More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0345 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 347 aa  704    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  52.43 
 
 		 349 aa  308  9e-83  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  50.81 
 
 		 364 aa  301  9e-81  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03940  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  48.99 
 
 		 354 aa  300  2e-80  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.530934 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2351  polyprenyl synthetase  36.89 
 
 		 386 aa  153  5e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.777136 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2312  polyprenyl synthetase  36.89 
 
 		 386 aa  152  7e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2359  polyprenyl synthetase  36.89 
 
 		 386 aa  152  7e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.852076  normal  0.554984 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  31.21 
 
 		 350 aa  149  6e-35  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0011  Polyprenyl synthetase  38.05 
 
 		 336 aa  149  8e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0016  Polyprenyl synthetase  33 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  34.12 
 
 		 338 aa  143  6e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  31.79 
 
 		 322 aa  142  7e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  36.6 
 
 		 338 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  34.5 
 
 		 320 aa  139  4.999999999999999e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  38.6 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1618  polyprenyl synthetase  40.36 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.399283 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  35.34 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  38.49 
 
 		 320 aa  136  5e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  30.36 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  31.92 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  29.94 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  29.48 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  30.15 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  31.68 
 
 		 327 aa  134  3e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  30.29 
 
 		 324 aa  132  7.999999999999999e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  30.57 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  33.74 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  30.36 
 
 		 322 aa  129  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  30.23 
 
 		 326 aa  129  8.000000000000001e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  32.53 
 
 		 332 aa  129  9.000000000000001e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  30.46 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  30.25 
 
 		 317 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1816  geranyltranstransferase  31.83 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.204305  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3242  Polyprenyl synthetase  29.97 
 
 		 354 aa  128  2.0000000000000002e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.650754  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  30 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  33.44 
 
 		 368 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  28.71 
 
 		 321 aa  128  2.0000000000000002e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  29.29 
 
 		 323 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0524  octaprenyl-diphosphate synthase  32.11 
 
 		 331 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  30.32 
 
 		 317 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  29.29 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  29.29 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  29.29 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  29.29 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  33.33 
 
 		 360 aa  127  3e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  29.29 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  29.29 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  29.29 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  30.43 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  38.28 
 
 		 296 aa  126  6e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0150  polyprenyl synthetase  34.19 
 
 		 334 aa  126  7e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1206  polyprenyl synthetase  33.44 
 
 		 334 aa  125  8.000000000000001e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.513986  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  31.97 
 
 		 327 aa  125  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  31.51 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  31.51 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  31.51 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  28.96 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2209  farnesyltranstransferase  30.87 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  29.39 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  29.39 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  31.91 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  29.39 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  29.39 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  31.51 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  29.39 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1604  Polyprenyl synthetase  36.71 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.643499 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0606  geranyltranstransferase  33.22 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0315  Polyprenyl synthetase  31.09 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  33.46 
 
 		 295 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  31.08 
 
 		 328 aa  123  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  31.27 
 
 		 323 aa  122  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  33.46 
 
 		 295 aa  122  8e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  32.2 
 
 		 361 aa  122  9e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  31.31 
 
 		 343 aa  121  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  30.82 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  31.69 
 
 		 325 aa  122  9.999999999999999e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0165  polyprenyl synthetase  35.48 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  31.42 
 
 		 356 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  31.85 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  35.68 
 
 		 356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  31.89 
 
 		 336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3653  octaprenyl-diphosphate synthase  31.85 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  29.81 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  31.56 
 
 		 336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  33.33 
 
 		 336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  31.16 
 
 		 294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13433  multi-functional geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA1: dimethylallyltransferase + geranyltranstransferase + farnesyltranstransferase  32.77 
 
 		 359 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2048  Polyprenyl synthetase  33.54 
 
 		 348 aa  120  4.9999999999999996e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.225827  normal  0.179552 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  30.41 
 
 		 338 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  35.56 
 
 		 332 aa  119  7e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  30.74 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  32.6 
 
 		 294 aa  119  9e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1219  trans-hexaprenyltranstransferase  28.87 
 
 		 324 aa  119  9e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.581853 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  30.3 
 
 		 336 aa  119  9e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  28.92 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1765  geranyltranstransferase  30.41 
 
 		 330 aa  118  9.999999999999999e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.281488 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  31.37 
 
 		 323 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0894  trans-hexaprenyltranstransferase  31.51 
 
 		 331 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000238398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23090  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35 
 
 		 335 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.55516  normal  0.173246 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  31.92 
 
 		 322 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>