More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2470 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  100 
 
 
333 aa  670    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  96.7 
 
 
333 aa  649    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  97 
 
 
333 aa  650    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  78.98 
 
 
334 aa  511  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  76.23 
 
 
336 aa  499  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  69.46 
 
 
335 aa  471  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  72.97 
 
 
333 aa  468  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  57.41 
 
 
339 aa  360  2e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  54.38 
 
 
336 aa  354  1e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  58.1 
 
 
344 aa  351  1e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  54.13 
 
 
335 aa  347  1e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1115  Polyprenyl synthetase  53.01 
 
 
337 aa  347  1e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  54.69 
 
 
336 aa  344  8.999999999999999e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  54.37 
 
 
336 aa  344  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  54.06 
 
 
336 aa  342  5e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  53.75 
 
 
351 aa  340  2e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  53.15 
 
 
340 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  57.45 
 
 
358 aa  339  4e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  53.15 
 
 
340 aa  339  4e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  52.5 
 
 
336 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  53.21 
 
 
340 aa  335  5e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  53.21 
 
 
356 aa  335  5e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  52.81 
 
 
336 aa  333  2e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2749  polyprenyl synthetase  51.78 
 
 
345 aa  332  4e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0535555  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  52.5 
 
 
336 aa  332  6e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4378  Polyprenyl synthetase  52.37 
 
 
345 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  53.46 
 
 
336 aa  331  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  54.06 
 
 
339 aa  331  1e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  52.56 
 
 
328 aa  329  4e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  50 
 
 
338 aa  325  6e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  54.66 
 
 
360 aa  322  7e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  50.76 
 
 
338 aa  317  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2184  trans-hexaprenyltranstransferase  53.82 
 
 
340 aa  317  3e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  52.5 
 
 
322 aa  315  7e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0943  octaprenyl-diphosphate synthase  52.24 
 
 
338 aa  310  2e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.560813  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  51.89 
 
 
337 aa  310  2e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  49.09 
 
 
331 aa  309  4e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0523  Polyprenyl synthetase  51.6 
 
 
338 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.057969  normal  0.393199 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0567  Farnesyltranstransferase  51.28 
 
 
338 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  51.38 
 
 
341 aa  304  1.0000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  49.68 
 
 
337 aa  292  4e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  43.47 
 
 
338 aa  291  8e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  48.12 
 
 
322 aa  278  8e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  47.13 
 
 
322 aa  275  6e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  47.13 
 
 
322 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  47.13 
 
 
322 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  46.82 
 
 
322 aa  271  9e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  46.82 
 
 
322 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  46.82 
 
 
322 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  44.48 
 
 
322 aa  270  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  46.5 
 
 
322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  46.82 
 
 
322 aa  269  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  47.13 
 
 
322 aa  268  8e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  49.38 
 
 
322 aa  268  1e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  48.57 
 
 
332 aa  268  1e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  47.13 
 
 
313 aa  268  1e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3068  Polyprenyl synthetase  48.16 
 
 
325 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  45.03 
 
 
322 aa  266  2.9999999999999995e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  45.31 
 
 
322 aa  266  4e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  47.6 
 
 
331 aa  266  5e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  47.6 
 
 
331 aa  266  5e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  47.6 
 
 
331 aa  266  5e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  47.6 
 
 
323 aa  266  5e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  48.41 
 
 
322 aa  265  7e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  47.6 
 
 
331 aa  265  8e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  48.5 
 
 
327 aa  264  1e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  47.65 
 
 
330 aa  264  1e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  44.65 
 
 
345 aa  263  2e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  46.62 
 
 
333 aa  263  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  43.85 
 
 
322 aa  264  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3107  polyprenyl synthetase  46.32 
 
 
325 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339313  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  47.12 
 
 
323 aa  263  3e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  44.69 
 
 
323 aa  261  8e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  48.74 
 
 
323 aa  261  1e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  45.83 
 
 
323 aa  260  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  43.2 
 
 
323 aa  260  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  46.62 
 
 
320 aa  260  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  46.15 
 
 
323 aa  260  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  48.84 
 
 
337 aa  261  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2658  Polyprenyl synthetase  47.85 
 
 
325 aa  259  3e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0590185  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1687  farnesyl pyrophosphate synthetase  45.79 
 
 
332 aa  259  4e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0622197  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  45.02 
 
 
322 aa  259  6e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  46.88 
 
 
343 aa  258  8e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  43.99 
 
 
322 aa  258  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  43.75 
 
 
323 aa  257  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3739  trans-hexaprenyltranstransferase  45.69 
 
 
323 aa  257  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000225438  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0833  trans-hexaprenyltranstransferase  48.24 
 
 
322 aa  257  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0492  polyprenyl synthetase family protein  45.48 
 
 
332 aa  257  2e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000926468  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  45.4 
 
 
325 aa  256  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  44.06 
 
 
323 aa  256  3e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  43.75 
 
 
370 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  43.75 
 
 
370 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  44.79 
 
 
334 aa  256  4e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  43.75 
 
 
370 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  43.75 
 
 
370 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  43.75 
 
 
370 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  43.71 
 
 
323 aa  256  5e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  43.73 
 
 
322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  44.06 
 
 
323 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  44.06 
 
 
323 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>