More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_04470 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  100 
 
 		 382 aa  726    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  47.81 
 
 		 361 aa  261  1e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315144  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0342  Polyprenyl synthetase  42.07 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.249196 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0970  Polyprenyl synthetase  44.07 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0268682 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  39.64 
 
 		 358 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  36.54 
 
 		 362 aa  133  6e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  37.28 
 
 		 353 aa  130  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  41.99 
 
 		 361 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  35.28 
 
 		 368 aa  129  9.000000000000001e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  34.9 
 
 		 358 aa  129  9.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  40.39 
 
 		 365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21240  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  46.8 
 
 		 358 aa  127  2.0000000000000002e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  32.95 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  37.97 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  34.07 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1363  polyprenyl synthetase  27.9 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.36149  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  36.73 
 
 		 359 aa  125  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  28.62 
 
 		 350 aa  123  6e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  38.6 
 
 		 362 aa  120  3e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  36.01 
 
 		 365 aa  120  3.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  39.57 
 
 		 356 aa  119  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  39.83 
 
 		 361 aa  116  6e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  41.74 
 
 		 377 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  37.86 
 
 		 376 aa  116  7.999999999999999e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  40.5 
 
 		 362 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.17 
 
 		 360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  34.78 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  34.78 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  30.04 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  34.78 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  34.18 
 
 		 1155 aa  114  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  38.69 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  36.57 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  32.02 
 
 		 355 aa  112  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  36.84 
 
 		 375 aa  110  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  36.33 
 
 		 347 aa  110  4.0000000000000004e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  44.16 
 
 		 380 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5453  polyprenyl synthetase  34.26 
 
 		 374 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5074  polyprenyl synthetase  34.26 
 
 		 374 aa  110  6e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5162  polyprenyl synthetase  34.26 
 
 		 374 aa  110  6e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18985  normal  0.559036 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  29.43 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  38.19 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40 
 
 		 373 aa  108  2e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  26.47 
 
 		 341 aa  108  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3312  Polyprenyl synthetase  33.94 
 
 		 347 aa  106  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  39.39 
 
 		 360 aa  106  8e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  32.51 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  36.54 
 
 		 634 aa  105  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  31.51 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  37.7 
 
 		 377 aa  104  3e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2061  Polyprenyl synthetase  39.18 
 
 		 372 aa  103  4e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0993933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  31.6 
 
 		 364 aa  103  7e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  34.01 
 
 		 350 aa  102  9e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  28.57 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2351  polyprenyl synthetase  33.94 
 
 		 386 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.777136 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  33.12 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  40.26 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  37.29 
 
 		 384 aa  101  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2312  polyprenyl synthetase  33.94 
 
 		 386 aa  100  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0606  geranyltranstransferase  29.38 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2359  polyprenyl synthetase  33.94 
 
 		 386 aa  100  3e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.852076  normal  0.554984 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03940  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  31.47 
 
 		 354 aa  100  4e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.530934 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  33.7 
 
 		 352 aa  100  4e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  35.27 
 
 		 364 aa  99.4  8e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0690  polyprenyl synthetase  29.33 
 
 		 368 aa  99.4  9e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  38.53 
 
 		 360 aa  98.6  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  32.4 
 
 		 338 aa  98.6  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  35.95 
 
 		 384 aa  97.1  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2027  trans-hexaprenyltranstransferase  32.02 
 
 		 331 aa  97.1  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0409  Polyprenyl synthetase  27.82 
 
 		 317 aa  96.3  7e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000164225  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  29.02 
 
 		 326 aa  95.9  1e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  31.3 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  34.62 
 
 		 364 aa  94.7  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  32.17 
 
 		 323 aa  94.7  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  36.29 
 
 		 377 aa  94.4  3e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  30.9 
 
 		 322 aa  94.7  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  36.8 
 
 		 385 aa  94  4e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  29.61 
 
 		 324 aa  93.6  5e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2412  Dimethylallyltranstransferase  32.82 
 
 		 322 aa  93.6  5e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00033108 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1604  Polyprenyl synthetase  33.11 
 
 		 343 aa  93.2  7e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.643499 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  29.03 
 
 		 323 aa  92  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  29.55 
 
 		 320 aa  92.4  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5713  Geranyltranstransferase  35.4 
 
 		 355 aa  92  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  25.81 
 
 		 325 aa  92.4  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  32.33 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  28.78 
 
 		 322 aa  91.7  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1618  polyprenyl synthetase  35.32 
 
 		 329 aa  92  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.399283 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  31.87 
 
 		 323 aa  91.7  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  28.42 
 
 		 370 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  28.42 
 
 		 370 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  28.42 
 
 		 370 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  28.42 
 
 		 370 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5018  Polyprenyl synthetase  31.73 
 
 		 346 aa  91.3  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61988  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  28.42 
 
 		 370 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0637  polyprenyl synthetase  27.88 
 
 		 340 aa  90.9  4e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  32.35 
 
 		 322 aa  90.9  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  35.24 
 
 		 296 aa  90.5  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  30.82 
 
 		 325 aa  90.1  5e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  32.84 
 
 		 327 aa  90.1  5e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1275  Polyprenyl synthetase  26.72 
 
 		 343 aa  90.1  6e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.360405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>