More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2374 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 369 aa  746    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  47.43 
 
 		 372 aa  358  9.999999999999999e-98  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  45.92 
 
 		 360 aa  312  4.999999999999999e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  44.96 
 
 		 361 aa  294  1e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  44.96 
 
 		 361 aa  294  1e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  42.9 
 
 		 373 aa  286  5e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  42.51 
 
 		 375 aa  282  8.000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  42.23 
 
 		 375 aa  281  1e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  42.23 
 
 		 375 aa  281  2e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  42.23 
 
 		 375 aa  281  2e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  42.23 
 
 		 375 aa  281  2e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  42.23 
 
 		 375 aa  281  2e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  46.86 
 
 		 375 aa  280  2e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  42.23 
 
 		 375 aa  280  3e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  42.23 
 
 		 375 aa  280  3e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  42.23 
 
 		 375 aa  280  3e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  41.96 
 
 		 375 aa  280  4e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  40.22 
 
 		 374 aa  273  3e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  41.37 
 
 		 362 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  40.06 
 
 		 386 aa  268  1e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  39.02 
 
 		 374 aa  265  8.999999999999999e-70  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  38.69 
 
 		 372 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  42.12 
 
 		 369 aa  255  7e-67  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  38.55 
 
 		 370 aa  253  5.000000000000001e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  38.55 
 
 		 370 aa  253  5.000000000000001e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  40.91 
 
 		 366 aa  253  5.000000000000001e-66  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  40.49 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  38.59 
 
 		 371 aa  250  3e-65  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  43.11 
 
 		 359 aa  248  1e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.03 
 
 		 365 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  36.68 
 
 		 371 aa  243  3.9999999999999997e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  40.17 
 
 		 374 aa  237  2e-61  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  35.04 
 
 		 392 aa  237  3e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.48 
 
 		 376 aa  236  4e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  36.78 
 
 		 374 aa  235  1.0000000000000001e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.32 
 
 		 373 aa  233  5e-60  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  35.96 
 
 		 384 aa  226  6e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 398 aa  224  2e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  33.62 
 
 		 365 aa  216  4e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.96 
 
 		 360 aa  214  9.999999999999999e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.71 
 
 		 359 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  35.85 
 
 		 376 aa  213  4.9999999999999996e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.8 
 
 		 377 aa  212  9e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  36.41 
 
 		 380 aa  210  3e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  36.41 
 
 		 380 aa  210  3e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  36.51 
 
 		 387 aa  207  2e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  31.92 
 
 		 380 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  31.92 
 
 		 380 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  31.92 
 
 		 380 aa  206  5e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.57 
 
 		 363 aa  206  7e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.83 
 
 		 374 aa  206  8e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  32.65 
 
 		 394 aa  204  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.55 
 
 		 371 aa  202  6e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  32 
 
 		 365 aa  199  6e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  33.07 
 
 		 387 aa  199  9e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  31.67 
 
 		 386 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  34.87 
 
 		 386 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  34.75 
 
 		 385 aa  195  8.000000000000001e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  31.11 
 
 		 389 aa  195  9e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  34.29 
 
 		 364 aa  193  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  31.81 
 
 		 368 aa  193  4e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.92 
 
 		 362 aa  192  6e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  32.96 
 
 		 377 aa  192  7e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  35.97 
 
 		 377 aa  192  7e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.43 
 
 		 364 aa  192  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  31.91 
 
 		 371 aa  192  8e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  31.35 
 
 		 390 aa  192  9e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  32.98 
 
 		 390 aa  192  1e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  32.43 
 
 		 364 aa  191  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.01 
 
 		 365 aa  189  5e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.92 
 
 		 381 aa  189  5.999999999999999e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.48 
 
 		 401 aa  188  1e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  34.67 
 
 		 365 aa  188  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.66 
 
 		 370 aa  188  1e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.25 
 
 		 399 aa  186  5e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  28.85 
 
 		 390 aa  186  6e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  30.99 
 
 		 371 aa  185  9e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  34.56 
 
 		 370 aa  185  9e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  31.67 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.83 
 
 		 379 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.94 
 
 		 382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  31.28 
 
 		 376 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  30.75 
 
 		 370 aa  182  7e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.47 
 
 		 378 aa  182  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  29.92 
 
 		 377 aa  181  1e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  30.05 
 
 		 399 aa  181  2e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  30.5 
 
 		 414 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.75 
 
 		 398 aa  179  7e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.19 
 
 		 363 aa  179  9e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  28.24 
 
 		 414 aa  179  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.56 
 
 		 397 aa  178  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  31.79 
 
 		 363 aa  178  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  29.43 
 
 		 390 aa  178  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.28 
 
 		 380 aa  177  2e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  28.46 
 
 		 420 aa  176  6e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.7 
 
 		 370 aa  175  9.999999999999999e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  30.99 
 
 		 369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.86 
 
 		 358 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  33.73 
 
 		 368 aa  173  3.9999999999999995e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.37 
 
 		 401 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>