More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0690 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0690  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 368 aa  754    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  47.22 
 
 		 360 aa  325  6e-88  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  33.85 
 
 		 365 aa  151  1e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  29.47 
 
 		 368 aa  145  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  30.79 
 
 		 361 aa  136  7.000000000000001e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  32.28 
 
 		 377 aa  135  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  30.37 
 
 		 359 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  28.41 
 
 		 377 aa  129  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  29.05 
 
 		 359 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2061  Polyprenyl synthetase  29.21 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0993933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  32.99 
 
 		 331 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  32.99 
 
 		 331 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  32.99 
 
 		 331 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  28.98 
 
 		 360 aa  126  5e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  30.38 
 
 		 359 aa  126  6e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  30.38 
 
 		 359 aa  126  6e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  30.38 
 
 		 359 aa  126  6e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  26.81 
 
 		 350 aa  126  7e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  30.67 
 
 		 353 aa  125  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  31.23 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  27.3 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  32.99 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  27.86 
 
 		 369 aa  124  4e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  32.99 
 
 		 364 aa  123  4e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  28.7 
 
 		 365 aa  122  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  31.01 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0524  octaprenyl-diphosphate synthase  30.87 
 
 		 331 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  29.82 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1363  polyprenyl synthetase  30.6 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.36149  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  30.23 
 
 		 364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  29.61 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  33.67 
 
 		 362 aa  120  4.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  31.97 
 
 		 356 aa  119  6e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0011  Polyprenyl synthetase  34.01 
 
 		 336 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  27.43 
 
 		 376 aa  119  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3739  trans-hexaprenyltranstransferase  32.76 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000225438  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  30.67 
 
 		 360 aa  118  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  30.17 
 
 		 364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  28.97 
 
 		 358 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  31.11 
 
 		 352 aa  117  3e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  29.53 
 
 		 321 aa  117  3.9999999999999997e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  28 
 
 		 356 aa  117  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  29.04 
 
 		 358 aa  116  5e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  31.23 
 
 		 323 aa  116  6e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  30.87 
 
 		 323 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  30.1 
 
 		 360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  26.25 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  31.5 
 
 		 323 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  27.89 
 
 		 375 aa  114  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  28.77 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  31 
 
 		 330 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  32.47 
 
 		 327 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  30.56 
 
 		 325 aa  112  8.000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  30.62 
 
 		 362 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2252  polyprenyl synthetase  28.95 
 
 		 418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.359432  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2291  polyprenyl synthetase  29.15 
 
 		 418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  31.27 
 
 		 333 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2299  polyprenyl synthetase  28.95 
 
 		 418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  27.65 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  29.84 
 
 		 361 aa  111  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  30.23 
 
 		 323 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  31.42 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0978  trans-hexaprenyltranstransferase  30.61 
 
 		 331 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234439  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  30.23 
 
 		 382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  29.9 
 
 		 345 aa  110  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  29.94 
 
 		 377 aa  109  7.000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  28.39 
 
 		 362 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  30.58 
 
 		 358 aa  109  7.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1618  polyprenyl synthetase  34.98 
 
 		 329 aa  109  9.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.399283 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2351  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 386 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.777136 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  27.97 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  28.39 
 
 		 367 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2312  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 386 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  30.07 
 
 		 322 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2359  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 386 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.852076  normal  0.554984 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  31.94 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0685  GCN5-related N-acetyltransferase  29.29 
 
 		 322 aa  107  4e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.27357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0496  dimethylallyltransferase  27.5 
 
 		 575 aa  107  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.432422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  29.19 
 
 		 347 aa  106  6e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  28.85 
 
 		 317 aa  106  7e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2582  hypothetical protein  34.71 
 
 		 322 aa  106  8e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  28.62 
 
 		 349 aa  105  9e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  27.31 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3653  octaprenyl-diphosphate synthase  30.61 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  29.37 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  31.87 
 
 		 634 aa  105  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0016  Polyprenyl synthetase  32.51 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3126  trans-hexaprenyltranstransferase  30.61 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000273118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3220  polyprenyl synthetase  30.54 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000594957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  27.57 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  28.82 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  30.67 
 
 		 350 aa  105  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  32.76 
 
 		 380 aa  105  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1756  trans-hexaprenyltranstransferase  29.7 
 
 		 344 aa  104  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.726809  normal  0.071428 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0894  trans-hexaprenyltranstransferase  30.2 
 
 		 331 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000238398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  29.54 
 
 		 322 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  31.77 
 
 		 327 aa  104  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  29.43 
 
 		 336 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2027  trans-hexaprenyltranstransferase  28.53 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2709  hypothetical protein  34.36 
 
 		 322 aa  103  4e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>