137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0992 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2296  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  43.23 
 
 
1103 aa  676    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.566051  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3908  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  44.35 
 
 
1141 aa  708    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00208129  normal  0.199175 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0901  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  40.81 
 
 
1082 aa  671    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0251  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  44.15 
 
 
1113 aa  705    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0918  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  40.81 
 
 
1082 aa  671    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200509  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1210  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.17 
 
 
1084 aa  702    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.809916  normal  0.696176 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0907  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.58 
 
 
1080 aa  685    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00623789 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.06 
 
 
1083 aa  697    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0179444  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10642  exonuclease V gamma subunit recC  41.33 
 
 
1097 aa  660    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.167031  normal  0.143221 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0992  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 
1158 aa  2199    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.218847  normal  0.146183 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2428  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  47.66 
 
 
1128 aa  704    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.550911  hitchhiker  0.0018506 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3372  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  43.01 
 
 
1143 aa  680    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.369157  normal  0.661883 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2747  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  40.13 
 
 
1151 aa  615  9.999999999999999e-175  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.09 
 
 
1074 aa  418  9.999999999999999e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.31 
 
 
1071 aa  409  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.37 
 
 
1091 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.25 
 
 
1068 aa  394  1e-108  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.92 
 
 
1061 aa  385  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.18 
 
 
1077 aa  372  1e-101  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  29.63 
 
 
1075 aa  367  1e-100  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.67 
 
 
1077 aa  360  9.999999999999999e-98  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.02 
 
 
1149 aa  340  9.999999999999999e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  28.12 
 
 
1127 aa  336  2e-90  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.73 
 
 
1054 aa  335  4e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  28.3 
 
 
1060 aa  316  9.999999999999999e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.97 
 
 
1164 aa  293  1e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.08 
 
 
1085 aa  292  2e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.52 
 
 
1173 aa  291  5.0000000000000004e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  26.24 
 
 
1124 aa  287  8e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.89 
 
 
1064 aa  285  4.0000000000000003e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.25 
 
 
1160 aa  283  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  29.86 
 
 
1171 aa  283  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.98 
 
 
1159 aa  279  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  28.21 
 
 
1123 aa  276  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.63 
 
 
1166 aa  275  5.000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.1 
 
 
1158 aa  275  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.51 
 
 
1158 aa  273  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.88 
 
 
1150 aa  273  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.9 
 
 
1158 aa  272  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.97 
 
 
1160 aa  272  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  28.81 
 
 
1156 aa  270  8e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  25.51 
 
 
1122 aa  271  8e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.06 
 
 
1198 aa  270  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  25.78 
 
 
1123 aa  269  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  25.78 
 
 
1123 aa  268  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  25.78 
 
 
1123 aa  268  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  25.78 
 
 
1123 aa  266  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  25.95 
 
 
1132 aa  266  2e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  25.61 
 
 
1123 aa  266  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  27.71 
 
 
1157 aa  262  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.22 
 
 
1184 aa  263  2e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.71 
 
 
1162 aa  263  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.54 
 
 
1163 aa  263  2e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.37 
 
 
1131 aa  262  3e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  21.09 
 
 
1098 aa  261  7e-68  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  25.71 
 
 
1123 aa  258  4e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.93 
 
 
1187 aa  258  4e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  25.56 
 
 
1132 aa  257  8e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.68 
 
 
1226 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  24.01 
 
 
1163 aa  256  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  24.66 
 
 
1164 aa  256  3e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  26 
 
 
1260 aa  254  6e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26 
 
 
1260 aa  254  6e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  25.63 
 
 
1123 aa  254  7e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  25.54 
 
 
1123 aa  254  8.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.78 
 
 
1274 aa  249  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  23.38 
 
 
1127 aa  249  3e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.53 
 
 
1270 aa  247  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.03 
 
 
1197 aa  247  9.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  27.96 
 
 
1122 aa  246  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.96 
 
 
1122 aa  246  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  27.96 
 
 
1122 aa  246  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  27.96 
 
 
1122 aa  246  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  27.96 
 
 
1122 aa  246  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  27.96 
 
 
1122 aa  246  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  27.96 
 
 
1122 aa  246  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  24.83 
 
 
1148 aa  244  7.999999999999999e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.6 
 
 
1270 aa  243  1e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.78 
 
 
1270 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4569  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.42 
 
 
1169 aa  243  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2170  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.21 
 
 
1063 aa  243  2e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.411228  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.27 
 
 
1183 aa  242  2.9999999999999997e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  27.84 
 
 
1122 aa  242  2.9999999999999997e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  26.56 
 
 
1128 aa  241  4e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4015  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.71 
 
 
1114 aa  241  4e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.186712  normal  0.268037 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.31 
 
 
1190 aa  240  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1775  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.54 
 
 
1236 aa  239  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4322  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  28.06 
 
 
1112 aa  238  5.0000000000000005e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1853  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.64 
 
 
1234 aa  238  7e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2245  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.83 
 
 
1234 aa  237  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.965648 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01027  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.3 
 
 
1206 aa  236  1.0000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  22.98 
 
 
1269 aa  237  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  22.1 
 
 
1144 aa  234  6e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2149  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.15 
 
 
1270 aa  231  8e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.73 
 
 
1124 aa  231  9e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1749  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.21 
 
 
1121 aa  230  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246728  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1389  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.65 
 
 
1197 aa  229  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.454262  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1188  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.64 
 
 
1354 aa  228  6e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.572849  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10811  exodeoxyribonuclease V subunit C 125 kD polypeptide  22.96 
 
 
1105 aa  227  9e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.240018 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0681  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.64 
 
 
1114 aa  226  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>