137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2296 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_3908  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.82 
 
 
1141 aa  712    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00208129  normal  0.199175 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2747  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.84 
 
 
1151 aa  736    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0901  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  40.98 
 
 
1082 aa  685    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2428  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  47.32 
 
 
1128 aa  728    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.550911  hitchhiker  0.0018506 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0251  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  44.3 
 
 
1113 aa  734    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0918  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  40.98 
 
 
1082 aa  685    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200509  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1210  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.53 
 
 
1084 aa  702    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.809916  normal  0.696176 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0907  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.12 
 
 
1080 aa  684    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00623789 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.38 
 
 
1083 aa  677    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0179444  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10642  exonuclease V gamma subunit recC  44.93 
 
 
1097 aa  739    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.167031  normal  0.143221 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0992  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.86 
 
 
1158 aa  657    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.218847  normal  0.146183 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3372  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.1 
 
 
1143 aa  684    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.369157  normal  0.661883 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2296  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 
1103 aa  2134    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.566051  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.29 
 
 
1091 aa  442  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.68 
 
 
1074 aa  410  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.22 
 
 
1054 aa  395  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.97 
 
 
1068 aa  392  1e-107  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.88 
 
 
1071 aa  392  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  30.94 
 
 
1075 aa  388  1e-106  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  28.97 
 
 
1127 aa  375  1e-102  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.52 
 
 
1061 aa  372  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.79 
 
 
1077 aa  366  1e-99  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.21 
 
 
1077 aa  363  7.0000000000000005e-99  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.14 
 
 
1085 aa  356  2e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  29.11 
 
 
1060 aa  337  7.999999999999999e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.15 
 
 
1149 aa  326  1e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  27.16 
 
 
1124 aa  322  1.9999999999999998e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  26.73 
 
 
1122 aa  318  3e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  26.73 
 
 
1122 aa  318  5e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.64 
 
 
1122 aa  316  9.999999999999999e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  26.64 
 
 
1122 aa  316  9.999999999999999e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  26.64 
 
 
1122 aa  316  9.999999999999999e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  26.64 
 
 
1122 aa  317  9.999999999999999e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  26.64 
 
 
1122 aa  315  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  26.64 
 
 
1122 aa  315  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  27.81 
 
 
1132 aa  315  2.9999999999999996e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  27.6 
 
 
1123 aa  315  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  26.76 
 
 
1164 aa  315  3.9999999999999997e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  27.55 
 
 
1123 aa  314  5.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  27.55 
 
 
1123 aa  313  9e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  27.55 
 
 
1123 aa  313  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  27.53 
 
 
1123 aa  312  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  28.61 
 
 
1132 aa  312  2.9999999999999997e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  26.38 
 
 
1122 aa  310  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  27.48 
 
 
1123 aa  306  1.0000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  26.71 
 
 
1163 aa  305  3.0000000000000004e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.61 
 
 
1131 aa  302  3e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  26.18 
 
 
1148 aa  300  1e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  27.07 
 
 
1123 aa  298  4e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  26.98 
 
 
1123 aa  297  8e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  26.98 
 
 
1123 aa  296  2e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29 
 
 
1064 aa  295  3e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.21 
 
 
1098 aa  290  7e-77  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  27.26 
 
 
1128 aa  286  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.44 
 
 
1163 aa  284  6.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.22 
 
 
1158 aa  282  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  24.78 
 
 
1127 aa  276  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.63 
 
 
1173 aa  274  6e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.72 
 
 
1166 aa  269  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.86 
 
 
1160 aa  269  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.53 
 
 
1144 aa  267  8e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.3 
 
 
1158 aa  267  8e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.83 
 
 
1164 aa  265  4e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.7 
 
 
1160 aa  264  6e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  27.58 
 
 
1171 aa  264  8e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2170  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.67 
 
 
1063 aa  262  2e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.411228  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4569  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.67 
 
 
1169 aa  263  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01027  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.82 
 
 
1206 aa  259  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.66 
 
 
1159 aa  259  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.08 
 
 
1198 aa  258  4e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.6 
 
 
1184 aa  256  2.0000000000000002e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.89 
 
 
1158 aa  254  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.93 
 
 
1150 aa  251  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  27.9 
 
 
1157 aa  251  6e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09591  exodeoxyribonuclease V gamma chain  27.37 
 
 
1103 aa  248  3e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.507283 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.1 
 
 
1162 aa  244  6e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  28.14 
 
 
1156 aa  242  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4015  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.09 
 
 
1114 aa  239  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.186712  normal  0.268037 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0690  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.04 
 
 
1138 aa  236  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.02 
 
 
1197 aa  235  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10811  exodeoxyribonuclease V subunit C 125 kD polypeptide  23.46 
 
 
1105 aa  235  4.0000000000000004e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.240018 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1749  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.68 
 
 
1121 aa  234  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246728  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1411  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  27.88 
 
 
1077 aa  231  4e-59  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.577344  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4322  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  28.57 
 
 
1112 aa  230  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1815  exodeoxyribonuclease V gamma chain  28.65 
 
 
1121 aa  228  6e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1747  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.71 
 
 
1121 aa  227  9e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.632036  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.67 
 
 
1124 aa  224  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05437  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.75 
 
 
1137 aa  219  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.487403  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0734  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.91 
 
 
1112 aa  218  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1214  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.91 
 
 
1112 aa  218  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1849  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.48 
 
 
1218 aa  216  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.013439  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1187  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.91 
 
 
1112 aa  216  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.720814  normal  0.579184 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51720  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.26 
 
 
1168 aa  214  7e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2839  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  26.56 
 
 
1133 aa  212  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601793  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1653  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.82 
 
 
1081 aa  210  1e-52  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.339472  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.13 
 
 
1294 aa  209  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000148654 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  22.21 
 
 
1270 aa  207  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.75 
 
 
1183 aa  207  1e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  22.33 
 
 
1226 aa  207  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2089  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.79 
 
 
1112 aa  206  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>