More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0413 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 337 aa  689    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  81.1 
 
 		 331 aa  552  1e-156  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  80.12 
 
 		 332 aa  552  1e-156  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1765  geranyltranstransferase  79.88 
 
 		 330 aa  541  1e-153  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.281488 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0416  Polyprenyl synthetase  74.4 
 
 		 332 aa  528  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0642376 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0383  Polyprenyl synthetase  73.89 
 
 		 337 aa  521  1e-147  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.955565  normal  0.0650374 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0315  Polyprenyl synthetase  75.91 
 
 		 332 aa  522  1e-147  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  42.9 
 
 		 321 aa  239  5.999999999999999e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  39.43 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  38.99 
 
 		 323 aa  224  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  37.46 
 
 		 325 aa  222  8e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  37.34 
 
 		 324 aa  221  9.999999999999999e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  41.28 
 
 		 324 aa  217  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  37.26 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  36.88 
 
 		 317 aa  195  8.000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  37.19 
 
 		 317 aa  195  8.000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  33.44 
 
 		 322 aa  194  2e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1235  Polyprenyl synthetase  38.38 
 
 		 330 aa  192  5e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  35.62 
 
 		 317 aa  189  4e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  37.68 
 
 		 325 aa  189  7e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  39.2 
 
 		 327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  35.02 
 
 		 317 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  37.5 
 
 		 322 aa  182  7e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  36.19 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  37.96 
 
 		 320 aa  179  7e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  33.33 
 
 		 321 aa  178  1e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  34.97 
 
 		 327 aa  178  1e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2048  Polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 348 aa  172  7.999999999999999e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.225827  normal  0.179552 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2209  farnesyltranstransferase  41.15 
 
 		 325 aa  172  1e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1816  geranyltranstransferase  35.02 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.204305  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  35.98 
 
 		 326 aa  169  6e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2149  heptaprenyl diphosphate synthase component II  33.45 
 
 		 320 aa  166  5e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000900813  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  41.12 
 
 		 320 aa  163  3e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  37.74 
 
 		 332 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0963  polyprenyl synthetase  30.09 
 
 		 324 aa  159  5e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.728777  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  34.47 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2538  Dimethylallyltranstransferase  30.64 
 
 		 349 aa  158  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  31.38 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  33.68 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  31.31 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  32.26 
 
 		 336 aa  156  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0685  GCN5-related N-acetyltransferase  33.89 
 
 		 322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.27357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  33.33 
 
 		 323 aa  156  6e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1188  Polyprenyl synthetase  29.79 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000116702  normal  0.535135 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  33.33 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1534  Polyprenyl synthetase  31.96 
 
 		 324 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  32.76 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  31.14 
 
 		 337 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1219  trans-hexaprenyltranstransferase  31.14 
 
 		 324 aa  151  2e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.581853 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2027  trans-hexaprenyltranstransferase  31.83 
 
 		 331 aa  151  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  30.97 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0470  heptaprenyl diphosphate synthase component II  32.11 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  31.83 
 
 		 331 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  30.69 
 
 		 322 aa  150  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  30.97 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  31.83 
 
 		 323 aa  150  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  31.83 
 
 		 331 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  31.83 
 
 		 331 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  31.83 
 
 		 322 aa  149  5e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1103  Polyprenyl synthetase  28.96 
 
 		 324 aa  149  8e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.789784  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  31.03 
 
 		 323 aa  149  9e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  32.73 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  31.83 
 
 		 331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0988  trans-hexaprenyltranstransferase  28.06 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.955039  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  31.03 
 
 		 323 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000253501  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  32.07 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  31.49 
 
 		 370 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  31.49 
 
 		 370 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  32.65 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  31.49 
 
 		 370 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  32.18 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  31.49 
 
 		 370 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  31.62 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  31.49 
 
 		 370 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  31.03 
 
 		 323 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000738852  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2956  Polyprenyl synthetase  34.95 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.660662  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  33 
 
 		 322 aa  147  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3215  Polyprenyl synthetase  31.4 
 
 		 334 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.119356 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  30.8 
 
 		 322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2049  Polyprenyl synthetase  31.64 
 
 		 346 aa  146  5e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.000493992  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0606  geranyltranstransferase  33.44 
 
 		 337 aa  146  6e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  32.29 
 
 		 322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  30.48 
 
 		 322 aa  145  8.000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  30 
 
 		 333 aa  145  9e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1454  Polyprenyl synthetase  32.65 
 
 		 324 aa  145  9e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.322683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0392  Dimethylallyltranstransferase  32.85 
 
 		 319 aa  145  9e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0147729  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  30.8 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  30.8 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  30.9 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  34.67 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  30.8 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  30.8 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03300  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  32.3 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  30.8 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  30.8 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  30.8 
 
 		 323 aa  144  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2608  Polyprenyl synthetase  31.99 
 
 		 344 aa  144  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.879675  normal  0.754762 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  34.88 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  31.41 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  30.8 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>