More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0458 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  100 
 
 
338 aa  687    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0523  Polyprenyl synthetase  85.21 
 
 
338 aa  566  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.057969  normal  0.393199 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0567  Farnesyltranstransferase  85.21 
 
 
338 aa  565  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0943  octaprenyl-diphosphate synthase  83.43 
 
 
338 aa  556  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.560813  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  77.22 
 
 
356 aa  552  1e-156  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  76.63 
 
 
340 aa  550  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  78.29 
 
 
328 aa  542  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  75.15 
 
 
338 aa  531  1e-150  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1115  Polyprenyl synthetase  68.15 
 
 
337 aa  473  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  67.16 
 
 
336 aa  472  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2749  polyprenyl synthetase  67.64 
 
 
345 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0535555  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4378  Polyprenyl synthetase  67.06 
 
 
345 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  65.77 
 
 
335 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  66.37 
 
 
336 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  65.48 
 
 
336 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  66.07 
 
 
336 aa  460  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  65.38 
 
 
351 aa  455  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  64.58 
 
 
336 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  65.48 
 
 
336 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  65.48 
 
 
336 aa  451  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  65.18 
 
 
336 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  63.42 
 
 
338 aa  449  1e-125  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  64.79 
 
 
340 aa  449  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  64.5 
 
 
340 aa  448  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  63.2 
 
 
339 aa  432  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  60.53 
 
 
339 aa  414  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  53.87 
 
 
360 aa  361  8e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  54.52 
 
 
337 aa  360  2e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  53.45 
 
 
341 aa  356  3.9999999999999996e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  51.37 
 
 
333 aa  338  7e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  51.96 
 
 
344 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  52.81 
 
 
336 aa  337  9.999999999999999e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  51.06 
 
 
333 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  50.76 
 
 
333 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  50.92 
 
 
337 aa  330  3e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  51.38 
 
 
333 aa  324  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  48.74 
 
 
331 aa  323  2e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  51.08 
 
 
322 aa  319  3e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  52.13 
 
 
334 aa  318  7.999999999999999e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  49.24 
 
 
358 aa  317  1e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  51.74 
 
 
335 aa  317  2e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2184  trans-hexaprenyltranstransferase  50.91 
 
 
340 aa  316  3e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  50.47 
 
 
322 aa  308  9e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  47.66 
 
 
370 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  47.66 
 
 
370 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  48.25 
 
 
323 aa  290  2e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  47.66 
 
 
370 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  47.66 
 
 
370 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  47.66 
 
 
370 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  47.34 
 
 
348 aa  290  3e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  44.64 
 
 
345 aa  289  4e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  47.04 
 
 
323 aa  288  9e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  47.04 
 
 
323 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  47.04 
 
 
323 aa  288  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  47.04 
 
 
323 aa  288  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  47.04 
 
 
323 aa  288  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  46.73 
 
 
323 aa  288  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  47.04 
 
 
323 aa  288  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  47.04 
 
 
323 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  47.04 
 
 
323 aa  288  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  46.73 
 
 
323 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  46.18 
 
 
323 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  45.71 
 
 
322 aa  285  7e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  47.45 
 
 
331 aa  285  8e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  47.45 
 
 
331 aa  285  8e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  45.17 
 
 
326 aa  285  8e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  47.45 
 
 
331 aa  285  8e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  45.18 
 
 
333 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  47.94 
 
 
323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3739  trans-hexaprenyltranstransferase  46.71 
 
 
323 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000225438  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  47.45 
 
 
331 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  43.04 
 
 
322 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  46.08 
 
 
323 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  48.74 
 
 
323 aa  283  3.0000000000000004e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  47.42 
 
 
322 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  45.08 
 
 
322 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  47.42 
 
 
322 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  47.04 
 
 
343 aa  281  1e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  47.42 
 
 
322 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  47.42 
 
 
322 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  44.86 
 
 
327 aa  280  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  46.42 
 
 
323 aa  281  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  45.94 
 
 
320 aa  280  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  48.01 
 
 
330 aa  281  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  46.45 
 
 
322 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  47.45 
 
 
323 aa  280  3e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  47.1 
 
 
322 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  47.98 
 
 
322 aa  279  6e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  46.77 
 
 
322 aa  278  8e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  45.79 
 
 
323 aa  278  9e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  45.79 
 
 
323 aa  278  1e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  46.77 
 
 
325 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  44.76 
 
 
322 aa  277  1e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  46.13 
 
 
322 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  45.79 
 
 
323 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000738852  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  43.31 
 
 
322 aa  277  2e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0978  trans-hexaprenyltranstransferase  48.09 
 
 
331 aa  277  2e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234439  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  46.73 
 
 
323 aa  277  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  45.79 
 
 
323 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000253501  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  48.83 
 
 
327 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>