More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0004 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  100 
 
 		 374 aa  766    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  51.74 
 
 		 374 aa  385  1e-106  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  49.73 
 
 		 374 aa  375  1e-103  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  48.66 
 
 		 375 aa  372  1e-102  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  48.66 
 
 		 375 aa  372  1e-102  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  48.66 
 
 		 375 aa  374  1e-102  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  48.4 
 
 		 375 aa  371  1e-101  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  48.4 
 
 		 375 aa  371  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  48.4 
 
 		 375 aa  370  1e-101  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  48.4 
 
 		 375 aa  371  1e-101  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  48.4 
 
 		 375 aa  370  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  48.4 
 
 		 373 aa  368  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  48.4 
 
 		 375 aa  370  1e-101  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  48.4 
 
 		 375 aa  371  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  46.36 
 
 		 372 aa  360  3e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  47.34 
 
 		 374 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  47.97 
 
 		 371 aa  351  1e-95  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  47.85 
 
 		 373 aa  342  5.999999999999999e-93  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  45.8 
 
 		 370 aa  339  4e-92  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  45.8 
 
 		 370 aa  339  4e-92  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  48.53 
 
 		 369 aa  332  5e-90  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  48.79 
 
 		 366 aa  332  5e-90  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  48.52 
 
 		 359 aa  312  5.999999999999999e-84  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  40.05 
 
 		 361 aa  280  4e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  40.05 
 
 		 361 aa  280  4e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  40.37 
 
 		 375 aa  274  2.0000000000000002e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.73 
 
 		 371 aa  265  1e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.68 
 
 		 360 aa  264  2e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  40.69 
 
 		 386 aa  258  1e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  40.59 
 
 		 372 aa  252  7e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  38.34 
 
 		 371 aa  246  4e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  37 
 
 		 371 aa  243  3.9999999999999997e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  40.17 
 
 		 369 aa  237  2e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  37.99 
 
 		 376 aa  235  8e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.48 
 
 		 364 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  35.75 
 
 		 364 aa  233  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  33.87 
 
 		 364 aa  229  4e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  31.9 
 
 		 365 aa  227  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  37.08 
 
 		 384 aa  225  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  31.99 
 
 		 365 aa  223  3e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  33.92 
 
 		 398 aa  223  3e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.8 
 
 		 365 aa  223  3e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  35.69 
 
 		 386 aa  223  3e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  38.03 
 
 		 376 aa  222  9e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  32.32 
 
 		 392 aa  220  3.9999999999999997e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  35.83 
 
 		 370 aa  217  2e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.02 
 
 		 397 aa  216  4e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  34.67 
 
 		 371 aa  216  4e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  32.88 
 
 		 370 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.44 
 
 		 363 aa  212  1e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  36.01 
 
 		 390 aa  212  1e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  36.46 
 
 		 362 aa  209  5e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  38.42 
 
 		 380 aa  209  9e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  38.42 
 
 		 380 aa  209  9e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  34.96 
 
 		 369 aa  208  1e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  31.71 
 
 		 390 aa  207  2e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  33.16 
 
 		 377 aa  205  8e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  31.38 
 
 		 401 aa  205  9e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  37.57 
 
 		 377 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0003  DNA repair and genetic recombination protein  35.2 
 
 		 365 aa  204  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  32.98 
 
 		 387 aa  202  6e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.16 
 
 		 360 aa  202  7e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  30.73 
 
 		 368 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  37.23 
 
 		 387 aa  201  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  30.59 
 
 		 402 aa  200  3e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.15 
 
 		 359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  32.88 
 
 		 371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.48 
 
 		 369 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.78 
 
 		 377 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  33.67 
 
 		 394 aa  196  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.65 
 
 		 380 aa  196  6e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.06 
 
 		 363 aa  196  7e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.8 
 
 		 382 aa  195  9e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  29.88 
 
 		 414 aa  194  2e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  34.02 
 
 		 385 aa  194  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 420 aa  191  2e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000011529  hitchhiker  0.000000444236 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  32.62 
 
 		 376 aa  191  2e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  0.0000132668 
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  32.72 
 
 		 364 aa  190  2.9999999999999997e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.7 
 
 		 363 aa  190  2.9999999999999997e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.43 
 
 		 397 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.21 
 
 		 381 aa  190  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  31.64 
 
 		 376 aa  190  2.9999999999999997e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.76 
 
 		 398 aa  190  4e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.65 
 
 		 365 aa  190  4e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  32.26 
 
 		 378 aa  187  3e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.51 
 
 		 370 aa  186  5e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  30.14 
 
 		 390 aa  185  1.0000000000000001e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  31.63 
 
 		 399 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  29.83 
 
 		 414 aa  183  5.0000000000000004e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  31.83 
 
 		 377 aa  183  5.0000000000000004e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20191  recombination protein F  35.65 
 
 		 348 aa  183  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  30.47 
 
 		 401 aa  182  6e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16931  recombination protein F  36.5 
 
 		 352 aa  182  9.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.919518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  31.32 
 
 		 386 aa  181  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1145  recombination protein F  35.36 
 
 		 348 aa  181  2e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.39 
 
 		 379 aa  181  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  31.87 
 
 		 380 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  31.87 
 
 		 380 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  32.35 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  31.87 
 
 		 380 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>