296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1620 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1620  recombination protein F  100 
 
 		 358 aa  707    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.251361 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2998  DNA replication and repair protein RecF  40.95 
 
 		 357 aa  220  3e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0957887  normal  0.356139 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0053  DNA replication and repair protein RecF  42 
 
 		 347 aa  218  1e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  36.51 
 
 		 390 aa  168  1e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  33.33 
 
 		 372 aa  167  4e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  30.75 
 
 		 371 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  33.62 
 
 		 371 aa  164  2.0000000000000002e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  28.66 
 
 		 361 aa  161  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  28.66 
 
 		 361 aa  161  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.36 
 
 		 365 aa  159  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  32.15 
 
 		 375 aa  158  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  31.7 
 
 		 374 aa  155  8e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  29.65 
 
 		 374 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  32.99 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  36.39 
 
 		 371 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.53 
 
 		 386 aa  154  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  32.42 
 
 		 359 aa  154  2e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  32.28 
 
 		 401 aa  154  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  32.86 
 
 		 386 aa  153  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.04 
 
 		 382 aa  152  8.999999999999999e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  29.71 
 
 		 365 aa  152  1e-35  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  28.37 
 
 		 362 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  34.72 
 
 		 377 aa  151  2e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.13 
 
 		 360 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  28.8 
 
 		 369 aa  151  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  30.21 
 
 		 373 aa  150  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.54 
 
 		 370 aa  149  6e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  31.3 
 
 		 375 aa  149  9e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  31.3 
 
 		 375 aa  149  9e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  31.3 
 
 		 375 aa  149  9e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.34 
 
 		 372 aa  149  9e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  30.52 
 
 		 375 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  30.52 
 
 		 375 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  30.52 
 
 		 375 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.63 
 
 		 372 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  32.73 
 
 		 414 aa  147  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  31.01 
 
 		 375 aa  147  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  30.23 
 
 		 375 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  30.23 
 
 		 375 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.56 
 
 		 358 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  29.94 
 
 		 368 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  29.77 
 
 		 374 aa  145  1e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.81 
 
 		 374 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  33.24 
 
 		 376 aa  144  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.52 
 
 		 378 aa  143  4e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  30.66 
 
 		 371 aa  143  5e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.57 
 
 		 399 aa  143  5e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  29.15 
 
 		 375 aa  143  5e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  31.34 
 
 		 370 aa  143  5e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  31.34 
 
 		 370 aa  143  5e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.6 
 
 		 415 aa  142  6e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.36 
 
 		 391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  35.21 
 
 		 401 aa  140  3e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  34.89 
 
 		 390 aa  140  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.07 
 
 		 380 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  32.35 
 
 		 370 aa  140  4.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.88 
 
 		 398 aa  139  6e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  34.62 
 
 		 377 aa  139  7e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  31.73 
 
 		 402 aa  139  7e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  32.04 
 
 		 392 aa  139  8.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  34.69 
 
 		 385 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  35.41 
 
 		 376 aa  139  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  28.4 
 
 		 360 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.04 
 
 		 401 aa  139  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  36.52 
 
 		 404 aa  138  1e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.87 
 
 		 397 aa  138  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.15 
 
 		 377 aa  137  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.94 
 
 		 373 aa  138  2e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  32.48 
 
 		 414 aa  136  7.000000000000001e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  28.45 
 
 		 374 aa  136  7.000000000000001e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.79 
 
 		 376 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.95 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  31.14 
 
 		 395 aa  134  3e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.06 
 
 		 372 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  31.59 
 
 		 399 aa  134  3e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  32.97 
 
 		 390 aa  133  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.39 
 
 		 381 aa  132  6.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  23.96 
 
 		 362 aa  132  7.999999999999999e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  34.57 
 
 		 389 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  29.12 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  30.73 
 
 		 357 aa  130  3e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  27.38 
 
 		 369 aa  130  3e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  36.34 
 
 		 380 aa  130  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  31.47 
 
 		 365 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  29.59 
 
 		 366 aa  130  4.0000000000000003e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  36.34 
 
 		 380 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  36.34 
 
 		 380 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  25.14 
 
 		 359 aa  129  8.000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.97 
 
 		 372 aa  129  9.000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  28.82 
 
 		 364 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.94 
 
 		 369 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1549  DNA replication and repair protein RecF  29.05 
 
 		 359 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.638976  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.77 
 
 		 370 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  35.03 
 
 		 371 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.61 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.14 
 
 		 363 aa  127  3e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0940  DNA replication and repair protein RecF  25.89 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  31.01 
 
 		 384 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.4 
 
 		 369 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.25 
 
 		 360 aa  126  6e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>