More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_16070 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  100 
 
 		 362 aa  724    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  49.15 
 
 		 360 aa  306  3e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  51.55 
 
 		 365 aa  292  6e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  49.84 
 
 		 353 aa  269  7e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  48.24 
 
 		 360 aa  268  2e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  44.03 
 
 		 357 aa  267  2e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  45.96 
 
 		 367 aa  259  5.0000000000000005e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  46.91 
 
 		 356 aa  258  1e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  48.53 
 
 		 360 aa  257  2e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  46.82 
 
 		 358 aa  249  4e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  45.85 
 
 		 361 aa  246  4e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  41.03 
 
 		 356 aa  243  3e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  43.16 
 
 		 355 aa  240  2e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  43.79 
 
 		 358 aa  239  6.999999999999999e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  43.75 
 
 		 369 aa  236  3e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  44.23 
 
 		 364 aa  236  4e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  43.26 
 
 		 364 aa  236  4e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  44.83 
 
 		 365 aa  231  2e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  41.95 
 
 		 359 aa  226  4e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  40.06 
 
 		 359 aa  226  7e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2061  Polyprenyl synthetase  42.58 
 
 		 372 aa  225  9e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0993933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  47.67 
 
 		 634 aa  218  1e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  44.82 
 
 		 377 aa  218  1e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  40 
 
 		 362 aa  216  5e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  42.68 
 
 		 375 aa  215  9e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5074  polyprenyl synthetase  41.71 
 
 		 374 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5453  polyprenyl synthetase  41.71 
 
 		 374 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5162  polyprenyl synthetase  41.71 
 
 		 374 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18985  normal  0.559036 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  42.22 
 
 		 377 aa  208  1e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  41.64 
 
 		 359 aa  207  3e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  41.64 
 
 		 359 aa  207  3e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  41.64 
 
 		 359 aa  207  3e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3312  Polyprenyl synthetase  39 
 
 		 347 aa  205  9e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  39.87 
 
 		 377 aa  205  9e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  38.44 
 
 		 376 aa  202  5e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  41.06 
 
 		 368 aa  201  9.999999999999999e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  45.4 
 
 		 362 aa  200  1.9999999999999998e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  38.1 
 
 		 371 aa  199  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  42.43 
 
 		 361 aa  199  5e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  43.93 
 
 		 384 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  38.67 
 
 		 1155 aa  196  6e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  39.62 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40.44 
 
 		 373 aa  189  5.999999999999999e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  40.22 
 
 		 384 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  38.08 
 
 		 352 aa  180  4e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  39.62 
 
 		 362 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  31.15 
 
 		 350 aa  171  1e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  46.15 
 
 		 380 aa  167  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  38.71 
 
 		 385 aa  160  4e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  36.54 
 
 		 382 aa  133  6e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  28.62 
 
 		 326 aa  124  3e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  33.62 
 
 		 360 aa  123  5e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2252  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 418 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.359432  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2291  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 418 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2299  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 418 aa  122  7e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  30.74 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  27.22 
 
 		 324 aa  119  7.999999999999999e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  34.22 
 
 		 347 aa  118  1.9999999999999998e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1363  polyprenyl synthetase  25.69 
 
 		 332 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.36149  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0011  Polyprenyl synthetase  33.56 
 
 		 336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1586  trans-hexaprenyltranstransferase  31.99 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  31.86 
 
 		 364 aa  114  3e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  27.58 
 
 		 317 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  27.95 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  30.42 
 
 		 317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0690  polyprenyl synthetase  30.64 
 
 		 368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  31.08 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0606  geranyltranstransferase  30.96 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1503  Dimethylallyltranstransferase  32.01 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  29.7 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  27.12 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  29.65 
 
 		 322 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  27.67 
 
 		 324 aa  109  6e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  31.94 
 
 		 322 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0912  Polyprenyl synthetase  27.84 
 
 		 312 aa  109  8.000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0418451  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.4 
 
 		 361 aa  108  1e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315144  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  29.3 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  30.98 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0016  Polyprenyl synthetase  30.89 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  31.03 
 
 		 322 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  31.23 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  24 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  33.54 
 
 		 332 aa  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0409  Polyprenyl synthetase  27.62 
 
 		 317 aa  107  4e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000164225  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  31.83 
 
 		 322 aa  106  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  30.53 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  30.53 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1004  Polyprenyl synthetase  32.64 
 
 		 299 aa  106  6e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000588963  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  30.53 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  30.53 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  30.53 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  30.53 
 
 		 323 aa  106  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  30.53 
 
 		 323 aa  106  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  30.53 
 
 		 323 aa  105  8e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  30.53 
 
 		 323 aa  105  9e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  30.19 
 
 		 321 aa  105  9e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0833  trans-hexaprenyltranstransferase  30.86 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3230  polyprenyl synthetase  31.47 
 
 		 327 aa  104  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00305524  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0970  Polyprenyl synthetase  38.39 
 
 		 366 aa  105  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0268682 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  31.01 
 
 		 321 aa  104  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>