More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1909 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1909  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 332 aa  667    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0724132  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5075  Polyprenyl synthetase  53.42 
 
 		 326 aa  363  2e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.581141 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1103  Polyprenyl synthetase  55.73 
 
 		 324 aa  363  3e-99  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.789784  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3006  Trans-hexaprenyltranstransferase  53.11 
 
 		 324 aa  355  5.999999999999999e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1454  Polyprenyl synthetase  53.4 
 
 		 324 aa  348  7e-95  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.322683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1188  Polyprenyl synthetase  52.32 
 
 		 324 aa  342  5e-93  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000116702  normal  0.535135 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0963  polyprenyl synthetase  51.86 
 
 		 324 aa  340  2e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.728777  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0988  trans-hexaprenyltranstransferase  52.01 
 
 		 324 aa  340  2e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.955039  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1219  trans-hexaprenyltranstransferase  54.18 
 
 		 324 aa  339  4e-92  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.581853 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1534  Polyprenyl synthetase  50.93 
 
 		 324 aa  333  3e-90  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6988  Trans-hexaprenyltranstransferase  52.98 
 
 		 321 aa  330  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955894  hitchhiker  0.000428726 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1784  polyprenyl synthetase  47.65 
 
 		 325 aa  323  2e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.60288  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2084  Polyprenyl synthetase  48.43 
 
 		 326 aa  323  2e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.235717  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05420  polyprenyl synthetase  48.55 
 
 		 311 aa  319  3e-86  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.242903  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2276  octaprenyl-diphosphate synthase  50.47 
 
 		 326 aa  319  3.9999999999999996e-86  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0545  Trans-hexaprenyltranstransferase  50.78 
 
 		 323 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112091 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0775  hypothetical protein  42.45 
 
 		 324 aa  242  7e-63  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  39.05 
 
 		 322 aa  235  7e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  40.58 
 
 		 322 aa  232  6e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  39.62 
 
 		 322 aa  228  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_002950  PG1998  polyprenyl synthetase  42.14 
 
 		 292 aa  224  2e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.553605 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  38.41 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  38.1 
 
 		 322 aa  218  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1983  octaprenyl diphosphate synthase  36.08 
 
 		 322 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.977315  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  37.99 
 
 		 332 aa  215  9.999999999999999e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  37.46 
 
 		 322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  38.56 
 
 		 322 aa  211  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  35.6 
 
 		 322 aa  207  1e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  37.14 
 
 		 331 aa  204  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0492  polyprenyl synthetase family protein  34.93 
 
 		 332 aa  202  4e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000926468  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1687  farnesyl pyrophosphate synthetase  34.93 
 
 		 332 aa  202  7e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0622197  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1586  trans-hexaprenyltranstransferase  37.06 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  36 
 
 		 339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  35.93 
 
 		 336 aa  200  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  37.03 
 
 		 322 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  37.97 
 
 		 335 aa  199  6e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  39.59 
 
 		 333 aa  197  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  37.66 
 
 		 322 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  37.34 
 
 		 322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  35.24 
 
 		 343 aa  194  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  38.22 
 
 		 334 aa  195  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  36.59 
 
 		 322 aa  195  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  36.92 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  34.83 
 
 		 344 aa  192  9e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  35.54 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1016  Polyprenyl synthetase  37.31 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00162211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  35.99 
 
 		 333 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  35.08 
 
 		 339 aa  190  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  36.58 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  35.99 
 
 		 333 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0149  Trans-hexaprenyltranstransferase  35.95 
 
 		 338 aa  189  5e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  37.34 
 
 		 322 aa  188  9e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  37.54 
 
 		 333 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0657  polyprenyl synthetase  35.91 
 
 		 333 aa  188  1e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3230  polyprenyl synthetase  36.74 
 
 		 327 aa  188  1e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00305524  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0742  trans-hexaprenyltranstransferase  35.91 
 
 		 333 aa  188  1e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.247757  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  34.57 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  35.4 
 
 		 322 aa  187  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  34.26 
 
 		 323 aa  187  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  34.26 
 
 		 323 aa  187  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  36.16 
 
 		 322 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  34.26 
 
 		 323 aa  187  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  36.16 
 
 		 322 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  34.26 
 
 		 323 aa  187  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  37.76 
 
 		 322 aa  187  3e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  34.26 
 
 		 323 aa  187  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  34.26 
 
 		 323 aa  187  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  34.26 
 
 		 323 aa  187  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  36.16 
 
 		 322 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  37.11 
 
 		 322 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  36.08 
 
 		 322 aa  186  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  36.88 
 
 		 322 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  35.89 
 
 		 341 aa  185  8e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  34.64 
 
 		 333 aa  185  9e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  33.95 
 
 		 370 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  33.95 
 
 		 370 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  33.95 
 
 		 370 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  33.95 
 
 		 370 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  33.95 
 
 		 323 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  38.13 
 
 		 337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  33.95 
 
 		 370 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  36.79 
 
 		 322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2027  trans-hexaprenyltranstransferase  34.04 
 
 		 331 aa  184  3e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  36.53 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  35.08 
 
 		 322 aa  182  7e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  34.86 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  34.15 
 
 		 348 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  32.3 
 
 		 320 aa  181  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  34.37 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  34.66 
 
 		 323 aa  179  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0409  Polyprenyl synthetase  33.12 
 
 		 317 aa  179  4e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000164225  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  33.33 
 
 		 323 aa  179  5.999999999999999e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  35.53 
 
 		 360 aa  179  8e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  34.88 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  32.92 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  39.83 
 
 		 345 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  35.33 
 
 		 322 aa  177  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  32.92 
 
 		 340 aa  176  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2681  trans-hexaprenyltranstransferase  35.96 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  33.13 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>