More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1103 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1103  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 324 aa  657    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.789784  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0988  trans-hexaprenyltranstransferase  84.26 
 
 		 324 aa  556  1e-157  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.955039  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1534  Polyprenyl synthetase  83.33 
 
 		 324 aa  553  1e-156  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0963  polyprenyl synthetase  81.17 
 
 		 324 aa  544  1e-153  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.728777  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1219  trans-hexaprenyltranstransferase  77.78 
 
 		 324 aa  515  1.0000000000000001e-145  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.581853 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1188  Polyprenyl synthetase  75.31 
 
 		 324 aa  512  1e-144  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000116702  normal  0.535135 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1454  Polyprenyl synthetase  74.07 
 
 		 324 aa  483  1e-135  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.322683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1909  Polyprenyl synthetase  55.73 
 
 		 332 aa  346  4e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0724132  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5075  Polyprenyl synthetase  50 
 
 		 326 aa  339  2.9999999999999998e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.581141 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3006  Trans-hexaprenyltranstransferase  49.07 
 
 		 324 aa  328  7e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2084  Polyprenyl synthetase  49.85 
 
 		 326 aa  310  2e-83  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.235717  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1784  polyprenyl synthetase  46.01 
 
 		 325 aa  304  1.0000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.60288  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2276  octaprenyl-diphosphate synthase  48.44 
 
 		 326 aa  302  4.0000000000000003e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0545  Trans-hexaprenyltranstransferase  50.16 
 
 		 323 aa  296  2e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112091 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05420  polyprenyl synthetase  46.15 
 
 		 311 aa  295  6e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.242903  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6988  Trans-hexaprenyltranstransferase  49.68 
 
 		 321 aa  289  4e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955894  hitchhiker  0.000428726 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0775  hypothetical protein  39.62 
 
 		 324 aa  229  3e-59  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  38.87 
 
 		 322 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  38.36 
 
 		 322 aa  226  6e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  37.26 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  38.87 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  38.05 
 
 		 322 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  35.8 
 
 		 322 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  36.94 
 
 		 322 aa  216  4e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  37.87 
 
 		 331 aa  216  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  36.02 
 
 		 343 aa  212  7.999999999999999e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  36.21 
 
 		 320 aa  211  2e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  37.03 
 
 		 322 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  37.03 
 
 		 322 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  37.03 
 
 		 322 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  36.39 
 
 		 322 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  36.67 
 
 		 322 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  36.39 
 
 		 322 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  36.67 
 
 		 322 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1586  trans-hexaprenyltranstransferase  36.88 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  35.49 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0149  Trans-hexaprenyltranstransferase  36.91 
 
 		 338 aa  206  5e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  37.22 
 
 		 322 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1983  octaprenyl diphosphate synthase  33.86 
 
 		 322 aa  204  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.977315  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  34.37 
 
 		 339 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  33.95 
 
 		 340 aa  203  4e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1248  Trans-hexaprenyltranstransferase  34.28 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  33.64 
 
 		 340 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1350  trans-hexaprenyltranstransferase  34.92 
 
 		 318 aa  200  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  34.16 
 
 		 323 aa  200  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  36.08 
 
 		 322 aa  199  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  35.81 
 
 		 322 aa  199  5e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 351 aa  199  7e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  34.88 
 
 		 323 aa  198  7.999999999999999e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0409  Polyprenyl synthetase  36.88 
 
 		 317 aa  198  7.999999999999999e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000164225  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  35.74 
 
 		 336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  36.1 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  34.16 
 
 		 322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  34.06 
 
 		 335 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  32.91 
 
 		 323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  34.15 
 
 		 336 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  33.13 
 
 		 323 aa  196  6e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2996  octaprenyl-diphosphate synthase  36.58 
 
 		 340 aa  194  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  34.16 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  33.44 
 
 		 336 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  33.33 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  33.33 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  33.33 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  33.33 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  35.74 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2166  trans-hexaprenyltranstransferase  32.6 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  36.08 
 
 		 322 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  33.33 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  33.02 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  33.54 
 
 		 348 aa  193  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  33.54 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  33.02 
 
 		 323 aa  192  4e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  33.02 
 
 		 323 aa  192  4e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  33.02 
 
 		 323 aa  192  4e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  33.02 
 
 		 323 aa  192  4e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  33.02 
 
 		 323 aa  192  4e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  33.02 
 
 		 323 aa  193  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  34.29 
 
 		 322 aa  192  5e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.33 
 
 		 322 aa  192  5e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  35.92 
 
 		 322 aa  192  6e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  34.23 
 
 		 336 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  35.88 
 
 		 333 aa  192  7e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  33.02 
 
 		 323 aa  192  9e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  33.44 
 
 		 334 aa  192  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  35.05 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_002950  PG1998  polyprenyl synthetase  37.86 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.553605 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2749  polyprenyl synthetase  33.63 
 
 		 345 aa  190  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0535555  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  35.2 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  34.44 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  34.71 
 
 		 333 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  35 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  33.12 
 
 		 335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  33.96 
 
 		 336 aa  189  5e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  32.41 
 
 		 322 aa  189  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  33.54 
 
 		 323 aa  189  5.999999999999999e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  33.02 
 
 		 321 aa  189  5.999999999999999e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  36 
 
 		 360 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  35.99 
 
 		 325 aa  189  7e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  33.89 
 
 		 336 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1016  Polyprenyl synthetase  34 
 
 		 332 aa  189  8e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00162211  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>