More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0003 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
415 aa  833    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  57.89 
 
 
414 aa  464  1e-129  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.73 
 
 
398 aa  400  9.999999999999999e-111  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  49.03 
 
 
401 aa  385  1e-106  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  47.34 
 
 
402 aa  375  1e-103  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  49.88 
 
 
397 aa  370  1e-101  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  48.53 
 
 
390 aa  363  4e-99  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  51.65 
 
 
371 aa  352  8e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  47.77 
 
 
401 aa  351  1e-95  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  48 
 
 
377 aa  347  2e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.46 
 
 
485 aa  346  5e-94  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  48.98 
 
 
391 aa  342  5e-93  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  46.53 
 
 
381 aa  342  8e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  46.63 
 
 
380 aa  338  8e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  46.88 
 
 
399 aa  338  9.999999999999999e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  46.42 
 
 
386 aa  336  3.9999999999999995e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  44.82 
 
 
420 aa  336  5e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  48.49 
 
 
377 aa  334  1e-90  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  49.37 
 
 
376 aa  333  4e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  46.13 
 
 
389 aa  330  3e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  46.25 
 
 
390 aa  330  3e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  46.85 
 
 
380 aa  329  5.0000000000000004e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  46.85 
 
 
380 aa  329  5.0000000000000004e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  46.6 
 
 
380 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  48.64 
 
 
379 aa  327  3e-88  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  47.62 
 
 
377 aa  325  7e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  44 
 
 
414 aa  321  1.9999999999999998e-86  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  45.95 
 
 
401 aa  316  5e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  44.53 
 
 
399 aa  315  9.999999999999999e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  44.22 
 
 
378 aa  315  9.999999999999999e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  45.21 
 
 
390 aa  311  1e-83  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  45.22 
 
 
385 aa  298  2e-79  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  42.22 
 
 
397 aa  297  3e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  44.42 
 
 
404 aa  286  5e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  42.42 
 
 
371 aa  279  6e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  28.11 
 
 
433 aa  216  7e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  47.86 
 
 
457 aa  216  8e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  32.16 
 
 
375 aa  205  1e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  31.23 
 
 
375 aa  204  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  31.23 
 
 
375 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  33.96 
 
 
395 aa  204  2e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  31.23 
 
 
375 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  31.74 
 
 
375 aa  204  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  31.23 
 
 
375 aa  204  3e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  31.23 
 
 
375 aa  204  3e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  31.23 
 
 
375 aa  204  3e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  31.23 
 
 
375 aa  204  3e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  31.23 
 
 
375 aa  203  4e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  33.69 
 
 
375 aa  200  3e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  33.42 
 
 
374 aa  200  3.9999999999999996e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  34.75 
 
 
372 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  32.89 
 
 
374 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  33.6 
 
 
371 aa  196  7e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  31.91 
 
 
373 aa  195  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.8 
 
 
360 aa  192  1e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  28.2 
 
 
361 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  28.2 
 
 
361 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  31.4 
 
 
374 aa  189  1e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  31.85 
 
 
374 aa  187  2e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.66 
 
 
376 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.13 
 
 
365 aa  182  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  28.68 
 
 
369 aa  181  2.9999999999999997e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  34.92 
 
 
376 aa  177  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.68 
 
 
386 aa  177  4e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  29.07 
 
 
369 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.37 
 
 
371 aa  176  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  28.61 
 
 
364 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.93 
 
 
370 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  30.08 
 
 
371 aa  170  4e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  30.53 
 
 
370 aa  170  4e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  30.53 
 
 
370 aa  170  4e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  30.89 
 
 
365 aa  168  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.58 
 
 
373 aa  168  2e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  32.08 
 
 
392 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  33.99 
 
 
380 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  33.99 
 
 
380 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  32.16 
 
 
398 aa  162  7e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  27.68 
 
 
371 aa  163  7e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.46 
 
 
372 aa  162  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  32.01 
 
 
384 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  30.95 
 
 
387 aa  161  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  29.35 
 
 
359 aa  160  4e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  33.64 
 
 
390 aa  159  9e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.19 
 
 
420 aa  159  1e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000011529  hitchhiker  0.000000444236 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  29.14 
 
 
366 aa  156  6e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.85 
 
 
364 aa  155  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  29.01 
 
 
378 aa  155  1e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1620  recombination protein F  33.6 
 
 
358 aa  154  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.251361 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.84 
 
 
363 aa  154  2e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  34.53 
 
 
394 aa  153  5e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  29.66 
 
 
365 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  25.79 
 
 
362 aa  153  7e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  29.56 
 
 
364 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.35 
 
 
374 aa  152  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  28.29 
 
 
364 aa  150  6e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  25.82 
 
 
359 aa  149  6e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.01 
 
 
359 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.59 
 
 
382 aa  147  5e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.33 
 
 
365 aa  146  5e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  29.97 
 
 
376 aa  145  1e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  0.0000132668 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>