More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3558 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 324 aa  660    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  67.08 
 
 		 323 aa  449  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  53.7 
 
 		 325 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  49 
 
 		 324 aa  303  3.0000000000000004e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  50.77 
 
 		 322 aa  302  6.000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  48.16 
 
 		 324 aa  288  7e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  48.33 
 
 		 321 aa  281  1e-74  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  47.67 
 
 		 325 aa  276  3e-73  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  41.67 
 
 		 323 aa  248  8e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1765  geranyltranstransferase  41.67 
 
 		 330 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.281488 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  44.23 
 
 		 332 aa  222  6e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  41.28 
 
 		 337 aa  217  2e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0383  Polyprenyl synthetase  41.22 
 
 		 337 aa  215  7e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.955565  normal  0.0650374 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0315  Polyprenyl synthetase  40.35 
 
 		 332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0416  Polyprenyl synthetase  41.18 
 
 		 332 aa  212  7e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0642376 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  44.31 
 
 		 327 aa  209  4e-53  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  38.36 
 
 		 321 aa  205  8e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  42.53 
 
 		 331 aa  204  1e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1235  Polyprenyl synthetase  40.86 
 
 		 330 aa  195  7e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  36.39 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  37.13 
 
 		 322 aa  192  7e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2209  farnesyltranstransferase  43.97 
 
 		 325 aa  190  4e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  42.62 
 
 		 332 aa  186  4e-46  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1816  geranyltranstransferase  41.32 
 
 		 321 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.204305  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  41.08 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  35.71 
 
 		 320 aa  179  7e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  38.19 
 
 		 317 aa  179  7e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2048  Polyprenyl synthetase  33.44 
 
 		 348 aa  178  1e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.225827  normal  0.179552 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  37.4 
 
 		 317 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  37.01 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  37.4 
 
 		 317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2608  Polyprenyl synthetase  35.61 
 
 		 344 aa  172  7.999999999999999e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.879675  normal  0.754762 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  33.91 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  34.26 
 
 		 338 aa  169  7e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  32.9 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2538  Dimethylallyltranstransferase  37.69 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  36.4 
 
 		 320 aa  162  1e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  36.63 
 
 		 336 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0685  GCN5-related N-acetyltransferase  36.22 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.27357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  34.09 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1465  Polyprenyl synthetase  32.06 
 
 		 345 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2049  Polyprenyl synthetase  35 
 
 		 346 aa  156  5.0000000000000005e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.000493992  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1604  Polyprenyl synthetase  31.63 
 
 		 343 aa  155  8e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.643499 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0443  Dimethylallyltranstransferase  33.96 
 
 		 349 aa  151  2e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.843643  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  35.93 
 
 		 334 aa  150  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0181  polyprenyl synthetase  35 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.375352 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  35.93 
 
 		 333 aa  149  6e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  32.99 
 
 		 356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13433  multi-functional geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA1: dimethylallyltransferase + geranyltranstransferase + farnesyltranstransferase  34.1 
 
 		 359 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  34.71 
 
 		 333 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  29.65 
 
 		 322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  34.3 
 
 		 333 aa  146  5e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  34.3 
 
 		 333 aa  146  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  30.48 
 
 		 322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1206  polyprenyl synthetase  37.92 
 
 		 334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.513986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  32.31 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0150  polyprenyl synthetase  33.65 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  33.21 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4493  polyprenyl synthetase  34.02 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000291603  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  31.77 
 
 		 322 aa  144  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  34.69 
 
 		 322 aa  143  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1756  trans-hexaprenyltranstransferase  32.87 
 
 		 344 aa  142  9e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.726809  normal  0.071428 
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  32.31 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  31.44 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  31.51 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0553  Polyprenyl synthetase  38.5 
 
 		 336 aa  141  9.999999999999999e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.926134 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6906  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase-like protein  35.61 
 
 		 346 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  31.33 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  34.51 
 
 		 296 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  34.31 
 
 		 322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  32.2 
 
 		 325 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3230  polyprenyl synthetase  35.42 
 
 		 327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00305524  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  31.44 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  32.26 
 
 		 364 aa  140  3e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  30 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  30.5 
 
 		 322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1188  Polyprenyl synthetase  36.74 
 
 		 324 aa  139  6e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000116702  normal  0.535135 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  31.35 
 
 		 322 aa  139  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  32.56 
 
 		 340 aa  139  7e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  32.09 
 
 		 338 aa  139  7e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  34.56 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  30 
 
 		 322 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0165  polyprenyl synthetase  35.42 
 
 		 334 aa  139  8.999999999999999e-32  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  32.56 
 
 		 340 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5018  Polyprenyl synthetase  31.87 
 
 		 346 aa  139  8.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61988  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2996  octaprenyl-diphosphate synthase  32.38 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  30 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2704  farnesyl-diphosphate synthase  35.59 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000153186  normal  0.671867 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  34.31 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  30 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  31.15 
 
 		 338 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  35.75 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1262  Trans-hexaprenyltranstransferase  32.13 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  34.58 
 
 		 322 aa  138  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  34.93 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  33.67 
 
 		 326 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  29.31 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0552  polyprenyl synthetase  37.89 
 
 		 338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0863635 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13417  polyprenyl synthetase idsB  33.1 
 
 		 350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  32.22 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>