293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0002 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  100 
 
 		 365 aa  739    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  77.81 
 
 		 365 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  51.93 
 
 		 364 aa  411  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  51.1 
 
 		 364 aa  388  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  51.1 
 
 		 364 aa  387  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  43.8 
 
 		 370 aa  310  2e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  44.35 
 
 		 368 aa  298  1e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.42 
 
 		 369 aa  244  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  38.85 
 
 		 382 aa  243  5e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.19 
 
 		 372 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  38.92 
 
 		 372 aa  235  8e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  33.06 
 
 		 375 aa  233  5e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  33.06 
 
 		 375 aa  233  6e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  33.06 
 
 		 375 aa  233  6e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  34.95 
 
 		 372 aa  232  6e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  33.06 
 
 		 375 aa  232  9e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  32.79 
 
 		 375 aa  231  1e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  32.79 
 
 		 375 aa  231  1e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  32.79 
 
 		 375 aa  231  1e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  32.79 
 
 		 375 aa  231  2e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  32.79 
 
 		 375 aa  231  2e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  32.79 
 
 		 375 aa  231  2e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  32.7 
 
 		 373 aa  228  2e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.19 
 
 		 372 aa  226  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  33.6 
 
 		 374 aa  225  1e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  34.23 
 
 		 375 aa  224  2e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  37.91 
 
 		 363 aa  223  3e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  31.99 
 
 		 374 aa  223  3e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  31.35 
 
 		 374 aa  222  7e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.16 
 
 		 360 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  32.8 
 
 		 374 aa  212  9e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.28 
 
 		 386 aa  212  1e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  31.9 
 
 		 370 aa  211  2e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  31.9 
 
 		 370 aa  211  2e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.65 
 
 		 373 aa  209  4e-53  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.48 
 
 		 372 aa  207  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  32.16 
 
 		 371 aa  207  2e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  30.46 
 
 		 371 aa  205  9e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  29.86 
 
 		 361 aa  204  1e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  29.86 
 
 		 361 aa  204  1e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.53 
 
 		 362 aa  204  3e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  32.15 
 
 		 362 aa  203  4e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  31.94 
 
 		 384 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.52 
 
 		 365 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  32 
 
 		 369 aa  199  6e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  35.62 
 
 		 370 aa  197  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.41 
 
 		 371 aa  196  4.0000000000000005e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  31.99 
 
 		 376 aa  188  1e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  32.48 
 
 		 392 aa  187  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  30.84 
 
 		 359 aa  187  2e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  30.65 
 
 		 366 aa  188  2e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.73 
 
 		 376 aa  186  6e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  32.77 
 
 		 369 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.78 
 
 		 360 aa  185  1.0000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  30.05 
 
 		 369 aa  184  3e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  33.93 
 
 		 390 aa  183  4.0000000000000006e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  33.77 
 
 		 380 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  33.77 
 
 		 380 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  34.6 
 
 		 386 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.83 
 
 		 380 aa  182  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  34.46 
 
 		 377 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  34 
 
 		 358 aa  179  4.999999999999999e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.81 
 
 		 363 aa  178  1e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  30.71 
 
 		 359 aa  176  5e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  34.05 
 
 		 387 aa  176  6e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0042  DNA replication and repair protein RecF  27.67 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  31.88 
 
 		 390 aa  174  1.9999999999999998e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.58 
 
 		 377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.7 
 
 		 381 aa  173  5e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.78 
 
 		 378 aa  171  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  32.51 
 
 		 376 aa  171  2e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  0.0000132668 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  30.2 
 
 		 371 aa  170  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.83 
 
 		 365 aa  169  8e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  30.43 
 
 		 398 aa  168  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.97 
 
 		 360 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  32.14 
 
 		 390 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  32.94 
 
 		 364 aa  167  2e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16931  recombination protein F  33.85 
 
 		 352 aa  168  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.919518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  33.95 
 
 		 390 aa  166  4e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  29.89 
 
 		 359 aa  165  1.0000000000000001e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.71 
 
 		 397 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  28.2 
 
 		 377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  33.52 
 
 		 386 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  30.75 
 
 		 401 aa  163  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  34.75 
 
 		 377 aa  162  7e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  33.05 
 
 		 371 aa  162  7e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  33.43 
 
 		 380 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  32.38 
 
 		 373 aa  161  1e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0394  recombination protein F  34.22 
 
 		 364 aa  161  1e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.53 
 
 		 382 aa  162  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.23 
 
 		 397 aa  161  2e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  33.43 
 
 		 380 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  33.43 
 
 		 380 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  31.03 
 
 		 367 aa  160  4e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.99 
 
 		 370 aa  159  6e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.43 
 
 		 399 aa  159  8e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  32.43 
 
 		 367 aa  159  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  33.24 
 
 		 377 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.57 
 
 		 359 aa  158  1e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.67 
 
 		 363 aa  159  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>