More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0004 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 399 aa  768    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  60.64 
 
 		 371 aa  412  1e-114  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.38 
 
 		 377 aa  410  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  60.1 
 
 		 380 aa  410  1e-113  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  57.69 
 
 		 390 aa  407  1.0000000000000001e-112  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  56.88 
 
 		 390 aa  400  9.999999999999999e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  57.56 
 
 		 389 aa  389  1e-107  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.06 
 
 		 379 aa  390  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.01 
 
 		 381 aa  391  1e-107  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  57.61 
 
 		 399 aa  385  1e-106  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  57.07 
 
 		 386 aa  386  1e-106  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  52.46 
 
 		 420 aa  387  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.66 
 
 		 378 aa  379  1e-104  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  57.33 
 
 		 377 aa  378  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  57.34 
 
 		 380 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  58.38 
 
 		 376 aa  379  1e-104  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  57.34 
 
 		 380 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  57.34 
 
 		 380 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.34 
 
 		 401 aa  376  1e-103  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  56.2 
 
 		 401 aa  378  1e-103  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  56.05 
 
 		 377 aa  372  1e-102  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.78 
 
 		 391 aa  373  1e-102  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.49 
 
 		 397 aa  373  1e-102  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  51.59 
 
 		 414 aa  365  1e-100  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  53.28 
 
 		 402 aa  366  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  54.19 
 
 		 390 aa  362  7.0000000000000005e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  53.68 
 
 		 385 aa  348  1e-94  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  49.75 
 
 		 401 aa  347  1e-94  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  52.01 
 
 		 397 aa  339  4e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  52.79 
 
 		 398 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  48.32 
 
 		 414 aa  323  3e-87  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.01 
 
 		 415 aa  314  1.9999999999999998e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.55 
 
 		 485 aa  312  5.999999999999999e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  50.13 
 
 		 371 aa  311  1e-83  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  47.3 
 
 		 404 aa  303  5.000000000000001e-81  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  62.96 
 
 		 457 aa  263  3e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  36.09 
 
 		 371 aa  207  3e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  37.85 
 
 		 398 aa  207  4e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 375 aa  206  6e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  32.04 
 
 		 374 aa  200  3.9999999999999996e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.63 
 
 		 365 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  32.05 
 
 		 375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  32.05 
 
 		 375 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  32.05 
 
 		 375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  32.05 
 
 		 375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  37.04 
 
 		 395 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  32.05 
 
 		 375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  28.97 
 
 		 433 aa  197  3e-49  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  32.05 
 
 		 375 aa  197  4.0000000000000005e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  31.48 
 
 		 375 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  32.05 
 
 		 375 aa  197  4.0000000000000005e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  32.05 
 
 		 375 aa  197  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.65 
 
 		 386 aa  196  5.000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  36.95 
 
 		 392 aa  196  5.000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  31.22 
 
 		 375 aa  192  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  27.25 
 
 		 361 aa  191  2e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  27.25 
 
 		 361 aa  191  2e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  31.75 
 
 		 373 aa  191  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  30.25 
 
 		 369 aa  190  4e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  34.52 
 
 		 384 aa  189  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  30.29 
 
 		 370 aa  186  7e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  30.29 
 
 		 370 aa  186  7e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.09 
 
 		 376 aa  186  8e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  37.87 
 
 		 387 aa  186  8e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.15 
 
 		 382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  29.43 
 
 		 374 aa  182  7e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  31.52 
 
 		 364 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  33.15 
 
 		 372 aa  179  8e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  29.54 
 
 		 371 aa  177  3e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  29.59 
 
 		 369 aa  177  3e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  30.32 
 
 		 366 aa  177  3e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  31.01 
 
 		 371 aa  176  8e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  29.55 
 
 		 374 aa  176  8e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  36.71 
 
 		 385 aa  174  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  35.14 
 
 		 370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.14 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  27.51 
 
 		 374 aa  174  2.9999999999999996e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  36.1 
 
 		 394 aa  173  5e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.35 
 
 		 373 aa  171  2e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  32.43 
 
 		 390 aa  170  4e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  34.62 
 
 		 365 aa  169  5e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  35.37 
 
 		 376 aa  169  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.45 
 
 		 360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  24.74 
 
 		 362 aa  166  5e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.04 
 
 		 371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.62 
 
 		 369 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.6 
 
 		 364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  35.19 
 
 		 377 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  33.43 
 
 		 365 aa  162  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  33.15 
 
 		 364 aa  162  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.42 
 
 		 372 aa  161  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  33.33 
 
 		 380 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  33.33 
 
 		 380 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  35.71 
 
 		 387 aa  157  4e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  28.31 
 
 		 359 aa  155  2e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.42 
 
 		 374 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.87 
 
 		 372 aa  152  8e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.98 
 
 		 370 aa  152  1e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  33.05 
 
 		 386 aa  151  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.64 
 
 		 363 aa  151  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>