More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1494 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  100 
 
 
426 aa  870    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  64.99 
 
 
421 aa  561  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  66.16 
 
 
421 aa  557  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  65.5 
 
 
434 aa  551  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  66.33 
 
 
436 aa  543  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  65.4 
 
 
451 aa  544  1e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  65.5 
 
 
437 aa  535  1e-151  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  65.5 
 
 
433 aa  535  1e-151  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  61.95 
 
 
426 aa  534  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  59.02 
 
 
416 aa  496  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  59.64 
 
 
417 aa  496  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  59.6 
 
 
468 aa  487  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  57.69 
 
 
418 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.01 
 
 
423 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  60.25 
 
 
419 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  60.76 
 
 
441 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  60.76 
 
 
419 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  60.76 
 
 
419 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  61.13 
 
 
426 aa  462  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.3 
 
 
419 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  60.15 
 
 
404 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.3 
 
 
419 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  60.15 
 
 
425 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  57.56 
 
 
419 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  60.15 
 
 
425 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  60.15 
 
 
425 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  60.15 
 
 
425 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  60.4 
 
 
425 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  57.35 
 
 
419 aa  455  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  60.15 
 
 
425 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.84 
 
 
419 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  41.92 
 
 
418 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  41.92 
 
 
418 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  42.42 
 
 
417 aa  329  6e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  41.81 
 
 
411 aa  323  3e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  40.72 
 
 
416 aa  323  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  41.1 
 
 
416 aa  316  6e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  38.89 
 
 
418 aa  312  5.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  38.89 
 
 
418 aa  312  5.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  41.02 
 
 
415 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  41.67 
 
 
411 aa  307  3e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  43.54 
 
 
410 aa  306  4.0000000000000004e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  38.8 
 
 
411 aa  303  4.0000000000000003e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  41.56 
 
 
412 aa  303  5.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  41.25 
 
 
410 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  40.55 
 
 
412 aa  301  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  39.81 
 
 
411 aa  296  4e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  40.2 
 
 
427 aa  295  7e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  39.57 
 
 
411 aa  295  8e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  39.42 
 
 
411 aa  295  9e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  40.15 
 
 
409 aa  293  6e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  40.05 
 
 
430 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  39.13 
 
 
411 aa  285  8e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  40.89 
 
 
410 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  38.23 
 
 
420 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  40.24 
 
 
409 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  39.42 
 
 
411 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  38.06 
 
 
422 aa  281  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  39.47 
 
 
409 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  41.48 
 
 
411 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  42.94 
 
 
322 aa  268  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  40.61 
 
 
412 aa  264  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  37.37 
 
 
425 aa  258  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  32.94 
 
 
415 aa  190  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.41 
 
 
471 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.17 
 
 
471 aa  165  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
408 aa  101  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
419 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  23.79 
 
 
411 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 
390 aa  90.9  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
415 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
414 aa  89  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
396 aa  87.8  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
395 aa  85.9  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
384 aa  85.1  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
415 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
396 aa  83.6  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
415 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
445 aa  82.8  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0582  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  29.06 
 
 
407 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
395 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
432 aa  80.9  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
417 aa  79.7  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  24.08 
 
 
416 aa  77  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.51 
 
 
389 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
384 aa  74.3  0.000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.81 
 
 
396 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  23.39 
 
 
397 aa  73.9  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  24.81 
 
 
451 aa  73.6  0.000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0357  extracellular ligand-binding receptor  27.69 
 
 
408 aa  73.2  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000767142 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  29.48 
 
 
411 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481667  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
402 aa  72.4  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
415 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  23.21 
 
 
398 aa  71.2  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
415 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  23.97 
 
 
394 aa  70.5  0.00000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 
400 aa  70.5  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
398 aa  70.5  0.00000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
397 aa  70.1  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
402 aa  70.1  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>