More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3215 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  95.24 
 
 		 336 aa  655    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  100 
 
 		 336 aa  682    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  88.99 
 
 		 336 aa  614  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  88.39 
 
 		 336 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  87.2 
 
 		 336 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  86.9 
 
 		 336 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  86.01 
 
 		 336 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  76.49 
 
 		 335 aa  526  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4378  Polyprenyl synthetase  73.33 
 
 		 345 aa  508  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2749  polyprenyl synthetase  73.62 
 
 		 345 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0535555  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  74.77 
 
 		 351 aa  501  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1115  Polyprenyl synthetase  73.51 
 
 		 337 aa  500  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  73.35 
 
 		 336 aa  494  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  71.76 
 
 		 340 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  72.06 
 
 		 340 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  73.46 
 
 		 339 aa  479  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  67.39 
 
 		 356 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  67.39 
 
 		 340 aa  447  1e-125  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0523  Polyprenyl synthetase  66.96 
 
 		 338 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.057969  normal  0.393199 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0567  Farnesyltranstransferase  66.96 
 
 		 338 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  66.77 
 
 		 328 aa  440  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  65.18 
 
 		 338 aa  434  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  62.2 
 
 		 338 aa  436  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0943  octaprenyl-diphosphate synthase  67.56 
 
 		 338 aa  436  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.560813  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  64.31 
 
 		 339 aa  427  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  57.01 
 
 		 338 aa  390  1e-107  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  57.59 
 
 		 337 aa  376  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  55.29 
 
 		 360 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  54.63 
 
 		 341 aa  354  1e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  51.65 
 
 		 358 aa  340  2e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  53.89 
 
 		 337 aa  336  2.9999999999999997e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  52.81 
 
 		 333 aa  333  2e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  53.85 
 
 		 334 aa  330  2e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  52.81 
 
 		 333 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  52.5 
 
 		 333 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  54.52 
 
 		 344 aa  328  9e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  52.52 
 
 		 336 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  52.8 
 
 		 335 aa  326  3e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  49.84 
 
 		 333 aa  320  1.9999999999999998e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  52.19 
 
 		 322 aa  314  9.999999999999999e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2184  trans-hexaprenyltranstransferase  53.21 
 
 		 340 aa  313  1.9999999999999998e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  49.53 
 
 		 331 aa  304  1.0000000000000001e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  48.11 
 
 		 322 aa  300  3e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  48.76 
 
 		 345 aa  290  4e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  48.44 
 
 		 322 aa  289  6e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  48.62 
 
 		 330 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  46.75 
 
 		 322 aa  282  7.000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  45.03 
 
 		 323 aa  281  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  44.44 
 
 		 326 aa  276  3e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  45.03 
 
 		 333 aa  276  5e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  48.45 
 
 		 343 aa  275  6e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  49.83 
 
 		 327 aa  275  7e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  45.98 
 
 		 323 aa  275  7e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  46.3 
 
 		 370 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  46.42 
 
 		 323 aa  275  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  46.3 
 
 		 370 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  46.3 
 
 		 370 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  46.3 
 
 		 370 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0833  trans-hexaprenyltranstransferase  48.6 
 
 		 322 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  46.3 
 
 		 370 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  48.73 
 
 		 322 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  47.84 
 
 		 323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  43.75 
 
 		 322 aa  273  3e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  44.76 
 
 		 322 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  46.75 
 
 		 322 aa  272  7e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  44.55 
 
 		 323 aa  272  7e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  44.9 
 
 		 322 aa  271  8.000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  43.77 
 
 		 331 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  44.27 
 
 		 323 aa  271  1e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  43.77 
 
 		 331 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  43.77 
 
 		 331 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  43.12 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  43.77 
 
 		 331 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  45.03 
 
 		 323 aa  270  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  45.66 
 
 		 323 aa  269  5e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  43.79 
 
 		 323 aa  269  5e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  45.82 
 
 		 322 aa  269  5e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  46.5 
 
 		 313 aa  269  5.9999999999999995e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  45.25 
 
 		 322 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  45.34 
 
 		 323 aa  268  7e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  45.34 
 
 		 323 aa  268  7e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  45.34 
 
 		 323 aa  268  7e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  45.34 
 
 		 323 aa  268  7e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  45.34 
 
 		 323 aa  268  7e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  45.34 
 
 		 323 aa  268  7e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  45.34 
 
 		 323 aa  268  7e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  43.71 
 
 		 322 aa  268  8.999999999999999e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  44.58 
 
 		 321 aa  268  1e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  44.41 
 
 		 323 aa  268  1e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  44.48 
 
 		 322 aa  268  1e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  44.89 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  44.97 
 
 		 348 aa  267  2e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  43.93 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  44.94 
 
 		 322 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  43.93 
 
 		 323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  43.61 
 
 		 323 aa  265  5.999999999999999e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2709  hypothetical protein  44.27 
 
 		 322 aa  265  7e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  45.03 
 
 		 332 aa  265  1e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  43.61 
 
 		 323 aa  264  2e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0840  trans-hexaprenyltranstransferase  45.95 
 
 		 327 aa  264  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.24671  normal  0.90387 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>