More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1534 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1534  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 324 aa  654    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1103  Polyprenyl synthetase  83.33 
 
 		 324 aa  553  1e-156  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.789784  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0963  polyprenyl synthetase  82.72 
 
 		 324 aa  552  1e-156  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.728777  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0988  trans-hexaprenyltranstransferase  81.79 
 
 		 324 aa  536  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.955039  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1188  Polyprenyl synthetase  73.15 
 
 		 324 aa  494  1e-139  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000116702  normal  0.535135 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1219  trans-hexaprenyltranstransferase  74.07 
 
 		 324 aa  492  9.999999999999999e-139  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.581853 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1454  Polyprenyl synthetase  73.99 
 
 		 324 aa  474  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.322683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5075  Polyprenyl synthetase  47.83 
 
 		 326 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.581141 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1909  Polyprenyl synthetase  50.93 
 
 		 332 aa  316  3e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0724132  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3006  Trans-hexaprenyltranstransferase  46.27 
 
 		 324 aa  310  2e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1784  polyprenyl synthetase  44.17 
 
 		 325 aa  298  1e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.60288  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2084  Polyprenyl synthetase  45.6 
 
 		 326 aa  291  7e-78  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.235717  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2276  octaprenyl-diphosphate synthase  46.6 
 
 		 326 aa  288  1e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05420  polyprenyl synthetase  44.55 
 
 		 311 aa  287  2e-76  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.242903  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0545  Trans-hexaprenyltranstransferase  47.35 
 
 		 323 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112091 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6988  Trans-hexaprenyltranstransferase  47.47 
 
 		 321 aa  278  9e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955894  hitchhiker  0.000428726 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0775  hypothetical protein  38.98 
 
 		 324 aa  228  2e-58  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  38.61 
 
 		 322 aa  226  4e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  38.92 
 
 		 322 aa  225  9e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  38.24 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  37.34 
 
 		 322 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  38.61 
 
 		 322 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  38.69 
 
 		 322 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  39.46 
 
 		 343 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1586  trans-hexaprenyltranstransferase  37.22 
 
 		 323 aa  211  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  37.33 
 
 		 322 aa  210  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0149  Trans-hexaprenyltranstransferase  36 
 
 		 338 aa  204  1e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  35.47 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  35.67 
 
 		 322 aa  203  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  36.42 
 
 		 331 aa  203  3e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  35.33 
 
 		 322 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  35.19 
 
 		 322 aa  202  5e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  35.59 
 
 		 320 aa  202  6e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1016  Polyprenyl synthetase  35.37 
 
 		 332 aa  202  7e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00162211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  36.77 
 
 		 336 aa  202  9e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  35.58 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  35.67 
 
 		 322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1983  octaprenyl diphosphate synthase  33.44 
 
 		 322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.977315  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  34.35 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  37.2 
 
 		 322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  33.13 
 
 		 341 aa  199  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  34.37 
 
 		 348 aa  199  7e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  34.77 
 
 		 322 aa  199  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  35.58 
 
 		 322 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  35.58 
 
 		 322 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  35.58 
 
 		 322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  35.33 
 
 		 322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  37.99 
 
 		 325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  36.1 
 
 		 322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  36.43 
 
 		 333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  36.39 
 
 		 339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  37.07 
 
 		 337 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  35.59 
 
 		 340 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1350  trans-hexaprenyltranstransferase  35.24 
 
 		 318 aa  196  5.000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  35.12 
 
 		 323 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1998  polyprenyl synthetase  38.57 
 
 		 292 aa  196  6e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.553605 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2996  octaprenyl-diphosphate synthase  36 
 
 		 340 aa  195  7e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  34.97 
 
 		 323 aa  196  7e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  34.16 
 
 		 323 aa  195  8.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  33.95 
 
 		 323 aa  195  8.000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0657  polyprenyl synthetase  35.37 
 
 		 333 aa  194  1e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0742  trans-hexaprenyltranstransferase  35.37 
 
 		 333 aa  194  1e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.247757  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  34.97 
 
 		 322 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  35.25 
 
 		 340 aa  195  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3230  polyprenyl synthetase  33.12 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00305524  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1248  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.65 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  37.12 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  34.47 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  34.35 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  35.74 
 
 		 333 aa  193  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  34.84 
 
 		 323 aa  192  5e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.33 
 
 		 322 aa  192  5e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  32.1 
 
 		 334 aa  192  5e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0680  trans-hexaprenyltranstransferase  32.81 
 
 		 322 aa  192  5e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000360106  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  34.47 
 
 		 323 aa  192  6e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  34.47 
 
 		 323 aa  192  6e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  34.47 
 
 		 323 aa  192  6e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2166  trans-hexaprenyltranstransferase  31.87 
 
 		 320 aa  192  6e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  34.47 
 
 		 323 aa  192  6e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  34.47 
 
 		 323 aa  192  6e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  34.47 
 
 		 323 aa  192  6e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  34.47 
 
 		 323 aa  192  8e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  35.22 
 
 		 322 aa  192  8e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  34.47 
 
 		 370 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  34.47 
 
 		 370 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  35.1 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  35.4 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  34.47 
 
 		 370 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  33.64 
 
 		 326 aa  191  1e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  34.47 
 
 		 370 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  34.69 
 
 		 335 aa  191  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  34.47 
 
 		 370 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  33.33 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000253501  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  33.33 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000738852  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  34.92 
 
 		 351 aa  190  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  35.59 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  34.46 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  34.54 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  33.03 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  33.33 
 
 		 323 aa  190  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>