More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4378 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4378  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 345 aa  695    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2749  polyprenyl synthetase  95.36 
 
 		 345 aa  672    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0535555  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  80.87 
 
 		 351 aa  558  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  80.87 
 
 		 340 aa  546  1e-154  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  80.58 
 
 		 340 aa  545  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  76.23 
 
 		 335 aa  526  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  78.01 
 
 		 339 aa  527  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1115  Polyprenyl synthetase  76.45 
 
 		 337 aa  523  1e-147  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  75.36 
 
 		 336 aa  520  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  74.49 
 
 		 336 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  75.07 
 
 		 336 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  74.49 
 
 		 336 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  74.78 
 
 		 336 aa  512  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  73.33 
 
 		 336 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  74.64 
 
 		 336 aa  512  1e-144  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  73.33 
 
 		 336 aa  508  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  67.06 
 
 		 356 aa  460  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  67.15 
 
 		 340 aa  454  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  65.31 
 
 		 338 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  67.78 
 
 		 328 aa  444  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  67.06 
 
 		 338 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  67.35 
 
 		 339 aa  443  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0567  Farnesyltranstransferase  67.35 
 
 		 338 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0523  Polyprenyl synthetase  67.06 
 
 		 338 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.057969  normal  0.393199 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0943  octaprenyl-diphosphate synthase  66.47 
 
 		 338 aa  436  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.560813  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  55.49 
 
 		 338 aa  378  1e-104  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  57.43 
 
 		 360 aa  363  3e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  56.71 
 
 		 337 aa  358  6e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  51.4 
 
 		 358 aa  342  4e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  53.78 
 
 		 344 aa  338  9e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  55.42 
 
 		 341 aa  338  9e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  54.71 
 
 		 337 aa  337  1.9999999999999998e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  52.37 
 
 		 333 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  52.07 
 
 		 333 aa  330  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  51.78 
 
 		 333 aa  328  9e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  51.39 
 
 		 331 aa  318  6e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  52.15 
 
 		 335 aa  315  9e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  50.3 
 
 		 333 aa  313  1.9999999999999998e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  49.85 
 
 		 336 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  52.28 
 
 		 322 aa  306  3e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2184  trans-hexaprenyltranstransferase  51.04 
 
 		 340 aa  306  3e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  49.2 
 
 		 322 aa  305  1.0000000000000001e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  56.27 
 
 		 334 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  50.32 
 
 		 330 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  43.6 
 
 		 326 aa  278  8e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  48.06 
 
 		 327 aa  273  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  44.41 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  45.4 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  42.38 
 
 		 322 aa  268  8.999999999999999e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  43.56 
 
 		 320 aa  268  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  48.04 
 
 		 313 aa  266  4e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  44.34 
 
 		 321 aa  265  5.999999999999999e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  44.21 
 
 		 323 aa  265  8e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  45.31 
 
 		 345 aa  265  1e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  43.21 
 
 		 323 aa  263  4e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5487  polyprenyl synthetase  47.9 
 
 		 359 aa  262  6.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.057481  normal  0.26211 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  42.72 
 
 		 348 aa  262  8e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  44.95 
 
 		 322 aa  261  8.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  41.67 
 
 		 322 aa  261  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  42.94 
 
 		 323 aa  260  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  44.87 
 
 		 322 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3450  Polyprenyl synthetase  44.21 
 
 		 330 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.024256  hitchhiker  0.00543361 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  45.05 
 
 		 322 aa  260  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2582  hypothetical protein  43.93 
 
 		 322 aa  259  4e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  45.86 
 
 		 322 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  45.19 
 
 		 322 aa  259  4e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0506  octylprenyl-diphosphate synthase  44.21 
 
 		 330 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.282953  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  45.54 
 
 		 322 aa  258  9e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  43.16 
 
 		 370 aa  258  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  43.16 
 
 		 370 aa  258  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  43.16 
 
 		 370 aa  258  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  43.16 
 
 		 370 aa  258  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  43.16 
 
 		 370 aa  258  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  44.48 
 
 		 323 aa  258  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  42.99 
 
 		 331 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  44.67 
 
 		 343 aa  258  1e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  42.99 
 
 		 331 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  41.05 
 
 		 322 aa  258  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  45.54 
 
 		 322 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  42.99 
 
 		 331 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  45.83 
 
 		 322 aa  257  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2709  hypothetical protein  43.75 
 
 		 322 aa  257  2e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0658  polyprenyl synthetase  44.55 
 
 		 341 aa  257  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.586121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  41.61 
 
 		 323 aa  258  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  39.81 
 
 		 322 aa  257  2e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  45.12 
 
 		 323 aa  257  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  42.99 
 
 		 331 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  41.46 
 
 		 323 aa  257  3e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  40.74 
 
 		 323 aa  256  4e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  44.59 
 
 		 322 aa  256  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  42.25 
 
 		 323 aa  256  4e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2653  polyprenyl synthetase  43.62 
 
 		 330 aa  256  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00415418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  42.2 
 
 		 323 aa  255  8e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3107  polyprenyl synthetase  44.98 
 
 		 325 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  43.24 
 
 		 322 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  45.65 
 
 		 323 aa  254  2.0000000000000002e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  43.16 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  44.89 
 
 		 322 aa  253  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  43.16 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  43.16 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>