More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3448 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 341 aa  681    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  75.67 
 
 		 337 aa  511  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  70.03 
 
 		 337 aa  453  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  56.62 
 
 		 335 aa  365  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  59.09 
 
 		 360 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  54.33 
 
 		 336 aa  355  7.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  54.63 
 
 		 336 aa  354  1e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  53.73 
 
 		 336 aa  352  4e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  56.44 
 
 		 344 aa  349  3e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  53.13 
 
 		 336 aa  348  8e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  52.24 
 
 		 336 aa  348  9e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  53.13 
 
 		 336 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  52.84 
 
 		 336 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  55.56 
 
 		 358 aa  345  5e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  52.29 
 
 		 356 aa  342  4e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1115  Polyprenyl synthetase  54.77 
 
 		 337 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  54.44 
 
 		 339 aa  342  8e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  51.68 
 
 		 340 aa  340  2.9999999999999998e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2749  polyprenyl synthetase  55.42 
 
 		 345 aa  339  4e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0535555  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  53.45 
 
 		 338 aa  338  8e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4378  Polyprenyl synthetase  55.42 
 
 		 345 aa  338  9e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  54.03 
 
 		 340 aa  338  9e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  54.03 
 
 		 340 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  52.01 
 
 		 328 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  48.8 
 
 		 338 aa  336  3.9999999999999995e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0943  octaprenyl-diphosphate synthase  54.05 
 
 		 338 aa  335  5e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.560813  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  54.24 
 
 		 351 aa  334  1e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  52.87 
 
 		 336 aa  333  2e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0567  Farnesyltranstransferase  55.76 
 
 		 338 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0523  Polyprenyl synthetase  55.14 
 
 		 338 aa  333  3e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.057969  normal  0.393199 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  51.09 
 
 		 338 aa  332  5e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  53.57 
 
 		 339 aa  329  5.0000000000000004e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  52.76 
 
 		 335 aa  315  9.999999999999999e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  56.39 
 
 		 322 aa  313  1.9999999999999998e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  53.5 
 
 		 336 aa  310  2e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  53.89 
 
 		 333 aa  310  2.9999999999999997e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  47.69 
 
 		 327 aa  309  5e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2184  trans-hexaprenyltranstransferase  54.81 
 
 		 340 aa  307  2.0000000000000002e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  49.25 
 
 		 333 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  49.53 
 
 		 348 aa  305  7e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  51.38 
 
 		 333 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3739  trans-hexaprenyltranstransferase  49.38 
 
 		 323 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000225438  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  48.46 
 
 		 323 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  51.69 
 
 		 333 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  50.79 
 
 		 322 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  51.69 
 
 		 333 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  50.63 
 
 		 322 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  50.79 
 
 		 322 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  50.48 
 
 		 322 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  51.09 
 
 		 323 aa  301  1e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  50.63 
 
 		 322 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  50.48 
 
 		 322 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  46.81 
 
 		 331 aa  300  2e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  49.23 
 
 		 323 aa  300  3e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  49.52 
 
 		 322 aa  299  4e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  50.16 
 
 		 322 aa  299  4e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  47.96 
 
 		 323 aa  298  8e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  48.76 
 
 		 323 aa  298  1e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  48.46 
 
 		 323 aa  298  1e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  47.08 
 
 		 326 aa  297  2e-79  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  49.52 
 
 		 322 aa  296  3e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  50.74 
 
 		 337 aa  296  4e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  47.99 
 
 		 323 aa  295  5e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  47.65 
 
 		 323 aa  295  5e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  46.25 
 
 		 331 aa  294  1e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  46.25 
 
 		 331 aa  294  1e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  49.52 
 
 		 322 aa  295  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  46.25 
 
 		 331 aa  294  1e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  56.32 
 
 		 334 aa  293  3e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2996  octaprenyl-diphosphate synthase  49.7 
 
 		 340 aa  292  5e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  48.3 
 
 		 323 aa  291  1e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03732  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase  48.29 
 
 		 324 aa  290  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100816  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  47.37 
 
 		 323 aa  290  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  52.13 
 
 		 327 aa  290  2e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  49.84 
 
 		 345 aa  290  3e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  45.95 
 
 		 331 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  48 
 
 		 323 aa  289  4e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  52.48 
 
 		 322 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  48.73 
 
 		 322 aa  288  8e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  44.69 
 
 		 322 aa  288  8e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  51.27 
 
 		 322 aa  288  9e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0894  trans-hexaprenyltranstransferase  48.45 
 
 		 331 aa  287  2e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000238398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  47.66 
 
 		 323 aa  287  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3653  octaprenyl-diphosphate synthase  48.14 
 
 		 323 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3126  trans-hexaprenyltranstransferase  48.14 
 
 		 331 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000273118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3220  polyprenyl synthetase  48.45 
 
 		 331 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000594957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  51.32 
 
 		 327 aa  286  4e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  50.48 
 
 		 330 aa  286  4e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3107  polyprenyl synthetase  50 
 
 		 325 aa  286  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  47.68 
 
 		 323 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  46.44 
 
 		 323 aa  284  2.0000000000000002e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  44.06 
 
 		 322 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  50.15 
 
 		 325 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  46.44 
 
 		 323 aa  283  4.0000000000000003e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000738852  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  47.37 
 
 		 323 aa  283  4.0000000000000003e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  46.44 
 
 		 323 aa  283  4.0000000000000003e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000253501  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  47.22 
 
 		 323 aa  281  2e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2899  octaprenyl-diphosphate synthase  50.46 
 
 		 322 aa  280  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2517  Polyprenyl synthetase  50.46 
 
 		 322 aa  280  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  49.04 
 
 		 313 aa  279  4e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>