33.42 
 
 		 390 aa  154  2.9999999999999998e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  34.86 
 
 		 394 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.8 
 
 		 372 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  32.98 
 
 		 377 aa  152  8e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  30.12 
 
 		 401 aa  152  8.999999999999999e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.28 
 
 		 370 aa  151  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  34.66 
 
 		 371 aa  151  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.43 
 
 		 397 aa  151  2e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  32.13 
 
 		 390 aa  150  3e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  30.64 
 
 		 378 aa  149  6e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  36 
 
 		 387 aa  149  6e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  31.42 
 
 		 390 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  31.71 
 
 		 371 aa  146  6e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.06 
 
 		 401 aa  146  7.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  26.7 
 
 		 377 aa  145  9e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  33.24 
 
 		 376 aa  144  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  28.57 
 
 		 360 aa  143  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  29.38 
 
 		 376 aa  143  4e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  0.0000132668 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  30.87 
 
 		 386 aa  143  5e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>