139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3908 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2296  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  41.82 
 
 
1103 aa  716    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.566051  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3372  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  45.94 
 
 
1143 aa  812    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.369157  normal  0.661883 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2428  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  47.12 
 
 
1128 aa  733    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.550911  hitchhiker  0.0018506 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0901  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  49.36 
 
 
1082 aa  922    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0251  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  52.39 
 
 
1113 aa  962    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0918  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  49.36 
 
 
1082 aa  922    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200509  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1210  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  50.96 
 
 
1084 aa  946    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.809916  normal  0.696176 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3908  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 
1141 aa  2202    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00208129  normal  0.199175 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0907  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  49.64 
 
 
1080 aa  925    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00623789 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2747  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.47 
 
 
1151 aa  714    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  51.51 
 
 
1083 aa  966    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0179444  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10642  exonuclease V gamma subunit recC  49.74 
 
 
1097 aa  914    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.167031  normal  0.143221 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0992  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  43.64 
 
 
1158 aa  704    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.218847  normal  0.146183 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  31.62 
 
 
1091 aa  472  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  30.87 
 
 
1075 aa  413  1e-114  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.32 
 
 
1068 aa  413  1e-114  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  28.8 
 
 
1127 aa  387  1e-106  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.11 
 
 
1061 aa  389  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  30.12 
 
 
1060 aa  386  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.49 
 
 
1074 aa  381  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.68 
 
 
1077 aa  377  1e-103  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.26 
 
 
1077 aa  377  1e-103  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  32.26 
 
 
1054 aa  376  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.46 
 
 
1071 aa  375  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.55 
 
 
1085 aa  370  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.91 
 
 
1149 aa  367  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  27.59 
 
 
1164 aa  360  9.999999999999999e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  27.19 
 
 
1163 aa  357  7.999999999999999e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  27.15 
 
 
1148 aa  357  1e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.98 
 
 
1163 aa  353  8e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  28.35 
 
 
1123 aa  350  9e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.18 
 
 
1064 aa  340  9.999999999999999e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  28.55 
 
 
1123 aa  334  7.000000000000001e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  28.55 
 
 
1123 aa  333  8e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  28.55 
 
 
1123 aa  331  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  28.53 
 
 
1132 aa  331  5.0000000000000004e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.98 
 
 
1158 aa  330  9e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.57 
 
 
1150 aa  328  3e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  28.12 
 
 
1122 aa  328  3e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  27.99 
 
 
1122 aa  327  7e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  28.12 
 
 
1122 aa  327  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  28.12 
 
 
1122 aa  327  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  28.93 
 
 
1128 aa  327  1e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  28.94 
 
 
1171 aa  327  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  28.03 
 
 
1122 aa  326  1e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.9 
 
 
1122 aa  325  2e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  27.9 
 
 
1122 aa  325  2e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  27.9 
 
 
1122 aa  325  2e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  28.03 
 
 
1122 aa  324  6e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.91 
 
 
1158 aa  324  7e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  26.13 
 
 
1127 aa  323  9.000000000000001e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.22 
 
 
1160 aa  322  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  27.06 
 
 
1123 aa  321  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  27.06 
 
 
1123 aa  321  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  27.06 
 
 
1123 aa  321  6e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  27.06 
 
 
1123 aa  321  6e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.24 
 
 
1098 aa  320  9e-86  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  26.97 
 
 
1123 aa  319  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.9 
 
 
1166 aa  318  3e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.83 
 
 
1159 aa  317  6e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  27.98 
 
 
1132 aa  317  8e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.25 
 
 
1158 aa  316  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  30.13 
 
 
1156 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  27.57 
 
 
1124 aa  315  2.9999999999999996e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.9 
 
 
1160 aa  313  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.16 
 
 
1131 aa  313  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1411  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  30.16 
 
 
1077 aa  312  2e-83  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.577344  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  24.96 
 
 
1260 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.96 
 
 
1260 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.63 
 
 
1197 aa  310  1.0000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  27.93 
 
 
1157 aa  308  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.46 
 
 
1184 aa  307  6e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.28 
 
 
1270 aa  301  4e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.24 
 
 
1274 aa  301  5e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.28 
 
 
1270 aa  301  7e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.57 
 
 
1164 aa  299  2e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.26 
 
 
1187 aa  296  1e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.31 
 
 
1162 aa  296  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.34 
 
 
1226 aa  295  4e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4569  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.13 
 
 
1169 aa  290  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.48 
 
 
1173 aa  286  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.27 
 
 
1192 aa  282  3e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1853  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.9 
 
 
1234 aa  280  8e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1775  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.73 
 
 
1236 aa  280  1e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2245  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.34 
 
 
1234 aa  277  7e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.965648 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.55 
 
 
1198 aa  276  1.0000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.95 
 
 
1270 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0520  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.41 
 
 
1174 aa  275  4.0000000000000004e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.318804  normal  0.0360548 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25 
 
 
1269 aa  274  6e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0690  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.48 
 
 
1138 aa  272  2e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1653  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.35 
 
 
1081 aa  272  2e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.339472  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51720  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.25 
 
 
1168 aa  273  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.52 
 
 
1190 aa  270  8e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.14 
 
 
1144 aa  270  1e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.79 
 
 
1124 aa  269  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09591  exodeoxyribonuclease V gamma chain  28.58 
 
 
1103 aa  270  2e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.507283 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.15 
 
 
1183 aa  269  2e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2170  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.7 
 
 
1063 aa  268  5.999999999999999e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.411228  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0643  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.06 
 
 
1097 aa  264  6e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14751  exodeoxyribonuclease V subunit C 125 kD polypeptide  23.06 
 
 
1097 aa  257  7e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.683363 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>