22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3452 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3452  hypothetical protein  100 
 
 
519 aa  1070    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3650  hypothetical protein  34.46 
 
 
426 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.574815  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02258  hypothetical protein  35.26 
 
 
626 aa  212  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5034  hypothetical protein  30.91 
 
 
572 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838553  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1535  RloH  24.57 
 
 
588 aa  58.9  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000290266  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6914  initiation factor 2 associated domain-containing protein  21.69 
 
 
680 aa  57.4  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.622246  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3645  SMC domain protein  38.16 
 
 
386 aa  52.4  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4641  ATP-dependent endonuclease  48.98 
 
 
626 aa  51.6  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.01769  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2968  SMC domain protein  23.24 
 
 
393 aa  50.8  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1915  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  23.05 
 
 
529 aa  48.9  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4848  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.36 
 
 
626 aa  48.5  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0257  hypothetical protein  29.46 
 
 
159 aa  47.8  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00160125  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2994  ATP-dependent OLD family endonuclease  44.9 
 
 
608 aa  47.4  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.25 
 
 
573 aa  47.4  0.0007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0270  ABC transporter related protein  29.41 
 
 
243 aa  46.6  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2624  hypothetical protein  46.81 
 
 
505 aa  45.4  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3711  SMC domain protein  38.89 
 
 
653 aa  45.1  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0505  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  37.1 
 
 
663 aa  44.7  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0949649  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1541  hypothetical protein  51.11 
 
 
131 aa  43.9  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0141757 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0949  hypothetical protein  22.99 
 
 
603 aa  43.9  0.008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0630  hypothetical protein  45.83 
 
 
513 aa  43.5  0.009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03536  hypothetical protein  24.25 
 
 
398 aa  43.5  0.01  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>