More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3033 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 376 aa  732    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  47.8 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  47.53 
 
 		 359 aa  293  4e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  48.91 
 
 		 361 aa  291  9e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  50.14 
 
 		 362 aa  291  2e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  46.9 
 
 		 356 aa  285  5.999999999999999e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  48.62 
 
 		 359 aa  276  3e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  48.62 
 
 		 359 aa  276  3e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  48.62 
 
 		 359 aa  276  3e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  48.94 
 
 		 352 aa  265  8e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  45.41 
 
 		 361 aa  251  1e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  44.78 
 
 		 360 aa  237  2e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  43.99 
 
 		 358 aa  237  3e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  42.27 
 
 		 360 aa  235  7e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  49.85 
 
 		 377 aa  235  8e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  44.53 
 
 		 356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  44.69 
 
 		 353 aa  231  2e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  46.65 
 
 		 634 aa  230  3e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  41.99 
 
 		 365 aa  228  1e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  48.47 
 
 		 360 aa  224  2e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  41.01 
 
 		 357 aa  223  3e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  41.51 
 
 		 364 aa  216  4e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  41.21 
 
 		 367 aa  213  5.999999999999999e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  39.78 
 
 		 362 aa  210  4e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  40 
 
 		 355 aa  208  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  41.71 
 
 		 375 aa  207  2e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  41.67 
 
 		 380 aa  206  4e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  39.55 
 
 		 371 aa  204  2e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  39.6 
 
 		 358 aa  203  4e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  44.88 
 
 		 365 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  43.13 
 
 		 384 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  46.71 
 
 		 377 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  40.27 
 
 		 364 aa  199  3.9999999999999996e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  46.38 
 
 		 384 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  47.58 
 
 		 368 aa  195  1e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40.53 
 
 		 369 aa  193  4e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  39.59 
 
 		 377 aa  191  2e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2061  Polyprenyl synthetase  42.43 
 
 		 372 aa  186  4e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0993933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  41.3 
 
 		 385 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  40.32 
 
 		 1155 aa  183  3e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  42.15 
 
 		 373 aa  175  9.999999999999999e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5074  polyprenyl synthetase  36.94 
 
 		 374 aa  173  5e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5162  polyprenyl synthetase  36.94 
 
 		 374 aa  173  5e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18985  normal  0.559036 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5453  polyprenyl synthetase  36.94 
 
 		 374 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  37.53 
 
 		 362 aa  164  3e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3312  Polyprenyl synthetase  37.96 
 
 		 347 aa  164  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  30.41 
 
 		 350 aa  156  6e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  43.45 
 
 		 362 aa  155  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2252  polyprenyl synthetase  37.85 
 
 		 418 aa  151  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.359432  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2299  polyprenyl synthetase  37.85 
 
 		 418 aa  151  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2291  polyprenyl synthetase  37.85 
 
 		 418 aa  151  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  36.76 
 
 		 350 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13433  multi-functional geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA1: dimethylallyltransferase + geranyltranstransferase + farnesyltranstransferase  33.33 
 
 		 359 aa  125  2e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0970  Polyprenyl synthetase  35.9 
 
 		 366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0268682 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  39.48 
 
 		 382 aa  120  3e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  31.65 
 
 		 324 aa  119  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  29.6 
 
 		 324 aa  119  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  27.05 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.83 
 
 		 361 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315144  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  29.2 
 
 		 323 aa  116  6.9999999999999995e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0690  polyprenyl synthetase  27.35 
 
 		 368 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5018  Polyprenyl synthetase  34.78 
 
 		 346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61988  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  33.7 
 
 		 360 aa  114  3e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1004  Polyprenyl synthetase  30.96 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000588963  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  30.25 
 
 		 326 aa  112  8.000000000000001e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  34.64 
 
 		 338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.11 
 
 		 364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  32.9 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0011  Polyprenyl synthetase  32.66 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1038  polyprenyl synthetase  25.3 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1363  polyprenyl synthetase  25.99 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.36149  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  32.12 
 
 		 347 aa  108  1e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  28.61 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1527  polyprenyl synthetase  26.76 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.261183  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1557  polyprenyl synthetase  26.76 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1618  polyprenyl synthetase  36.6 
 
 		 329 aa  107  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.399283 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  24.07 
 
 		 341 aa  107  4e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  26.79 
 
 		 324 aa  106  6e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0763  Polyprenyl synthetase  33.94 
 
 		 346 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  32.52 
 
 		 294 aa  105  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  29.02 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6906  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase-like protein  34.75 
 
 		 346 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  37.12 
 
 		 338 aa  104  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  28.9 
 
 		 331 aa  103  7e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  31.67 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1275  Polyprenyl synthetase  28.35 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.360405  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  34.13 
 
 		 349 aa  102  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03940  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.22 
 
 		 354 aa  100  3e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.530934 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0416  Polyprenyl synthetase  28.76 
 
 		 332 aa  100  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0642376 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  31.25 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  32.7 
 
 		 296 aa  100  6e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1765  geranyltranstransferase  27.87 
 
 		 330 aa  99.8  7e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.281488 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  28.3 
 
 		 332 aa  99.8  8e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  28.06 
 
 		 323 aa  99.8  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21240  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  37.31 
 
 		 358 aa  99.4  9e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  31.22 
 
 		 322 aa  99  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  29.57 
 
 		 293 aa  99  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0636  polyprenyl synthetase  31.16 
 
 		 341 aa  99  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  28.25 
 
 		 317 aa  99  1e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  31.96 
 
 		 321 aa  98.6  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>