More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0003 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 363 aa  745    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  50.69 
 
 		 370 aa  392  1e-108  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  50.14 
 
 		 369 aa  377  1e-103  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  47.11 
 
 		 365 aa  358  9e-98  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  48.48 
 
 		 369 aa  353  2.9999999999999997e-96  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.35 
 
 		 363 aa  333  3e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  45.18 
 
 		 364 aa  330  3e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  38.98 
 
 		 387 aa  237  2e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  36.54 
 
 		 374 aa  212  1e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  36.57 
 
 		 369 aa  206  7e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  35.45 
 
 		 373 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  34.77 
 
 		 375 aa  199  7e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  34.77 
 
 		 375 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  34.77 
 
 		 375 aa  199  9e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  34.77 
 
 		 375 aa  199  9e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  34.77 
 
 		 375 aa  199  9e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  34.77 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  34.77 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  34.77 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  34.44 
 
 		 370 aa  198  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  34.77 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  34.44 
 
 		 370 aa  198  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  34.77 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.52 
 
 		 373 aa  196  6e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  33.33 
 
 		 374 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.16 
 
 		 360 aa  195  1e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  32.56 
 
 		 370 aa  194  3e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  32.76 
 
 		 361 aa  193  5e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  32.76 
 
 		 361 aa  193  5e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  35.26 
 
 		 359 aa  191  2e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  32.68 
 
 		 371 aa  190  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.57 
 
 		 372 aa  189  7e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  33.14 
 
 		 374 aa  187  2e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  33.9 
 
 		 372 aa  186  5e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.92 
 
 		 386 aa  186  6e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  32.48 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.99 
 
 		 376 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  32.29 
 
 		 367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  32.39 
 
 		 374 aa  180  4e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  30.94 
 
 		 362 aa  179  8e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  31.27 
 
 		 390 aa  179  9e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  31.2 
 
 		 377 aa  178  1e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  33.62 
 
 		 366 aa  177  2e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  33.98 
 
 		 375 aa  177  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  30.48 
 
 		 359 aa  175  9e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  31.43 
 
 		 360 aa  175  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  31.25 
 
 		 371 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  31.74 
 
 		 368 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.13 
 
 		 364 aa  172  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  31.23 
 
 		 368 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  30.68 
 
 		 364 aa  171  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  30.65 
 
 		 370 aa  170  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  29.4 
 
 		 370 aa  169  5e-41  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  33.99 
 
 		 364 aa  169  1e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.29 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  30.61 
 
 		 398 aa  167  4e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.43 
 
 		 360 aa  165  9e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  30.9 
 
 		 369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.81 
 
 		 381 aa  165  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.3 
 
 		 377 aa  164  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  31.97 
 
 		 392 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  31.43 
 
 		 359 aa  163  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  30.37 
 
 		 373 aa  162  6e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0940  DNA replication and repair protein RecF  30.57 
 
 		 355 aa  161  2e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.64 
 
 		 378 aa  159  7e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  31.67 
 
 		 365 aa  159  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  29.69 
 
 		 371 aa  156  4e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.84 
 
 		 358 aa  155  8e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  27 
 
 		 364 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  29.23 
 
 		 371 aa  155  1e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  30.72 
 
 		 386 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  32.98 
 
 		 394 aa  152  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.31 
 
 		 363 aa  151  1e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.58 
 
 		 397 aa  151  2e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.85 
 
 		 397 aa  150  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  28.28 
 
 		 414 aa  150  5e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.06 
 
 		 370 aa  149  8e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  27.81 
 
 		 414 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  32.95 
 
 		 363 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  28.81 
 
 		 378 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  29.44 
 
 		 401 aa  148  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  28.38 
 
 		 402 aa  147  3e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.97 
 
 		 380 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  29.13 
 
 		 380 aa  146  5e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  29.13 
 
 		 380 aa  146  5e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  29.89 
 
 		 380 aa  146  6e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.03 
 
 		 382 aa  146  7.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.91 
 
 		 371 aa  146  7.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  27.07 
 
 		 365 aa  145  1e-33  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  30.08 
 
 		 371 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  27.51 
 
 		 365 aa  145  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  29.75 
 
 		 386 aa  145  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.77 
 
 		 379 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.75 
 
 		 399 aa  144  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  31.82 
 
 		 385 aa  143  5e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  28.34 
 
 		 385 aa  143  6e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  29.1 
 
 		 377 aa  142  6e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  28.74 
 
 		 395 aa  142  6e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  29.25 
 
 		 389 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.02 
 
 		 374 aa  142  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>