More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1235 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1235  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 330 aa  652    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0383  Polyprenyl synthetase  39.81 
 
 		 337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.955565  normal  0.0650374 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0416  Polyprenyl synthetase  39.73 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0642376 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  40.8 
 
 		 324 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  37.05 
 
 		 332 aa  223  4.9999999999999996e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  41.64 
 
 		 323 aa  220  3e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0315  Polyprenyl synthetase  37.34 
 
 		 332 aa  217  2e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  40 
 
 		 321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1765  geranyltranstransferase  37.39 
 
 		 330 aa  215  8e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.281488 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  37.89 
 
 		 324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  36.42 
 
 		 325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  38.38 
 
 		 324 aa  213  3.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  38.38 
 
 		 337 aa  211  2e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  36.62 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  39.2 
 
 		 327 aa  204  1e-51  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  38.67 
 
 		 322 aa  199  7e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  36.54 
 
 		 331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  34.16 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  42.73 
 
 		 322 aa  193  4e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2166  trans-hexaprenyltranstransferase  35.49 
 
 		 320 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2209  farnesyltranstransferase  37.12 
 
 		 325 aa  189  5.999999999999999e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1816  geranyltranstransferase  40.36 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.204305  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  35.58 
 
 		 327 aa  185  9e-46  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  38.89 
 
 		 325 aa  185  1.0000000000000001e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0685  GCN5-related N-acetyltransferase  40.53 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.27357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  37.65 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  39.07 
 
 		 320 aa  181  2e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2048  Polyprenyl synthetase  35.35 
 
 		 348 aa  179  7e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.225827  normal  0.179552 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  35.55 
 
 		 323 aa  179  8e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  36.21 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  36.18 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2027  trans-hexaprenyltranstransferase  34.21 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2608  Polyprenyl synthetase  37.71 
 
 		 344 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.879675  normal  0.754762 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  35.37 
 
 		 333 aa  172  9e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  35.37 
 
 		 333 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  33.02 
 
 		 317 aa  172  1e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0443  Dimethylallyltranstransferase  35.36 
 
 		 349 aa  171  1e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.843643  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2538  Dimethylallyltranstransferase  36.23 
 
 		 349 aa  171  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  32.4 
 
 		 317 aa  171  2e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1248  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.11 
 
 		 323 aa  170  3e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  29.81 
 
 		 326 aa  170  3e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1756  trans-hexaprenyltranstransferase  35.84 
 
 		 344 aa  170  3e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.726809  normal  0.071428 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  36.21 
 
 		 333 aa  169  8e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1574  octaprenyl-diphosphate synthase  35.49 
 
 		 349 aa  168  1e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.836554 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  32.71 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  32.71 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  38.04 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3361  Polyprenyl synthetase  34.27 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00532412  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  34.32 
 
 		 335 aa  166  6.9999999999999995e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  34.41 
 
 		 333 aa  165  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  32.87 
 
 		 322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1038  polyprenyl synthetase  27.67 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1527  polyprenyl synthetase  28.66 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.261183  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1557  polyprenyl synthetase  28.66 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1188  Polyprenyl synthetase  33.99 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000116702  normal  0.535135 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1586  trans-hexaprenyltranstransferase  35.17 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3230  polyprenyl synthetase  37.59 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00305524  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0963  polyprenyl synthetase  32.76 
 
 		 324 aa  164  3e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.728777  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1350  trans-hexaprenyltranstransferase  33.76 
 
 		 318 aa  163  3e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0672  polyprenyl synthetase  30 
 
 		 322 aa  164  3e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.188154  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23090  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40.35 
 
 		 335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.55516  normal  0.173246 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1219  trans-hexaprenyltranstransferase  33.22 
 
 		 324 aa  162  7e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.581853 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2149  heptaprenyl diphosphate synthase component II  33.99 
 
 		 320 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000900813  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  33.68 
 
 		 322 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13433  multi-functional geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA1: dimethylallyltransferase + geranyltranstransferase + farnesyltranstransferase  35.82 
 
 		 359 aa  161  1e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  34.3 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5018  Polyprenyl synthetase  40 
 
 		 346 aa  160  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61988  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  32.99 
 
 		 322 aa  159  5e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2049  Polyprenyl synthetase  34.49 
 
 		 346 aa  159  6e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.000493992  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  32.53 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  40.4 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03300  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.86 
 
 		 337 aa  158  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  38.7 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2704  farnesyl-diphosphate synthase  37.1 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000153186  normal  0.671867 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0988  trans-hexaprenyltranstransferase  32.99 
 
 		 324 aa  156  4e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.955039  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0281  trans-hexaprenyltranstransferase  37.21 
 
 		 349 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17563  predicted protein  34.93 
 
 		 312 aa  156  6e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0164113  normal  0.0513256 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  34.11 
 
 		 340 aa  155  7e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  33.77 
 
 		 340 aa  155  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0822  polyprenyl synthetase  46.57 
 
 		 338 aa  155  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.116715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  35.34 
 
 		 322 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2755  farnesyl-diphosphate synthase  40.4 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  35.07 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1534  Polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 324 aa  153  4e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2412  Dimethylallyltranstransferase  34.67 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00033108 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0890  polyprenyl synthetase  34.46 
 
 		 309 aa  153  5e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0253423 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7621  farnesyl-diphosphate synthase  41.08 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0290776  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  32.18 
 
 		 331 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  38.8 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1103  Polyprenyl synthetase  30.09 
 
 		 324 aa  152  7e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.789784  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  32.18 
 
 		 331 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  37.74 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  32.18 
 
 		 331 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  37.74 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  38.4 
 
 		 299 aa  152  8e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5714  polyprenyl synthetase  39.67 
 
 		 338 aa  152  8e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0414957  normal  0.844261 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1016  Polyprenyl synthetase  34.93 
 
 		 332 aa  152  8e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00162211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  31.83 
 
 		 323 aa  152  8e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  32.18 
 
 		 331 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>