More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0718 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  99.69 
 
 		 322 aa  648    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 322 aa  651    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  99.38 
 
 		 322 aa  646    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  97.2 
 
 		 322 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  90.06 
 
 		 322 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  90.68 
 
 		 322 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  91.93 
 
 		 322 aa  594  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  85.71 
 
 		 322 aa  550  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  82.92 
 
 		 322 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  82.92 
 
 		 322 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  80.43 
 
 		 322 aa  525  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  62.19 
 
 		 322 aa  397  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  58.31 
 
 		 320 aa  374  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  62 
 
 		 337 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  55.77 
 
 		 323 aa  354  8.999999999999999e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  54.35 
 
 		 323 aa  352  5.9999999999999994e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  53.61 
 
 		 345 aa  349  3e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  55.45 
 
 		 348 aa  349  4e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  56.78 
 
 		 331 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  56.78 
 
 		 331 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  56.78 
 
 		 331 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  54.34 
 
 		 327 aa  347  2e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  53.42 
 
 		 323 aa  347  2e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  56.78 
 
 		 331 aa  346  3e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  55.21 
 
 		 323 aa  343  2e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  54.89 
 
 		 323 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  54.89 
 
 		 323 aa  340  2e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  55.52 
 
 		 333 aa  339  4e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  53.23 
 
 		 326 aa  338  5.9999999999999996e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  55.06 
 
 		 323 aa  338  9e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0978  trans-hexaprenyltranstransferase  55.49 
 
 		 331 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234439  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  54.98 
 
 		 323 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03732  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase  54.17 
 
 		 324 aa  335  3.9999999999999995e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100816  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3653  octaprenyl-diphosphate synthase  56.78 
 
 		 323 aa  335  5e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  53.58 
 
 		 323 aa  335  5.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000738852  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  53.58 
 
 		 323 aa  335  5.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000253501  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  53.77 
 
 		 343 aa  335  7.999999999999999e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  53.58 
 
 		 323 aa  334  1e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  51.7 
 
 		 323 aa  334  1e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3739  trans-hexaprenyltranstransferase  54.69 
 
 		 323 aa  334  1e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000225438  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0894  trans-hexaprenyltranstransferase  55.79 
 
 		 331 aa  334  1e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000238398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3126  trans-hexaprenyltranstransferase  55.79 
 
 		 331 aa  334  1e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000273118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3220  polyprenyl synthetase  55.79 
 
 		 331 aa  334  1e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000594957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  54.02 
 
 		 323 aa  333  2e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  53.35 
 
 		 322 aa  333  3e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  52.34 
 
 		 323 aa  333  3e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  52.73 
 
 		 370 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  52.73 
 
 		 370 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  52.73 
 
 		 370 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  52.73 
 
 		 370 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  52.73 
 
 		 370 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  52.73 
 
 		 323 aa  331  9e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  51.71 
 
 		 323 aa  331  1e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  51.71 
 
 		 323 aa  331  1e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  51.71 
 
 		 323 aa  331  1e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  51.71 
 
 		 323 aa  331  1e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  51.4 
 
 		 323 aa  330  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  51.71 
 
 		 323 aa  331  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  51.71 
 
 		 323 aa  331  1e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  53.04 
 
 		 323 aa  330  2e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0524  octaprenyl-diphosphate synthase  50.16 
 
 		 331 aa  330  2e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  54.34 
 
 		 323 aa  330  2e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  51.4 
 
 		 323 aa  329  3e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  55.77 
 
 		 322 aa  329  3e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  52.73 
 
 		 323 aa  330  3e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3068  Polyprenyl synthetase  54.98 
 
 		 325 aa  328  7e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  54.29 
 
 		 321 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  50.32 
 
 		 326 aa  327  2.0000000000000001e-88  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  54.98 
 
 		 322 aa  326  3e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  56.41 
 
 		 322 aa  325  5e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0658  polyprenyl synthetase  54.55 
 
 		 341 aa  325  7e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.586121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  53.21 
 
 		 323 aa  325  8.000000000000001e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  53.38 
 
 		 323 aa  324  1e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2658  Polyprenyl synthetase  54.66 
 
 		 325 aa  323  2e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0590185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  52.48 
 
 		 322 aa  323  3e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  54.63 
 
 		 322 aa  323  3e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  54.34 
 
 		 325 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  53.8 
 
 		 334 aa  321  9.999999999999999e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2996  octaprenyl-diphosphate synthase  53.33 
 
 		 340 aa  320  3e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  54.57 
 
 		 330 aa  319  3e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0833  trans-hexaprenyltranstransferase  52.09 
 
 		 322 aa  320  3e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  53.65 
 
 		 334 aa  317  2e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5487  polyprenyl synthetase  56.27 
 
 		 359 aa  313  1.9999999999999998e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.057481  normal  0.26211 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  51.92 
 
 		 313 aa  312  3.9999999999999997e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3107  polyprenyl synthetase  53.38 
 
 		 325 aa  309  5e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  53.04 
 
 		 332 aa  307  1.0000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0492  polyprenyl synthetase family protein  49.38 
 
 		 332 aa  306  3e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000926468  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1687  farnesyl pyrophosphate synthetase  49.38 
 
 		 332 aa  306  4.0000000000000004e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0622197  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2653  polyprenyl synthetase  52.73 
 
 		 330 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00415418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0506  octylprenyl-diphosphate synthase  53.7 
 
 		 330 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.282953  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  56.19 
 
 		 345 aa  302  6.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3450  Polyprenyl synthetase  53.05 
 
 		 330 aa  301  9e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.024256  hitchhiker  0.00543361 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  50.48 
 
 		 341 aa  301  1e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0752  trans-hexaprenyltranstransferase  53.77 
 
 		 327 aa  300  3e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0130726 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2709  hypothetical protein  46.65 
 
 		 322 aa  300  3e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2582  hypothetical protein  46.65 
 
 		 322 aa  299  3e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3524  octaprenyl-diphosphate synthase  52.73 
 
 		 330 aa  299  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.438623  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3527  octaprenyl-diphosphate synthase  52.73 
 
 		 332 aa  298  6e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.491243  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3918  dimethylallyltranstransferase  51.76 
 
 		 342 aa  298  7e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996484 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2524  octaprenyl-diphosphate synthase  52.73 
 
 		 330 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0921642  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>