86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4276 on replicon NC_008757
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3680  hypothetical protein  52.37 
 
 
667 aa  674    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228767  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2559  hypothetical protein  72.25 
 
 
645 aa  955    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  57.21 
 
 
634 aa  734    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4418  ATP-dependent OLD family endonuclease  51.62 
 
 
639 aa  681    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4276  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
645 aa  1314    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.237058  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  37.9 
 
 
669 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  38.18 
 
 
661 aa  398  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  32.44 
 
 
685 aa  394  1e-108  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  35.16 
 
 
659 aa  366  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  32.18 
 
 
674 aa  353  5e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3525  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  36.19 
 
 
657 aa  350  3e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.297188  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0196  ATPase  33.08 
 
 
666 aa  330  7e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  24.35 
 
 
598 aa  80.9  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  25.05 
 
 
613 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  24.03 
 
 
594 aa  76.3  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  23.12 
 
 
574 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  24.89 
 
 
607 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.5 
 
 
669 aa  69.7  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  23.27 
 
 
594 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  31.4 
 
 
596 aa  69.7  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0545  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.93 
 
 
615 aa  67.8  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  22.91 
 
 
758 aa  67.4  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.89 
 
 
674 aa  63.9  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2459  hypothetical protein  24.37 
 
 
606 aa  63.5  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707067  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  22.69 
 
 
564 aa  62.4  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  21.56 
 
 
712 aa  61.2  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  21.36 
 
 
623 aa  60.8  0.00000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.25 
 
 
677 aa  60.8  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.25 
 
 
677 aa  60.8  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0673  ATP-dependent endonuclease family protein  20.45 
 
 
619 aa  57  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.924756 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3445  hypothetical protein  23.49 
 
 
628 aa  56.6  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.919866  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  26.2 
 
 
784 aa  55.8  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  20.96 
 
 
553 aa  55.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.21 
 
 
594 aa  55.5  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2759  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.85 
 
 
608 aa  55.1  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4162  ATP-dependent endonuclease family protein  28.57 
 
 
600 aa  55.1  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138387  normal  0.169092 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  25.6 
 
 
763 aa  54.7  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  23.03 
 
 
703 aa  54.3  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.05 
 
 
640 aa  53.9  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1439  hypothetical protein  25.23 
 
 
744 aa  53.5  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0880018  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0206  ATP-dependent OLD family endonuclease  23.17 
 
 
689 aa  52.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4449  ATP-dependent endonuclease of the OLD family-like protein  25.9 
 
 
564 aa  52.8  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3185  ATP-dependent endonuclease family protein  21.34 
 
 
641 aa  52.8  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196277  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2994  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.75 
 
 
608 aa  52.4  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  23.56 
 
 
707 aa  52.4  0.00003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4848  ATP-dependent OLD family endonuclease  34.04 
 
 
626 aa  51.2  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  26.9 
 
 
807 aa  51.2  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  23.67 
 
 
780 aa  50.8  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  22.67 
 
 
688 aa  50.8  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2727  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.06 
 
 
607 aa  50.4  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1111  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.74 
 
 
603 aa  50.4  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3047  ATP-dependent endonuclease family protein  21.26 
 
 
598 aa  50.4  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.300622  normal  0.13978 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  19.96 
 
 
637 aa  50.4  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1668  hypothetical protein  21.8 
 
 
554 aa  50.1  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413918  normal  0.886793 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3087  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.91 
 
 
605 aa  49.3  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  26.38 
 
 
682 aa  49.7  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3056  ATP-dependent endonuclease family protein  21.47 
 
 
598 aa  48.9  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  26.11 
 
 
695 aa  48.5  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  24.36 
 
 
769 aa  48.5  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4641  ATP-dependent endonuclease  44.23 
 
 
626 aa  47.8  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.01769  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4170  hypothetical protein  25.13 
 
 
399 aa  47.4  0.0008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3887  hypothetical protein  24.6 
 
 
546 aa  47.4  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0165  hypothetical protein  52.27 
 
 
595 aa  47.4  0.0009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.820724 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2898  chromosome segregation protein  27.82 
 
 
891 aa  47.4  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3828  hypothetical protein  40 
 
 
604 aa  46.6  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.220846  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4715  hypothetical protein  53.19 
 
 
255 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.214433  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000190  ATP-dependent endonuclease  22.15 
 
 
544 aa  46.6  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0284428  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0257  hypothetical protein  31.52 
 
 
159 aa  46.2  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00160125  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05915  hypothetical protein  21.83 
 
 
544 aa  45.8  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4689  condensin subunit Smc  28.43 
 
 
1208 aa  45.8  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1241  hypothetical protein  41.54 
 
 
610 aa  46.2  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.625082  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  24.55 
 
 
773 aa  45.4  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4711  ATP-dependent endonuclease of the OLD family- like protein  41.67 
 
 
648 aa  45.4  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0402  iron compound ABC transporter, ATP-binding protein  28.41 
 
 
259 aa  45.1  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1516  ATP-dependent endonuclease family protein  26.03 
 
 
586 aa  45.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  1.749e-16 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0054  hypothetical protein  24.88 
 
 
597 aa  45.1  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  23.28 
 
 
748 aa  45.1  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1087  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.68 
 
 
616 aa  44.7  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.14427  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  18.18 
 
 
714 aa  45.1  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0776  ABC transporter related  27.27 
 
 
253 aa  44.3  0.007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.166423  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0759  ABC transporter related  27.27 
 
 
253 aa  44.3  0.007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  24.86 
 
 
782 aa  43.9  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3600  ATPase-like protein  24.67 
 
 
416 aa  43.9  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.960092 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03536  hypothetical protein  32.39 
 
 
398 aa  43.9  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0046  GTP-binding protein LepA  34.48 
 
 
276 aa  43.9  0.01  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0304076  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0876  chromosome segregation protein SMC2  40.82 
 
 
1151 aa  43.9  0.01  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.601564  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>