More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_23090 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_23090  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  100 
 
 		 335 aa  669    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.55516  normal  0.173246 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5714  polyprenyl synthetase  55.62 
 
 		 338 aa  320  9.999999999999999e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0414957  normal  0.844261 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0822  polyprenyl synthetase  55.03 
 
 		 338 aa  308  5.9999999999999995e-83  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.116715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0763  Polyprenyl synthetase  49.39 
 
 		 346 aa  296  2e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5018  Polyprenyl synthetase  53.25 
 
 		 346 aa  295  5e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61988  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13433  multi-functional geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA1: dimethylallyltransferase + geranyltranstransferase + farnesyltranstransferase  48.62 
 
 		 359 aa  293  2e-78  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6906  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase-like protein  51.38 
 
 		 346 aa  286  2.9999999999999996e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1696  polyprenyl synthetase  52.85 
 
 		 339 aa  271  2e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000054414 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6665  Polyprenyl synthetase  51.94 
 
 		 338 aa  254  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.482525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1997  Polyprenyl synthetase  51.01 
 
 		 368 aa  252  5.000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0211657  normal  0.0925303 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4971  Polyprenyl synthetase  49.24 
 
 		 346 aa  245  9e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.33321  normal  0.322871 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3714  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase-like protein  46.08 
 
 		 350 aa  233  3e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000327917  normal  0.60035 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5921  Polyprenyl synthetase  47.8 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.214743  normal  0.354023 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  42.42 
 
 		 338 aa  204  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13417  polyprenyl synthetase idsB  40.68 
 
 		 350 aa  202  5e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  40.4 
 
 		 338 aa  199  7.999999999999999e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1604  Polyprenyl synthetase  40.45 
 
 		 343 aa  197  3e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.643499 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  36.68 
 
 		 326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  37.8 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4493  polyprenyl synthetase  37.46 
 
 		 339 aa  172  6.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000291603  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  32.1 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  35.86 
 
 		 322 aa  166  5e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  34.88 
 
 		 322 aa  165  8e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1275  Polyprenyl synthetase  32.26 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.360405  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1465  Polyprenyl synthetase  36.14 
 
 		 345 aa  162  6e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  33.81 
 
 		 324 aa  161  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  36.52 
 
 		 327 aa  159  5e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  31.99 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  32.52 
 
 		 324 aa  156  6e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0685  GCN5-related N-acetyltransferase  36.33 
 
 		 322 aa  155  1e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.27357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  35.76 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  36 
 
 		 327 aa  154  2.9999999999999998e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1816  geranyltranstransferase  35.67 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.204305  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  34.56 
 
 		 320 aa  152  7e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3361  Polyprenyl synthetase  36.3 
 
 		 322 aa  152  8e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00532412  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2209  farnesyltranstransferase  34.84 
 
 		 325 aa  150  2e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  34.48 
 
 		 323 aa  150  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  37.55 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0409  Polyprenyl synthetase  30.72 
 
 		 317 aa  149  6e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000164225  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  32.75 
 
 		 320 aa  149  7e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  31.83 
 
 		 323 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1586  trans-hexaprenyltranstransferase  35.4 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1235  Polyprenyl synthetase  45.12 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  31.36 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  32.33 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  34.26 
 
 		 322 aa  146  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2027  trans-hexaprenyltranstransferase  34.23 
 
 		 331 aa  146  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  34.35 
 
 		 322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  33.1 
 
 		 324 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.33 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  35.42 
 
 		 325 aa  143  3e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  31.71 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  33.45 
 
 		 323 aa  143  5e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  31.01 
 
 		 317 aa  142  8e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  29.97 
 
 		 317 aa  142  9e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  38.31 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1025  polyprenyl synthetase  43.32 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  39.39 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0149  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.1 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  34.52 
 
 		 336 aa  140  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  40.19 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  32.31 
 
 		 322 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  35.56 
 
 		 336 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  40.62 
 
 		 322 aa  139  7.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  40.19 
 
 		 299 aa  139  8.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0250  Polyprenyl synthetase  38.29 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2412  Dimethylallyltranstransferase  33.44 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00033108 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  31.76 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2048  Polyprenyl synthetase  34.29 
 
 		 348 aa  137  2e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.225827  normal  0.179552 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  31.76 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  31.1 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  32.05 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  40.65 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1692  Trans-hexaprenyltranstransferase  34.35 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  37.07 
 
 		 325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  31.76 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  32.05 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  33.12 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  31.76 
 
 		 322 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  33 
 
 		 322 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  33.79 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  31.86 
 
 		 323 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  35.21 
 
 		 336 aa  135  7.000000000000001e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  38.46 
 
 		 325 aa  135  9e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  34.53 
 
 		 330 aa  135  9e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  31.74 
 
 		 370 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1264  Polyprenyl synthetase  40.38 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1004  Polyprenyl synthetase  37.18 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000588963  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  31.74 
 
 		 370 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  31.74 
 
 		 370 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  35.17 
 
 		 336 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  31.86 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  31.74 
 
 		 370 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  31.74 
 
 		 370 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  34.75 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  30.15 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  30.15 
 
 		 331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  30.56 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  34.9 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  34.88 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>