299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0003 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 363 aa  748    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  49.44 
 
 		 369 aa  369  1e-101  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  49.17 
 
 		 369 aa  363  3e-99  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.73 
 
 		 365 aa  355  8.999999999999999e-97  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.35 
 
 		 363 aa  333  3e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  48.06 
 
 		 364 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.98 
 
 		 370 aa  325  8.000000000000001e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  35.42 
 
 		 387 aa  222  9e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.61 
 
 		 376 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  35.56 
 
 		 359 aa  213  4.9999999999999996e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  35.45 
 
 		 370 aa  207  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.96 
 
 		 364 aa  204  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  36.21 
 
 		 364 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  33.98 
 
 		 374 aa  197  3e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  34.06 
 
 		 374 aa  196  7e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  32.88 
 
 		 367 aa  195  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  35.51 
 
 		 373 aa  194  2e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  32.87 
 
 		 359 aa  193  4e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  33.33 
 
 		 374 aa  191  1e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  34.56 
 
 		 364 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  33.33 
 
 		 374 aa  187  3e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  34 
 
 		 375 aa  187  4e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.79 
 
 		 382 aa  186  5e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  34.38 
 
 		 375 aa  186  6e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  34.38 
 
 		 375 aa  186  7e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  34.38 
 
 		 375 aa  186  8e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  32.29 
 
 		 364 aa  185  9e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  34.1 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  34.1 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  34.1 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  33.62 
 
 		 372 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  34.1 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  33.81 
 
 		 373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  34.1 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  34.1 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  32.18 
 
 		 370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.09 
 
 		 360 aa  184  3e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  33.71 
 
 		 377 aa  184  3e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  31.71 
 
 		 371 aa  182  8.000000000000001e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  30.66 
 
 		 362 aa  182  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  31.62 
 
 		 360 aa  182  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  31.53 
 
 		 370 aa  181  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  31.53 
 
 		 370 aa  181  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  33.81 
 
 		 365 aa  178  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  34.1 
 
 		 365 aa  178  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.9 
 
 		 360 aa  177  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  32.47 
 
 		 371 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  30.51 
 
 		 368 aa  177  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.24 
 
 		 365 aa  177  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.53 
 
 		 370 aa  176  7e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  32.66 
 
 		 361 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  32.66 
 
 		 361 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.97 
 
 		 372 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.43 
 
 		 373 aa  170  5e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  30.79 
 
 		 359 aa  168  2e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  29.16 
 
 		 390 aa  166  4e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.31 
 
 		 386 aa  166  5.9999999999999996e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  31.73 
 
 		 366 aa  166  9e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  31.93 
 
 		 369 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  31.34 
 
 		 369 aa  163  5.0000000000000005e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  31.06 
 
 		 392 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.05 
 
 		 397 aa  160  4e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  29.14 
 
 		 398 aa  160  4e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  28.08 
 
 		 368 aa  159  5e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  30.71 
 
 		 375 aa  160  5e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  30.66 
 
 		 365 aa  159  6e-38  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.31 
 
 		 362 aa  159  7e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.97 
 
 		 377 aa  158  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  28.08 
 
 		 401 aa  157  2e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.37 
 
 		 371 aa  158  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.26 
 
 		 374 aa  157  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  31.64 
 
 		 371 aa  156  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  34.38 
 
 		 363 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  29.6 
 
 		 365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  28.09 
 
 		 414 aa  153  4e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.25 
 
 		 380 aa  152  1e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.27 
 
 		 381 aa  149  6e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  28.69 
 
 		 377 aa  149  9e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  27.37 
 
 		 390 aa  147  3e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  26.89 
 
 		 402 aa  146  5e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  28.49 
 
 		 371 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  27.25 
 
 		 390 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  30.25 
 
 		 377 aa  145  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.63 
 
 		 378 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  31.44 
 
 		 376 aa  144  2e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  0.0000132668 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.84 
 
 		 415 aa  143  4e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  28.42 
 
 		 399 aa  143  5e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  27 
 
 		 399 aa  142  9e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.12 
 
 		 358 aa  142  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.34 
 
 		 398 aa  142  9.999999999999999e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  28.27 
 
 		 394 aa  140  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0015  DNA replication and repair protein RecF  29.3 
 
 		 340 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.486493  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.65 
 
 		 372 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  27.82 
 
 		 414 aa  139  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  25.82 
 
 		 386 aa  139  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  28.41 
 
 		 371 aa  138  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.17 
 
 		 397 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  28.42 
 
 		 376 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1362  DNA replication and repair protein RecF  29.58 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.93 
 
 		 372 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>