More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0822 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0822  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 338 aa  659    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.116715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5714  polyprenyl synthetase  86.98 
 
 		 338 aa  553  1e-156  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0414957  normal  0.844261 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23090  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  55.03 
 
 		 335 aa  316  4e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.55516  normal  0.173246 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5018  Polyprenyl synthetase  50.9 
 
 		 346 aa  305  1.0000000000000001e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61988  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13433  multi-functional geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA1: dimethylallyltransferase + geranyltranstransferase + farnesyltranstransferase  48.31 
 
 		 359 aa  298  9e-80  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6906  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase-like protein  53.66 
 
 		 346 aa  288  9e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0763  Polyprenyl synthetase  48.66 
 
 		 346 aa  286  2.9999999999999996e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1696  polyprenyl synthetase  54.97 
 
 		 339 aa  278  1e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000054414 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6665  Polyprenyl synthetase  54.79 
 
 		 338 aa  266  4e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.482525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3714  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase-like protein  49.56 
 
 		 350 aa  263  3e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000327917  normal  0.60035 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4971  Polyprenyl synthetase  48.36 
 
 		 346 aa  256  4e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.33321  normal  0.322871 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5921  Polyprenyl synthetase  48.06 
 
 		 340 aa  240  2.9999999999999997e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.214743  normal  0.354023 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1997  Polyprenyl synthetase  45.51 
 
 		 368 aa  236  4e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0211657  normal  0.0925303 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13417  polyprenyl synthetase idsB  39.58 
 
 		 350 aa  213  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  33.85 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  37.32 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  42.19 
 
 		 338 aa  176  5e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  41.11 
 
 		 338 aa  175  9.999999999999999e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  39.57 
 
 		 327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1275  Polyprenyl synthetase  37.02 
 
 		 343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.360405  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1604  Polyprenyl synthetase  39.53 
 
 		 343 aa  173  5e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.643499 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  37.46 
 
 		 326 aa  172  9e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1465  Polyprenyl synthetase  37.79 
 
 		 345 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1235  Polyprenyl synthetase  47.12 
 
 		 330 aa  152  7e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  35.15 
 
 		 322 aa  152  7e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  41.7 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  31.58 
 
 		 324 aa  152  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  34.36 
 
 		 317 aa  151  2e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  32.99 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  34.36 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1816  geranyltranstransferase  40.09 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.204305  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  36.19 
 
 		 327 aa  149  6e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  33.9 
 
 		 320 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0776  farnesyl-diphosphate synthase  43.95 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  36.36 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4493  polyprenyl synthetase  35.67 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000291603  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  30.22 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  34.67 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  41.52 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  34.75 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  32.3 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2209  farnesyltranstransferase  37.5 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  40.95 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  42.67 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1025  polyprenyl synthetase  43.78 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2074  geranyltranstransferase  33.22 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00203562  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0250  Polyprenyl synthetase  41.52 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  31.07 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1765  geranyltranstransferase  32.66 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.281488 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1788  geranyltranstransferase  34.52 
 
 		 290 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.188169  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  38.46 
 
 		 324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  38.17 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  41.18 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  41.86 
 
 		 299 aa  139  1e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  35.25 
 
 		 325 aa  137  2e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  41.07 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  34.58 
 
 		 336 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  33.56 
 
 		 323 aa  138  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0409  Polyprenyl synthetase  33.11 
 
 		 317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000164225  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  37.55 
 
 		 327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09331  polyprenyl synthetase  40.62 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  37.17 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0972  Polyprenyl synthetase  38.96 
 
 		 320 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.23311  normal  0.31243 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  36.82 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2320  Polyprenyl synthetase  35.97 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  32.06 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  35.66 
 
 		 327 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0685  GCN5-related N-acetyltransferase  38.96 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.27357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  38.34 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  29.41 
 
 		 338 aa  133  3e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  37.84 
 
 		 325 aa  134  3e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  29.86 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3491  Polyprenyl synthetase  42.72 
 
 		 290 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000932682  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  35.64 
 
 		 333 aa  132  7.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2586  Polyprenyl synthetase  39.32 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0968269  normal  0.362813 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1267  farnesyltranstransferase  33.98 
 
 		 327 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000414362  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  36.42 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2818  Polyprenyl synthetase  37.34 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0315  Polyprenyl synthetase  29.55 
 
 		 332 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  30.58 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  37.34 
 
 		 345 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  36.03 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5487  polyprenyl synthetase  35.66 
 
 		 359 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.057481  normal  0.26211 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  37.65 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  33.18 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  37.55 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  37.65 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3918  dimethylallyltranstransferase  36.7 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996484 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1004  Polyprenyl synthetase  39.45 
 
 		 299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000588963  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  30.18 
 
 		 331 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  30.18 
 
 		 331 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  30.18 
 
 		 331 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  36.89 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  32.26 
 
 		 332 aa  129  8.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  30.18 
 
 		 331 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  35.08 
 
 		 323 aa  129  9.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3215  Polyprenyl synthetase  37.61 
 
 		 334 aa  129  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.119356 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  34.39 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  31.88 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1456  farnesyl-diphosphate synthase  41.12 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.292762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>